FragmentAlign
| 要約 | GC-MS分析による検出ピークを、溶出時間およびピークのMSフラグメントパターンの類似性を用いてアラインメントし、その結果をGUIで編集できるJavaソフトウェア。数十件のNIST形式およびMassBaseのMSTフォーマットのデータファイルを読み込んでアライメント処理することができる。編集機能としてはピークグループへのピークの追加と削除、ピークグループの追加と削除、ピークやピークグループのマージ、などが可能である。MSフラグメントのデータライブラリーに対して検索することで、ピークの化合物名の同定や推定（アノテーション）を行うことができる。データライブラリーはユーザが個別に追加、編集することができる。処理結果はタブテキスト形式で出力され、Excel等で開いて比較および統計的解析処理を行うことができる。旧バージョン（Metabolometrisc）もダウンロード可能である。 |
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| 主な対象データ | 代謝産物 、マススペクトル |
GRisk
| 要約 | GRISKは、小家系データに基づきメンデル性遺伝疾患の遺伝的リスクを算出する、Windows用のソフトウェアです。家系に関する情報を登録する家系データ登録画面と、疾患に関する情報を登録しリスクを算出する疾患情報画面から構成されます。登録された家系データと疾患情報を組み合わせることによって、家系構成員に対する遺伝的リスクを算出することが出来ます。 |
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| 主な対象データ | 疾患リスク |
HapRisk
| 要約 | HapRiskは、質的表現型とハプロタイプの同時推定アルゴリズムを用いて、表現型が不明で遺伝子型データが得られている個体について、当該表現型の発現確率を算出するWindows上で稼動するソフトウェアです。本ソフトウェアは、検体から得られた遺伝子型データに基づき、臨床や検査現場で、個体の発症リスクを算出することを目的としています。 |
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| 主な対象データ | 発現リスク |
HEAT
| 要約 | H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツールH-InvDB Enrichment Analysis Tool (HEAT)は、ヒト遺伝子の集合（遺伝子リスト）に対して、その特徴を機械的に判定するデータマイニング・ツールです。H-InvDBのさまざまなアノテーション項目について、ユーザが入力した遺伝子リストの中に平均より有意に高い頻度で出現する項目を見つけ出します。この手法は一般にGene Set Enrichment Analysis（GSEA）と呼ばれ、マイクロアレイ実験のデータ解析等によく使われます。統計学的な検定にはフィッシャーの正確確率検定を用いています。 |
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| 主な対象データ | アノテーション |
HESS
| 要約 | HESSはラットを対象とした化学物質の反復投与毒性試験データ及び毒性にかかわる作用機序情報などを集積した毒性知識情報データベース、並びにラットやヒトなどのほ乳類における化学物質の代謝情報から構成される知識情報データベースの2つのデータベースを備えたシステムです。これら2つのデータベースから必HESS（Hazard Evaluation Support System Integrated Platform：有害性評価支援システム統合プラットフォーム）は、化学物質をグルーピング*し、未試験化学物質の反復投与毒性をリードアクロス**により評価することを支援するシステムです。ラットの反復投与毒性試験データ及び毒性発現のメカニズムに関する情報などを収載したデータベースを備えたシステムであり、より詳細なデータベースであるHESS DBとリンクが可能です。ユーザー登録後にメールアドレスに送信されるURLからHESSをダウンロードできます。*グルーピング：類似の特徴を持つ複数の化学物質をグループ化し同時に評価するアプローチ。実測試験を行っていない物質を、類似物質の実測試験結果から評価することができる。**リードアクロス：有害性の類似性に基づきデータギャップ補完を行う方法。未試験物質の有害性は試験データのある類似物質と同程度と推定される。我が国では「類推」と呼ばれる。 |
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| 主な対象データ | 化合物 毒性情報 |
ID一括変換システム
| 要約 | ID一括変換システムは、リンク自動管理システムのデータを利用して、ヒト遺伝子とタンパク質に関係する世界の主要なデータベースのIDを相互に一括変換できるシステムです。詳細はこちらの解説を参照ください。 |
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| 主な対象データ | データ識別子（ID） |
ID識別システム
| 要約 | ID識別システム（ID Resolver）は、IDの種類がわからないときにそのIDの種類を識別して、リンク先を示すツールです。複数のデータIDを一度に入力できます。 |
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| 主な対象データ | ID識別子 |
KAGIANA
| 要約 | 開発したKAGIANAは、ユーザーが選択したデータベースから得たサマリー情報を収集できたり、それら興味のあるデータベースにある遺伝子のページへアクセスできたりします。KAGIANAはMirosoft社のExcelをベースとしており、遺伝子発現解析の為の様々なマクロプログラムを提供しています。植物学のオミックス情報を利用する植物研究者の役に立つでしょう。KAGIANAは以下から無料で利用する事ができますhttp://pmnedo.kazusa.or.jp/kagiana/（オリジナルサイトから）。 |
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| 主な対象データ | 遺伝子発現 |
KaPPA-View
| 要約 | KaPPA-Viewは,植物から得られた各オミクスデータを植物の代謝経路マップ上で統合表示することが可能なウェブベースの解析ツールである。このような表示を行うことにより,供試した実験における代謝変動の様相を視覚的にとらえることができ,代謝経路上での遺伝子の機能を推定することが可能となる。(出典：CiNii http://ci.nii.ac.jp/naid/110004822705/)2010年1月に公開されたKaPPA-View4では、全面的なシステムの見直しを行い、以前のバージョンと比較して劇的な処理速度の向上が図られている。また、WindowsだけでなくMac OS Xにも完全に対応し、全ての機能を利用できるようになった。更に、ユーザーが独自に作成した代謝マップを利用することができます。システム開発者向けには、データベースやアプリケーションなど外部システムから直接データを表示させるための機能も提供している。（出典：オリジナルサイトより http://kpv.kazusa.or.jp/kpv4/information/overview_jp.html ） |
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| 主な対象データ | 代謝産物 遺伝子発現 |