SpiceHIT
| 要約 | CE-MSによるSIM分析データから、化合物ピークを迅速に同定するためのJavaソフトウェア。CSVテキストファイルを読み込んで、ピーク幅やピーク強度の閾値、スムージング機能などを用いてピーク抽出を行うことができる。あらかじめ用意した定義ファイルに基づいて、ピークの化合物名のアノテーションを自動で行うことができる。また、定義ファイルにはない溶出時間の異なる未知ピークに関しても一括してデータを収集することができ、GUIの画面でそれらのアノテーションをつけることもできる。同定したピークについて、質量値ごとにシートに分かれたExcel形式のレポートファイルを出力できる。同じ質量値の未知ピークを統一的に扱うことで、大規模なメタボローム解析用のデータセットを作成することができる。 |
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| 主な対象データ | 代謝産物 |
THE MICROARRAY ANALYSIS SYSTEM - TREBAX -
| 要約 | マイクロアレイ解析システム、TRBAXは主にスポット型アレイ法(cDNA マイクロアレイ法)により得られたデータをもとに、遺伝子の発現プロフィイルと分子生物学的機能、さらにはDNA 塩基配列とを効率的に対応づけることを可能としたデータ解析システムです。さらに、TREBAXはデータのフォーマットを合わせれば、スポット型アレイ法(cDNA マイクロアレイ法)以外のデータにも適用可能です。（http://kanaya.naist.jp/Web/software/trebax/manual/Jmanual.pdf より引用） |
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| 主な対象データ | 遺伝子発現 マイクロアレイデータ |
toxRank
| 要約 | 遺伝子発現情報に基づき類似肝毒性化合物を検索するWEBサービスである。本プロジェクトにおいて計測された全遺伝子発現データからランクマトリクスを構築し、化合物投与時における変動遺伝子（upとdown分子刻印）を入力として、遺伝子発現プロファイルを基に類似性検索を行い、類似化合物と有意遺伝子・パスウェイを連携させた。toxRankでは、ランクマトリクスを参照することで、類似性を評価してその結果を表示させているが、この参照ランクマトリクスを動的に生成可能とするWEB開発を行った。よって、利用者が肝毒性に重要と考える遺伝子やtoxBridgeで得られた分子パネルから可変ランクマトリクスを生成することが可能であり、分子パネルによる類似性検索やDILI等の情報を付加したクラスタリングおよびネットワーク解析による肝毒性予測に繋げている。加えて、発現データの変動幅を考慮し、遺伝子変動を粗視化したパスウェイマトリクスによる類似性検索機能の実装も行っている。 |
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| 主な対象データ | 化合物 |
Workflow
| 要約 | ワークフローとは、一連の処理の流れを定義したものであり、データは異なるが同じような処理を繰り返し行う場合等に非常に有効な枠組みのことです。例えば、単純なワークフローとして、あるアミノ酸配列があり、その配列と相同な配列を探し、それら相同な配列をもとに系統樹を作成する等があります。この場合、アミノ酸配列をBLAST等の探索プログラム等にかけ、その結果からいくつかの相同な配列を取り出し、ひとつのファイルにまとめて、系統樹を作成するプログラムもしくはサーバ等に渡し計算させ結果を得ます。 このとき、この作業を一度ひとつのワークフローとして定義しておけば（このワークフローを行うプログラムを定義または作成する）、繰り返し行う場合非常に効率的です。（オリジナルサイトより引用） |
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| 主な対象データ | ワークフロー |
リンク自動管理システム
| 要約 | リンク自動管理システムは、ヒト遺伝子とタンパク質に関係する世界の主要なデータベースへのリンクを簡単に設定し、自動更新できるツールです。詳細はこちらの解説を参照ください。 |
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| 主な対象データ | データ識別子（ID） |
更新検知ツール
| 要約 | 予め登録したWebページへ定期的にアクセスし、Webページの更新を検知します。Webページを構成するHTML、画像、CSS等の変更があった場合、更新があったことをメールで通知します。また、定期アクセスに失敗した場合もメールで通知します。初回アクセスおよび更新検知時にはWebページの内容をミラーリングし、管理GUIからミラーリングの内容、diff差分、差分箇所を強調表示した内容を確認することができます。 |
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| 主な対象データ | Webページ |
爆風の過圧・インパルス計算
| 要約 | 『爆発チャンバー内における爆風圧計測実験』火薬学会誌 Vol.61 No.3(2000年)に掲載されている計算式を利用し、薬量と距離から爆風のピーク過圧、換算インパルスを計算するツールです。 |
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| 主な対象データ | 薬量、距離 |
発がん性予測システム
| 要約 | 化合物を投与したラット肝臓における遺伝子の発現量を測定し、発がん性予測用にカスタマイズされた遺伝子群を用いて、早期に化合物の発がんリスクを予測するものです。通常のげっ歯類を用いた発がん性試験は投与期間として2年間が必要ですが、本システムでは14日間もしくは28日間の短期間投与で得られる生体試料を適用できることが大きな特徴です。（出典：オリジナルサイトより）本システムは受託解析サービスとして事業化されています。 |
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| 主な対象データ | 化合物 |