SEVENS
| 要約 | GPCR遺伝子の網羅的データベースです。7本膜貫通ヘリックス型タンパク質のGPCR遺伝子を網羅的に収めたデータベースです。32の真核生物のゲノムからバイオインフォマティクス手法で、遺伝子を高精度に同定しています。 |
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| 主な対象データ | タンパク質-配列 アミノ酸配列 |
TMBETA-DISC
| 要約 | アミノ酸配列からベータバレル構造タンパクを識別する統計的かつSVM法をベースとした手法を開発しました。アミノ酸構成であるresidue pair preferenceとモチーフがこのプログラムの主な特徴です。TMBETADISC-COMP、TMBETADISC-DIPEPTIDE、TMBETADISC-MOTIF、TMBETADISC-SVM、TMBETADISC-RBFの５種のプログラムがあります。（オリジナルサイトから翻訳） |
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| 主な対象データ | タンパク質-アミノ酸特性 |
TMBETA-GENOME
| 要約 | TMBETA-GENOMEはゲノム配列が完了している生物種のゲノム中に含まれるβ?バレル型膜タンパク質のデータベースです。各ゲノム配列に対して、機械学習と統計手法を用いた計算が実行され、それらのアノテーション結果がデータベースに格納されています。その他、アミノ酸配列を入力してβ-バレル型膜タンパク質の判別解析を行う"TMBETA-DISC"や"TMBETA-SVM"などのツールも提供されています。 |
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| 主な対象データ | タンパク質-立体構造 |
TMFunction
| 要約 | TMFunctionはアルファへリックスやベータバレル膜タンパクの機能に重要な残基についてのデータベースです。2907件のデータ、108件の論文、83件のタンパク、29種の機能が格納されています（オリジナルサイトから翻訳）。 |
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| 主な対象データ | タンパク質-立体構造 、機能残基 |
TOT-DB
| 要約 | TOT-DB (The Theileria orientalis Genome Annotation Database)は、寄生性原虫タイレリア・オリエンタリスの遺伝子と転写産物を対象にしたデータベースです。G-integraプラットフォームのゲノムブラウザによって、発現データおよび遺伝子予測ソフトウェアからアノテーションされた遺伝子領域が表示されます。ゲノムブラウザ上で閲覧するだけではなく、BLASTによる相同検索やデータの一括ダウンロードも行えます。 |
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| 主な対象データ | 比較ゲノム |
VarySysDB
| 要約 | VarySysDBは、ゲノム統合プロジェクトによって、H-Inv転写産物に関連付けられる形で注釈付けられたヒト多型情報を、公開する目的で作成されたデータベースです。つまり、転写領域やスプライス・サイト上の一塩基多型、挿入欠失多型、STR多型、単一アミノ酸多型、構造多型、連鎖不平衡領域について、それぞれH-InvDBの転写産物と機能ドメインに関連づけて、情報整備して公開しています。VarySysDBでは、個々の多型情報ごと及び転写産物ごとに整備された情報を、検索し表示ができる他、キーワードによる検索も可能になりました。検索した情報はダウンロードもできます。 |
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| 主な対象データ | DNA-多型 |
ラットの脳断面図
| 要約 | ラットの脳断面の画像データを７枚見ることができるデータベース。画像は超精細画像であり、拡大表示するとニューロンが見える。産業技術総合研究所、(株)映像美術院、(株)PFUの協力により作成された。（オリジナルサイトから） |
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| 主な対象データ | 形態 画像 |
微生物データベースシステム
| 要約 | 微生物名がわかっている場合、その属種名を入力すれば、オリジナル論文、旧名（もしあれば）、系統的位置、type strain、分離源、化学分類指標になる各種化学成分、基質利用性、エネルギー獲得様式、16S rDNAのDDBJ/EMBL/GenBankなどへのaccession numberなどの情報が得られます。微生物名以外にも、ある特定成分をもつ微生物を検索することもできます。 |
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| 主な対象データ | 文献 旧名（もしあれば）、系統的位置、type strain、分離源、化学分類指標になる各種化学成分、基質利用性、エネルギー獲得様式、16S rDNAのDDBJ/EMBL/GenBankなどへのaccession numberなど |
糸状菌ゲノム・転写制御データベース
| 要約 | 糸状菌の一種である麹菌(Aspergillus oryzae)は、日本では伝統的に酒・味噌・醤油な ど、 発酵・醸造工業に広く用いられています。また、最近ではバイオテクノロジーによるタンパク質や酵素などの分泌生産にも用いられるようになりました。このデータベースは、この麹菌について、塩基配列および発現制御などの役に立つ情報を集めるために企画したものです。EST データベース、転写制御データベース、 コスミドシークエンスの3種類のデータで校正されています。EST データベースでは、富栄養培地および貧栄養培地で培養した麹菌菌体よりRNAを調製し、プラスミドによるクローンを無作為に シングルパスのシークエンスを行なった結果に対して、FastAによる相同性検索ができます。 |
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| 主な対象データ | DNA-配列 |