微細藻類遺伝子工学データベース
| 要約 | 微細藻類の遺伝子組み換えに役に立つ情報が集められているデータベース。それらの情報とは以下の6種類に分類されます。1. ホストーベクター系 (ベクターの構造, プロモーター, 研究機関、文献)2. 遺伝子導入法 (生物種, 方法, 文献)3. 有用物質の生産 (プロダクト, ホスト, 導入遺伝子, 文献)4. インヒビター耐性変異株 (生物種, インヒビター, 変異遺伝子, 文献)5. 合成トランスポゾン系6. 選択マーカー(オリジナルサイトより) |
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| 主な対象データ | DNA-制御領域 |
機能性RNAゲノムブラウザー
| 要約 | 機能性RNAゲノムブラウザーは、UCSC Genome Browserに機能性RNAに関連したトラックの追加および機能拡張を施したものです。様々な既知ncRNAのゲノムへのマッピング情報がトラック情報として閲覧可能です。機能性RNAの予測や新規機能性RNAのアノテーションに役立つと思われるトラックも追加されています。 |
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| 主な対象データ | 比較ゲノム |
糸状菌ゲノム・転写制御データベース
| 要約 | 糸状菌の一種である麹菌(Aspergillus oryzae)は、日本では伝統的に酒・味噌・醤油な ど、 発酵・醸造工業に広く用いられています。また、最近ではバイオテクノロジーによるタンパク質や酵素などの分泌生産にも用いられるようになりました。このデータベースは、この麹菌について、塩基配列および発現制御などの役に立つ情報を集めるために企画したものです。EST データベース、転写制御データベース、 コスミドシークエンスの3種類のデータで校正されています。EST データベースでは、富栄養培地および貧栄養培地で培養した麹菌菌体よりRNAを調製し、プラスミドによるクローンを無作為に シングルパスのシークエンスを行なった結果に対して、FastAによる相同性検索ができます。 |
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| 主な対象データ | DNA-配列 |
統合がんゲノムデータベース
| 要約 | 抗がん剤の治療感受性や副作用を規定する遺伝子を同定することをめざして、乳がん患者のサンプルを用いて候補遺伝子上の一塩基多型（SNP）約3,000か所の遺伝子型をInvader法でタイピングし、その遺伝子型頻度と薬剤応答性や副作用の情報を統合したデータベースです。候補遺伝子としては、薬物動態・DNA損傷修復・アポトーシス・細胞周期制御・血管新生・炎症に関連する遺伝子を計512個選定しています。本データベースではSNPの遺伝子型頻度 の情報を提供しており、ダウンロードも可能です。 |
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| 主な対象データ | DNA-多型 |
遺伝子多様性データベース公開システム（H-GOLD）
| 要約 | モデル疾患として選択した多因子性疾患について収集した遺伝子多型情報（JBIRCで収集し実験で多型性を確認したマイクロサテライト等）の2つのデータベースと疾患関連遺伝子を同定する実験・解析フロー（各種の検定、連鎖不平衡係数推定、集団のハプロタイプ頻度推定、ハプロタイプ組合せ分布推定等）のための7つの解析ツールです。Web上の解析サービスは平成19年3月で終了しました。解析ソフトウェアダウンロードサービスは利用可能です。平成24年6月22日より生命科学系データベースアーカイブにてGDBSのデータアーカイブが公開されました。 |
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| 主な対象データ | DNA-多型 、マイクロサテライト、SNP |