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DNA・ゲノム

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ARCHAIC

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要約古細菌ゲノムDNAの配列とその遺伝子情報を提供するデータベースです。古細菌ゲノムのDNA配列（独自に決定したものを含む）を独自に開発した生物情報学的方法によって解析することにより、ゲノム全体の構成を解明するとともにゲノム構成の比較を行う目的で構築されました。下記３種の情報を格納しています(Pyrococcus sp. OT3, Thermoplasma volcanium GSS1, Archaeoglobus fulgidus)。
主な対象データDNA-配列 、ゲノム
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ASTRA

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要約ASTRAは、ヒト、マウス、ハエ、線虫、シロイヌナズナ、イネに関する選択的スプライシング・選択的転写開始を自動検出し、パターンに従って分類したデータベースです。(オリジナルサイトから)
主な対象データDNA-配列
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CGH Data Base

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要約CGH Databaseは種々の癌細胞株のアレイCGH(Comparative Genomic Hybridization) 解析データを対象としたデータベースです。NEDOプロジェクトの成果が含まれています。
主な対象データ病気-ガン
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Distribution of Human cDNA Clones

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要約独立行政法人 製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター：NBRC (NITE Biological Resource Center)NITEで分譲しているヒト完全長cDNAクローンを検索できます。クローン名検索、キーワード検索、BLAST検索が可能です。
主な対象データDNA-配列
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DoBISCUIT

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要約DoBISCUITは細菌がもつ二次代謝産物の生合成遺伝子クラスターについての知見を集約したデータベースです。放線菌をはじめとする細菌が産生する二次代謝産物は医薬品・化合物合成の候補品として注目されています。しかし二次代謝産物を合成する遺伝子クラスターの情報は各研究者が個別に塩基配列を登録しており、集約されていませんでした。DoBISCUITはそれらの塩基配列情報を集約し、新たな知見も加味して統一的なアノテーションを付与し、分類を行った知識集約型のデータベースです。このデータベースをご利用になることで二次代謝産物の生合成クラスターに関する情報を総合的に取得することができます。医薬品・化合物合成をサポートする基盤情報としてお役に立つことを期待しています。
主な対象データアノテーション 、二次代謝産物
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DOGAN

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要約NITEでゲノム解析した微生物のゲノムデータベースです。テキストと写真による詳細な菌株情報、塩基配列データ、ORFなどの遺伝子情報、遺伝子地図、プロテオーム解析結果を公開しています。これらの情報は、アノテーターによって確認されたものであり、時間の経過に即して再アノテーションも行っています。Blastを用いた相同性検索も行えます。
主な対象データDNA-配列 、プロテオーム
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Evola

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要約Evola (Evolutionary annotation database)はH-InvDBのサブデータベースの1つとして、ヒト遺伝子の分子進化アノテーション情報を格納しています。ヒトと14のモデル生物とのオーソログについて、アラインメントや系統樹、正負の自然選択情報を提供しています。オーソログ解析対象の生物はヒト、チンパンジー、オランウータン、マカクザル、マウス、ラット、イヌ、ウマ、ウシ、オポッサム、ニワトリ、ゼブラフィッシュ、メダカ、ミドリフグ、トラフグです。
主な対象データ比較ゲノム
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FLJ Human cDNA Database

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要約FLJヒト完全長cDNAデータベースはTSSの多様化やスプラシシングにより引き起こされるmRNAの多様性に焦点を当てたヒトcDNA配列解析データベースとして構築されました。ヒト遺伝子数は20,000-25,000と推定されていました。しかし、ヒトmRNAの多型は100,000程度と予測されています。この多様性はTSSとスプライシングの多様化により引き起こされていると考えれらています。先行のヒトcDNAプロジェクトでは、約30,000のヒト完全長cDNA配列がDDBJ/GenBank/EMBLに登録され、更にオリゴキャップ法で構築されたヒト組織や細胞の約100種にもわたるcDNAライブラリー由来のFLJ完全長cDNAの1400000件　5’末端ESTを取得した。（出典：オリジナルサイトより）
主な対象データDNA-配列 完全長cDNA
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FuLoJa

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要約ミヤコグサの完全長cDNAの配列情報を、InterProで解析したデータを集積したデータベース（出典：オリジナルサイトより）
主な対象データDNA-モチーフ
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G-compass

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要約G-compassは比較ゲノム解析研究のためのツールとして開発され、進化的に保存されたゲノム領域とオルソログ遺伝子のデータを提供しています。解析対象はヒト＋12生物種です（チンパンジー、マカクザル、マウス、ラット、イヌ、ウマ、ウシ、オポッサム、ニワトリ、ゼブラフィッシュ、メダカ、ミドリフグ）。ゲノムの極保存領域(UCE)とコピー数多型領域(CNV)の情報を提供するとともに、ウィンドウ解析やドットプロットを表示するツールを備えています。
主な対象データ比較ゲノム
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GenoBase

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要約GenoBaseは大腸菌K-12(W3110)の生細胞システムを総合的に理解するためのデータベースである。GenoBaseは大腸菌に関する配列情報、プロテオーム、トランスクリプトーム、バイオインフォマティクス、文献に基づく知識の公共リポジトリである。NEDOプロジェクトの成果が一部含まれています。
主な対象データアノテーション
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GGDB

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要約糖鎖遺伝子は、糖転移酵素、糖ヌクレオチド合成酵素、糖ヌクレオチドトランスポーター、硫酸基転移酵素などのように、グリカン合成に関連している遺伝子を含んでいます。現在、180以上のヒト糖鎖遺伝子が同定されて、クローン作成され、特徴付けされています。 「糖鎖遺伝子ライブラリ作成プロジェクト」(2001年4月-2004年3月)において、基質特異性情報が格納された最初のデータベースである、糖鎖遺伝子データベース(GGDB)と同様に、私たちは糖鎖遺伝子に関するデータを収集し、編集しました。GGDBは、糖鎖遺伝子解析のために必要な情報を提供します。
主な対象データDNA-配列 | 基質 | 発現
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H-InvDB

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要約H-InvDBはヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベースです。ヒトのすべての転写産物の配列をあらゆる手法で解析することにより、ヒト遺伝子の構造、選択的スプライシング、タンパク質としての機能などの精査されたアノテーション（注釈付け）情報を提供しています。
主な対象データRNA ヒト完全長cDNA, mRNA
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HGPD

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要約HGPDはヒトゲートウェイクローンやタンパク発現データ、細胞内局在を格納し、これらクローンを検索できるユニークなデータベースです。NEDOの完全長cDNAプロジェクトで、30000件のヒトcDNAクローン配列を解析しました。（論文からhttp://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/gkn872?ijkey=zKpNqhZH6jrUuzi&keytype=ref）
主な対象データDNA-配列
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JSNP DATABASE

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要約日本人一般集団７８６人を対象に遺伝子型の決定を行い、アレル（対立遺伝子）頻度のデータを第9回公開から提供しています。NEDOプロジェクトの成果（データ）が一部含まれています。
主な対象データDNA-多型 アレル（対立遺伝子）頻度
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LEGENDA

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要約Legendaは、MEDLINE文献に書かれた遺伝子、遺伝子機能、疾患、または基質のうち、2つが共起した文献を探すシステムです。遺伝子2つのような同じタイプでも検索できます。独自の遺伝子名辞書をもっています。
主な対象データ文献 、遺伝子、疾患、基質
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MCG CNV Database

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要約本データベースは、日本人の健常者集団を対象として独自開発したBACアレイ（ MCGアレイ ）1) ならびにSNPアレイ (illumina, HumanOmniExpress Beadchip)を用いた解析を行い、 検出された CNVと LOHを収載したものです。このことにより、日本人健常者集団におけるCNVやLOHの出現頻度を示し、 ゲノム解析において検出されるゲノム変化が病態と関連するかどうかを判断するための基盤情報となります(オリジナルサイトより引用)。
主な対象データDNA-多型 アレイ
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MiFuP

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要約MiFuPはゲノム配列情報から微生物の機能を推定するデータベースです。ゲノム配列が読まれている微生物について、その推定機能を収録しており、キーワード検索により、目的の機能を持つと推定される微生物を手軽に検索できます。機能検索では、微生物のゲノム配列、若しくはCDS配列を入力すると、その機能を推定できます。搭載しているMiFuP wikiでは、微生物が発揮する機能情報について、文献等から得られる情報（機能を発揮するメカニズム、実用化例等）を日本語でまとめ、記事ページを作成しています。
主な対象データDNA-配列 | アミノ酸配列 | アノテーション
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MiFuP Safety

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要約微生物のゲノム情報から有害性に関わる遺伝子を検索し、微生物の有害性を推定するデータベースです。 微生物ゲノムの塩基配列又はアミノ酸配列を入力し検索すると、その配列中に有害性（毒素生産や薬剤耐性等）に関わる遺伝子領域が含まれていないか検出し、対象の微生物が有害性機能を有するかどうかを推定できます。
主な対象データDNA-配列 | アミノ酸配列 | アノテーション
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NBRCオンラインカタログ検索

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要約NBRC (NITE Biological Resource Center)は、バイオ産業の発展のため、糸状菌、酵母、細菌、放線菌、微細藻類など多様な微生物資源を収集・保存し、提供しています。本サイトでは、試験及び研究開発を行う企業・大学等が、これら資源の検索と詳細情報を確認することができます。
主な対象データDNA-配列
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PMPj-Blast

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要約ミヤコグサやカンゾウのESTや完全長cDNA、 マイクロアレイプローブなど、PMPj（NEDO植物物質生産プロジェクト、H14?22）で得られた遺伝子配列情報をBlast検索することができるデータベース（出典：オリジナルサイトより）。
主な対象データDNA-配列 、EST-配列
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RAvariome

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要約RAvariomeは自己免疫疾患、関節リウマチ (RA) に関わる遺伝子多型情報を収集し、個人の遺伝的リスク予測や分子標的創薬を支援するデータベースです。本データベースでは、GWASなどの疾患関連解析の研究成果を包括的に評価し、複数の研究で再現性が認められている信頼の高い遺伝子多型の情報を提供しています。さらに、これらの信頼できる遺伝子多型を基に、関節リウマチに対する遺伝的なリスクを予測するツールを提供しています。
主な対象データ遺伝子/ゲノム多型
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SAHG

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要約ヒトゲノム予測構造・機能アノテーションの包括的なデータベースです。タンパク質をコードする全ORFが構造予測の対象です。このデータベースの開発ではJST（独立行政法人　科学技術振興機構）のサポートを受けています（出典：オリジナルサイト）。
主な対象データタンパク質-立体構造
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SEVENS

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要約GPCR遺伝子の網羅的データベースです。7本膜貫通ヘリックス型タンパク質のGPCR遺伝子を網羅的に収めたデータベースです。32の真核生物のゲノムからバイオインフォマティクス手法で、遺伝子を高精度に同定しています。
主な対象データタンパク質-配列 アミノ酸配列
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TOT-DB

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要約TOT-DB (The Theileria orientalis Genome Annotation Database)は、寄生性原虫タイレリア・オリエンタリスの遺伝子と転写産物を対象にしたデータベースです。G-integraプラットフォームのゲノムブラウザによって、発現データおよび遺伝子予測ソフトウェアからアノテーションされた遺伝子領域が表示されます。ゲノムブラウザ上で閲覧するだけではなく、BLASTによる相同検索やデータの一括ダウンロードも行えます。
主な対象データ比較ゲノム
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TraP

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要約７種の古細菌の解糖系などの代謝経路を比較したデータベースです。
主な対象データ代謝産物
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VarySysDB

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要約VarySysDBは、ゲノム統合プロジェクトによって、H-Inv転写産物に関連付けられる形で注釈付けられたヒト多型情報を、公開する目的で作成されたデータベースです。つまり、転写領域やスプライス・サイト上の一塩基多型、挿入欠失多型、STR多型、単一アミノ酸多型、構造多型、連鎖不平衡領域について、それぞれH-InvDBの転写産物と機能ドメインに関連づけて、情報整備して公開しています。VarySysDBでは、個々の多型情報ごと及び転写産物ごとに整備された情報を、検索し表示ができる他、キーワードによる検索も可能になりました。検索した情報はダウンロードもできます。
主な対象データDNA-多型
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アカシアESTデータベース

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要約実用植物であるアカシア（Acacia mangium）のESTを6253個、配列決定し、そのデータを蓄積したデータベース。配列相同性による検索ができる。
主な対象データDNA-配列 EST
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ミヤコグサEST・完全長配列

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要約マメ科のモデル植物であるミヤコグサ（Lotus. japonicus）の、98838のEST配列と3488の完全長cDNA配列を蓄積したデータベース。DDBJから公開済みのデータおよび非公開データをともにダウンロードすることができる。尚、完全長cDNA配列は現在公開準備中である。
主な対象データDNA-配列
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微生物データベースシステム

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要約微生物名がわかっている場合、その属種名を入力すれば、オリジナル論文、旧名（もしあれば）、系統的位置、type strain、分離源、化学分類指標になる各種化学成分、基質利用性、エネルギー獲得様式、16S rDNAのDDBJ/EMBL/GenBankなどへのaccession numberなどの情報が得られます。微生物名以外にも、ある特定成分をもつ微生物を検索することもできます。
主な対象データ文献 旧名（もしあれば）、系統的位置、type strain、分離源、化学分類指標になる各種化学成分、基質利用性、エネルギー獲得様式、16S rDNAのDDBJ/EMBL/GenBankなどへのaccession numberなど
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微細藻類遺伝子工学データベース

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要約微細藻類の遺伝子組み換えに役に立つ情報が集められているデータベース。それらの情報とは以下の6種類に分類されます。1. ホストーベクター系　(ベクターの構造, プロモーター,　研究機関、文献)2. 遺伝子導入法　(生物種, 方法, 文献)3. 有用物質の生産　(プロダクト, ホスト, 導入遺伝子, 文献)4. インヒビター耐性変異株　(生物種, インヒビター, 変異遺伝子, 文献)5. 合成トランスポゾン系6. 選択マーカー(オリジナルサイトより)
主な対象データDNA-制御領域
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機能性RNAゲノムブラウザー

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要約機能性RNAゲノムブラウザーは、UCSC Genome Browserに機能性RNAに関連したトラックの追加および機能拡張を施したものです。様々な既知ncRNAのゲノムへのマッピング情報がトラック情報として閲覧可能です。機能性RNAの予測や新規機能性RNAのアノテーションに役立つと思われるトラックも追加されています。
主な対象データ比較ゲノム
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糸状菌ゲノム・転写制御データベース

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要約糸状菌の一種である麹菌(Aspergillus oryzae)は、日本では伝統的に酒・味噌・醤油な ど、 発酵・醸造工業に広く用いられています。また、最近ではバイオテクノロジーによるタンパク質や酵素などの分泌生産にも用いられるようになりました。このデータベースは、この麹菌について、塩基配列および発現制御などの役に立つ情報を集めるために企画したものです。EST データベース、転写制御データベース、 コスミドシークエンスの3種類のデータで校正されています。EST データベースでは、富栄養培地および貧栄養培地で培養した麹菌菌体よりRNAを調製し、プラスミドによるクローンを無作為に シングルパスのシークエンスを行なった結果に対して、FastAによる相同性検索ができます。
主な対象データDNA-配列
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統合がんゲノムデータベース

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要約抗がん剤の治療感受性や副作用を規定する遺伝子を同定することをめざして、乳がん患者のサンプルを用いて候補遺伝子上の一塩基多型（SNP）約3,000か所の遺伝子型をInvader法でタイピングし、その遺伝子型頻度と薬剤応答性や副作用の情報を統合したデータベースです。候補遺伝子としては、薬物動態・DNA損傷修復・アポトーシス・細胞周期制御・血管新生・炎症に関連する遺伝子を計512個選定しています。本データベースではSNPの遺伝子型頻度 の情報を提供しており、ダウンロードも可能です。
主な対象データDNA-多型
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遺伝子多様性データベース公開システム（H-GOLD）

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要約モデル疾患として選択した多因子性疾患について収集した遺伝子多型情報（JBIRCで収集し実験で多型性を確認したマイクロサテライト等）の2つのデータベースと疾患関連遺伝子を同定する実験・解析フロー（各種の検定、連鎖不平衡係数推定、集団のハプロタイプ頻度推定、ハプロタイプ組合せ分布推定等）のための7つの解析ツールです。Web上の解析サービスは平成19年3月で終了しました。解析ソフトウェアダウンロードサービスは利用可能です。平成24年6月22日より生命科学系データベースアーカイブにてGDBSのデータアーカイブが公開されました。
主な対象データDNA-多型 、マイクロサテライト、SNP
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