PMPj-Blast
| 要約 | ミヤコグサやカンゾウのESTや完全長cDNA、 マイクロアレイプローブなど、PMPj（NEDO植物物質生産プロジェクト、H14?22）で得られた遺伝子配列情報をBlast検索することができるデータベース（出典：オリジナルサイトより）。 |
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| 主な対象データ | DNA-配列 、EST-配列 |
RAvariome
| 要約 | RAvariomeは自己免疫疾患、関節リウマチ (RA) に関わる遺伝子多型情報を収集し、個人の遺伝的リスク予測や分子標的創薬を支援するデータベースです。本データベースでは、GWASなどの疾患関連解析の研究成果を包括的に評価し、複数の研究で再現性が認められている信頼の高い遺伝子多型の情報を提供しています。さらに、これらの信頼できる遺伝子多型を基に、関節リウマチに対する遺伝的なリスクを予測するツールを提供しています。 |
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| 主な対象データ | 遺伝子/ゲノム多型 |
SAHG
| 要約 | ヒトゲノム予測構造・機能アノテーションの包括的なデータベースです。タンパク質をコードする全ORFが構造予測の対象です。このデータベースの開発ではJST（独立行政法人 科学技術振興機構）のサポートを受けています（出典：オリジナルサイト）。 |
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| 主な対象データ | タンパク質-立体構造 |
SEVENS
| 要約 | GPCR遺伝子の網羅的データベースです。7本膜貫通ヘリックス型タンパク質のGPCR遺伝子を網羅的に収めたデータベースです。32の真核生物のゲノムからバイオインフォマティクス手法で、遺伝子を高精度に同定しています。 |
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| 主な対象データ | タンパク質-配列 アミノ酸配列 |
TOT-DB
| 要約 | TOT-DB (The Theileria orientalis Genome Annotation Database)は、寄生性原虫タイレリア・オリエンタリスの遺伝子と転写産物を対象にしたデータベースです。G-integraプラットフォームのゲノムブラウザによって、発現データおよび遺伝子予測ソフトウェアからアノテーションされた遺伝子領域が表示されます。ゲノムブラウザ上で閲覧するだけではなく、BLASTによる相同検索やデータの一括ダウンロードも行えます。 |
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| 主な対象データ | 比較ゲノム |
VarySysDB
| 要約 | VarySysDBは、ゲノム統合プロジェクトによって、H-Inv転写産物に関連付けられる形で注釈付けられたヒト多型情報を、公開する目的で作成されたデータベースです。つまり、転写領域やスプライス・サイト上の一塩基多型、挿入欠失多型、STR多型、単一アミノ酸多型、構造多型、連鎖不平衡領域について、それぞれH-InvDBの転写産物と機能ドメインに関連づけて、情報整備して公開しています。VarySysDBでは、個々の多型情報ごと及び転写産物ごとに整備された情報を、検索し表示ができる他、キーワードによる検索も可能になりました。検索した情報はダウンロードもできます。 |
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| 主な対象データ | DNA-多型 |
アカシアESTデータベース
| 要約 | 実用植物であるアカシア（Acacia mangium）のESTを6253個、配列決定し、そのデータを蓄積したデータベース。配列相同性による検索ができる。 |
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| 主な対象データ | DNA-配列 EST |
ミヤコグサEST・完全長配列
| 要約 | マメ科のモデル植物であるミヤコグサ（Lotus. japonicus）の、98838のEST配列と3488の完全長cDNA配列を蓄積したデータベース。DDBJから公開済みのデータおよび非公開データをともにダウンロードすることができる。尚、完全長cDNA配列は現在公開準備中である。 |
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| 主な対象データ | DNA-配列 |
微生物データベースシステム
| 要約 | 微生物名がわかっている場合、その属種名を入力すれば、オリジナル論文、旧名（もしあれば）、系統的位置、type strain、分離源、化学分類指標になる各種化学成分、基質利用性、エネルギー獲得様式、16S rDNAのDDBJ/EMBL/GenBankなどへのaccession numberなどの情報が得られます。微生物名以外にも、ある特定成分をもつ微生物を検索することもできます。 |
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| 主な対象データ | 文献 旧名（もしあれば）、系統的位置、type strain、分離源、化学分類指標になる各種化学成分、基質利用性、エネルギー獲得様式、16S rDNAのDDBJ/EMBL/GenBankなどへのaccession numberなど |