KaPPA-View4 KEGG
| 要約 | KaPPA-View4は,代謝制御を深く理解したり、公共で利用できる各オミクスデータから仮説を立てる事に焦点を当てた代謝経路データベースです。KaPPA-View4 KEGGはKaPPA-View4バージョンの一つであり、KEGGの経路マップデータを格納している。また、このデータには動物、植物、微生物の情報が含まれている。KEGG BRITEの「Genes and Proteins」から生成した遺伝子ファミリーマップも利用できます。（出典：オリジナルサイトより） |
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| 主な対象データ | 代謝産物 パスウェイ |
LAMP
| 要約 | 多重仮説検定を行うプログラム。転写因子と遺伝子の関係を多数与えると統計的優位な関係をリストアップする。ボンフェローニ補正と同等なファミリーワイズエラー率の補正を与え、ボンフェローに補正よりいくつかの利点がある。 |
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| 主な対象データ | 多重検定による統計的有意性 |
PMID-Extractor
| 要約 | ユーザの手元にある論文ファイル群（PDFまたはテキスト形式）から、それらのPubMed ID (PMID)をリストとして取得するためのソフトです。文献チェックツールPubMedScanを使う際に、自分の興味ある論文リストをPMIDによって入力しますが、そのリストの作成に利用できます。ファイルの１ページ目にあるDigital Object Identifiers (DOIs, http://ja.wikipedia.org/wiki/デジタルオブジェクト識別子)、 またはタイトル等のテキスト情報をもとに、NCBIに問い合わせて、PMIDを取得します。 |
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| 主な対象データ | 文献 |
PowerFT
| 要約 | クロマトグラフィー-精密質量分析より得られたデータから、化合物ピークを抽出し、アノテーションをするツール（出典：オリジナルサイトより）です。PowerFT単体での配布は終了しました。PowerFTは、ピークのアラインメントツールPowerMatchと統合し、PowerGetとしてリリースされています。 |
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| 主な対象データ | マススペクトルデータ |
PubMedScan
| 要約 | 新規関連文献お知らせツールPubMedScanは、NCBI PubMedの医学生物学の学術文献中から、興味のあるトピックスで新規にPubMedに登録された文献を定期的に(毎日)メールでお知らせするツールです。特徴は、１）サーチ条件は通常のキーワード入力ではなく、手持ちの文献（PubMed ID）リストで行います。２）新規文献から関連するものを定期的にメールでレポートします。３）文献関連指標には、PubMed が提供するRelated Articleの機能を利用しています。４）Web版（ver. 2.0）と、Linuxにインストールするローカル版（ver 1.1）があります。ローカル版では、UNIX(Linux/Macintosh)上での PHP、 MySQL、Apache、および各種Perlモジュールが必要です。キーワード検索では漏れてしまう文献や、頻繁に見ないジャーナルの文献を拾えるので、調査漏れを防ぐのに非常に有効です。PubMedScanの条件入力を助けるため、手持ちの複数の論文（PDFファイル）から、簡単にそれらのPubMed IDリストを得るソフト(PMID-Extractor)を提供しています。 |
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| 主な対象データ | PubMedに登録されている文献 |
SGCAL
| 要約 | SGCALは糖鎖のグリコシド結合断片化反応に着眼し、アノマー異性体、分岐およびイオン付加位置の解析を行い、実験によりMSで得られた質量スペクトルと計算結果を統合し、スペクトルを高速に同定するため網羅的な解析システムです。 |
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| 主な対象データ | 糖鎖 |
SMARTS 3D
| 要約 | 赤外円二色性(VCD)分光法を用いたキラル医薬品の絶対配置の決定には精度の高い溶液状態の構造を把握する必要があることから、煩雑な構造解析の検証を目的として、あらゆる有機分子に適用可能な、コンフォメーションをクリック操作でコード化して記述するプログラムをpythonスクリプト言語を用いて開発しました。２次元の化学構造式はSMARTS記法により容易に部分構造検索が行えるようになっています。さらに特許取得した相同性判定手法（特許5672596）をプログラムに組み込みSMARTS記法と組み合わせることで、異なる分子でも 3D フラグメント構造を検索することができます。 |
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| 主な対象データ | タンパク質配列 |
SNP-system
| 要約 | これまでに「遺伝子多様性モデル解析事業」において開発された、遺伝子型と表現型との関連を検定するアルゴリズムを中心としたソフトウェア「QTLhaplo」や遺伝統計に基づく解析ソフトウェアを集め、共通のインターフェイスで統合したSNP-systemの開発を行い、公開しました。Webサイト( http://www.h-invitational.jp/snps/ )は現在終了し、平成24年3月22日よりMEDALSアーカイブとして公開しました。 |
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| 主な対象データ | DNA-配列 |
SokanProject
| 要約 | 数値の行列データファイルから、パラメータを設定してPearson積率相関係数を総当たりで計算してテキストファイルに出力するJavaソフトウェアです。複数のマイクロアレイデータやノンターゲットメタボローム解析データなどの大規模な行列データセットから、遺伝子間の共発現性相関または代謝物ピーク間の共蓄積性相関などを計算することができます。得られた出力ファイルは、他のプログラムやスクリプトを用いることで、特定の遺伝子や代謝物と関係ある遺伝子または代謝物候補をスクリーニングしたり、遺伝子または代謝物の相関ネットワーク解析を行ったりするために使うことができます。また、スモールスケールの実験結果であっても同様にプログラムを適用できます。 |
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| 主な対象データ | 遺伝子発現 |