成果物名 PCDq
成果物の別名 Protein Complex Database with complex quality index
成果物に関する説明

PCDqは、予測複合体を含めたヒト蛋白質複合体のデータベースです。BIND、DIP、MINT、HPRD、IntActおよびGNP_Y2Hの6つの蛋白質間相互作用(PPI)データを整理統合し、PPIネットワークの密な領域から蛋白質複合体が予測され、それらを文献と比較し修正することで、既知の複合体情報と予測された複合体情報の両方を格納しています。既知と予測のサブユニットを区別・活用するため、品質管理指数(complex quality index: CQI)を、各複合体に付与しています。また、複雑なネットワークを簡素に示す図を表示・編集できる機能PPI-Mapがあります。

成果物のタイプ DB
運用機関 産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター
機関所在国 日本
サイトURL http://www.h-invitational.jp/hinv/pcdq/
インターフェイス GUI
入力例

画面左下の検索[search]枠(2つのうちどちらでもよい)に、UniProt ID: P68034 を入力して検索ボタンを押す。

キーワード
蛋白質複合体 | 蛋白質間相互作用 | 品質管理指数
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 0|未提供(近日公開)
使っている外部リソース H-InvDB | UniProt | RefSeq | GeneID | CCDS | BIND | DIP | MINT | HPRD | IntAct | GNP_Y2H | PubMed
主な対象データ 相互作用
生物種
"Homo sapiens [Taxonomy_id: 9606, ヒト]"
利用条件 表示-継承
データ更新頻度 (過去2年間) 1
最終更新日(調査日) 2012/07/23 (2012/07/24)
利用できるID
Complex ID (original) | H-Inv cluster ID (HIX) | H-Inv transcript ID (HIT) | H-Inv protein ID (HIP) | UniProt Accession Number | RefSeq ID | GeneID | CCDS | BIND | DIP | MINT | HPRD | IntAct | GNP_Y2H | PubMed ID
IDを使った成果物の利用方法 http://hinv.jp/hinv/pcdq/complex_view.cgi?clx_id=24 (complex ID = 24の場合) | http://hinv.jp/hinv/pcdq/ppi_view.cgi?hip=HIP000013164 (HIP ID = HIP000013164の場合)
外部リンク

HIP | HIT | HIX | UniProt | RefSeq | GeneID | CCDS | BIND | DIP | MINT | HPRD | IntAct | GNP_Y2H | PubMed

論文等(PubMed ID)

pmid:23282181