成果物名 toxBridge
成果物の別名 Toxicity bridge of drug-induced liver injury
成果物に関する説明

toxBridgeは肝毒性in vivo/vitroブリッジングに着眼したデータベースである。公開データベースOpen TG-GATEsに登録されている約170の化合物によるラットin vivo(肝臓)/vitro(肝細胞)及びヒトin vitro(肝細胞)の遺伝子発現データの大規模数理解析を行った。本研究では、肝毒性を予測するためのマーカー群としてのパネル構築を目的として、化合物種、暴露期間、暴露量ごとに遺伝子刻印およびそのパスウェイを推定し、また4種の肝毒性に関する生理的指標についても整理を行い、体系的にデータベース(toxBridge)に収納した。toxBridgeの特徴としては、in vivo - in vitroやin vitroヒト-ラット間のブリッジングに着眼し、発現プロファイルのブリッジ間における様々な相関指標をデータベースに格納しており、各種相関指標による化合物検索や遺伝子・パスウェイを検索する機能を有している点である。この機能により、相関指標を用いてどの化合物がブリッジングとして有意であるか、また相関指標が優位である化合物を選択することでブリッジングにおける分子群を選択し可視化可能としている。加えて既存情報であるFDAが公開しているDILI (Drug Induced Liver Injury)Rankを用い化合物を選択し、相関指標を用いることで肝毒性におけるマーカー群となりうる分子パネルの選定を可能としている。

成果物のタイプ DB
運用機関 産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター
機関所在国 日本
サイトURL https://toxbridge.molprof.jp/top
インターフェイス Webサービス
入力例

なし

キーワード
肝毒性|化合物 
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 1MB|検索結果のダウンロード
使っている外部リソース Open TG-GATEs |https://dbarchive.biosciencedbc.jp/jp/open-tggates/desc.html
主な対象データ ラット|人|in vivo | in vitro
生物種
ヒト|ラット
利用条件 なし
データ更新頻度 (過去2年間) 年2回
最終更新日(調査日) 2019/08/23 (2019/11/14)
利用できるID
CAS
IDを使った成果物の利用方法 CAS
外部リンク

NCBI | Broad Institute | PWO

論文等(PubMed ID)

なし

稼働状況

稼働中