1. ホーム
  2. データベース

蛋白質

全てのリストを表示

20/30
＜ 前のページ
次のページ ＞

HGPD

noimage
要約HGPDはヒトゲートウェイクローンやタンパク発現データ、細胞内局在を格納し、これらクローンを検索できるユニークなデータベースです。NEDOの完全長cDNAプロジェクトで、30000件のヒトcDNAクローン配列を解析しました。（論文からhttp://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/gkn872?ijkey=zKpNqhZH6jrUuzi&keytype=ref）
主な対象データDNA-配列
解説ページ →

INOH Pathway Database

noimage
要約ヒト、マウス、ラット等のモデル動物のパスウェイデータベースです。シグナル伝達パスウェイや代謝を構成する複層的生体分子の関係などの情報を含みます。（備考：BioPAX）(旧URL:http://www.inoh.org/)
主な対象データタンパク質-プロテオーム
解説ページ →

LEGENDA

noimage
要約Legendaは、MEDLINE文献に書かれた遺伝子、遺伝子機能、疾患、または基質のうち、2つが共起した文献を探すシステムです。遺伝子2つのような同じタイプでも検索できます。独自の遺伝子名辞書をもっています。
主な対象データ文献 、遺伝子、疾患、基質
解説ページ →

NBRCオンラインカタログ検索

noimage
要約NBRC (NITE Biological Resource Center)は、バイオ産業の発展のため、糸状菌、酵母、細菌、放線菌、微細藻類など多様な微生物資源を収集・保存し、提供しています。本サイトでは、試験及び研究開発を行う企業・大学等が、これら資源の検索と詳細情報を確認することができます。
主な対象データDNA-配列
解説ページ →

PCDq

noimage
要約PCDqは、予測複合体を含めたヒト蛋白質複合体のデータベースです。BIND、DIP、MINT、HPRD、IntActおよびGNP_Y2Hの６つの蛋白質間相互作用（PPI）データを整理統合し、PPIネットワークの密な領域から蛋白質複合体が予測され、それらを文献と比較し修正することで、既知の複合体情報と予測された複合体情報の両方を格納しています。既知と予測のサブユニットを区別・活用するため、品質管理指数（complex quality index: CQI）を、各複合体に付与しています。また、複雑なネットワークを簡素に示す図を表示・編集できる機能PPI-Mapがあります。
主な対象データ相互作用
解説ページ →

PDB-REPRDB

noimage
要約PDB(Protein Data Bank)により提供されるタンパク質チェインを分類して代表タンパク質チェインを決定し、「代表チェインのリスト」と「代表チェインに従属するチェイングループのリスト」を提供するデータベースです。 また、SCOP の分類をもとに、coiled coil proteins と peptides のチェインは分類対象から除くものとします。
主な対象データタンパク質-立体構造 タンパク質チェイン
解説ページ →

Phosphorylation activity measurement-based pathway profiling database for drug-response

noimage
要約Phosprofは、細胞が薬剤を投与された際にどのようなパスウェイの活性が変化するかを、産業技術総合研究所　細胞分子生物工学研究所　が独自開発したタンパク質リン酸化測定および解析技術を用いて全94化合物に対して２つの細胞株で調査した結果をまとめたデータベースです。タンパク質のリン酸化測定には、細胞内シグナル伝達経路を構成する1300以上の合成タンパク質を搭載したプロテインアレイを用い、全376パスウェイについてその活性を統計的に評価しています。Phosprofではリン酸化活性が特に変化した分子群をパスウェイマップ上で表示させたり、これらをもとに特徴的なパスウェイ名を調べたり、薬剤間でパスウェイ活性を比較することができます。これは、薬剤開発や機能解析に役立ちます。
主な対象データタンパク質
解説ページ →

PPI view

noimage
要約PPI viewは、ヒトのタンパク質間相互作用 (PPI:Protein-Protein Interaction)情報を表示しています。主要な５つのPPIデータベース(BIND, DIP, MINT, HPRD, IntAct)から、データの収集・統合を行い、H-InvDBの独自予測されたタンパク質についてPPIの割り当てを行いました。その結果、9,268件のタンパク質からなる32,198件のヒトのタンパク質間相互作用情報が得られました。 (H-InvDB version 5.0時点)PPI viewはユーザーの興味あるタンパク質(遺伝子産物)と相互作用するタンパク質を表示し、そのタンパク質の遺伝子の位置(Locus view)や遺伝子の機能情報(cDNA view)へのリンク、そしてデータ元PPIデータベースへの参照情報や、文献、実験手法を表示します。PPI view: http://www.h-invitational.jp/hinv/ppi/ PPI view サンプル画面:http://www.h-invitational.jp/hinv/ppi/ppi_view.cgi?hip=HIP000084307
主な対象データタンパク質-プロテオーム
解説ページ →

ProSeg

noimage
要約PrpSegは、タンパク質分子の部分構造を網羅的に分類、整理したデータベースです。7万以上のセグメントが主鎖の構造類似性にしたがって数千個程度のクラスタに分類されています。[出典]産総研プレスリリース(2008.4.5)http://unit.aist.go.jp/brf/brf-breed/ci/outputs/
主な対象データタンパク質-モチーフ
解説ページ →

SARS(severe acute respiratory syndrome)-CoV2 Protein NMR Database

noimage
要約AMEDプロジェクト「新規コロナウイルス病およびその他の感染症に対処するための技術開発プロジェクト」の一環として、産業技術総合研究所　細胞分子生物工学研究所は、無細胞発現タンパク質発現系を利用し、SARS-CoV-2タンパク質の45の構造ドメインのうち27を発現および精製することに成功しました。 これらはウイルスのORFの50％以上をカバーしています。 また、ORF3bやORF9bなどの非定型タンパク質の取得にも成功しました。　 SARS-CoV2-NMR DBは、3つの非標準配列を含む22の構造ドメインの2D NMRスペクトルを保持し、精製タンパク質の構造の均一性と品質を保証します。 スペクトルはまた、SARS-CoV-2タンパク質の相互作用と構造を原子レベルで分析することを可能にします。これは、薬剤開発と基本的な生物学的研究に役立ちます。
主な対象データタンパク質
解説ページ →

全てのリストを表示

20/30
＜ 前のページ
次のページ ＞