データベース

DOGAN

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成果物名DOGAN
成果物の別名Database of Genome Analyzed at NITE
成果物に関する説明NITEでゲノム解析した微生物のゲノムデータベースです。テキストと写真による詳細な菌株情報、塩基配列データ、ORFなどの遺伝子情報、遺伝子地図、プロテオーム解析結果を公開しています。これらの情報は、アノテーターによって確認されたものであり、時間の経過に即して再アノテーションも行っています。Blastを用いた相同性検索も行えます。
成果物のタイプDB
運用機関製品評価技術基盤機構 化学物質管理センター
機関所在国日本
サイトURL-
インターフェイスGUI
入力例[Full text search]テキストボックスに”kinase”を入力して[GO]ボタンを押す。
キーワードAcetobacter pasteurianus IFO 3283-32 (酢酸菌) | Acidiphilium multivorum AIU301 (好酸性、金属耐性) | Aeropyrum pernix K1 (好熱古細菌) | Acetobacter pasteurianus IFO 3283-32 (酢酸菌) | Acidiphilium multivorum AIU301 (好酸性、金属耐性) | Aeropyrum pernix K1 (好熱古細菌) | Anaerolinea thermophila UNI-1 (高温排水処理リアクター) | Aspergillus oryzae RIB40 (麹菌) | Brevibacillus brevis NBRC 100599 (タンパク質生産宿主) | Caldisericum exile AZM16c01 (新門カルディセリカ門) | Corynebacterium efficiens YS-314 (アミノ酸生産) | Deferribacter desulfuricans SSM1 (深海熱水噴出孔) | Desulfovibrio magneticus RS-1 (磁性粒子合成菌) | Gemmatimonas aurantiaca T-27 (新門ジェマティモナデテス門) | Kitasatospora setae KM-6054 (抗生物質生産) | Kocuria rhizophila DC2201 (有機溶媒耐性) | Methanocella paludicola SANAE (メタン生成古細菌) | Microlunatus phosphovorus NM-1 (ポリリン酸蓄積菌) | Oscillibacter valericigenes Sjm18-20 (シジミ消化管) | Pyrococcus horikoshii OT3 (好熱古細菌) | Rhodococcus erythropolis PR4 (有機溶媒耐性) | Rhodococcus opacus B4 (有機溶媒耐性) | Saccharomyces cerevisiae Kyokai no. 7 (清酒酵母) | Sphingobium japonicum UT26S (ヘキサクロロシクロヘキサン分解) | Sphingobium sp. SYK-6 (リグニン分解) | Staphylococcus aureus subsp. aureus MW2 (黄色ブドウ球菌(メチシリン耐性)) | Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌) | Staphylococcus haemolyticus JCSC1435 (ブドウ球菌(日和見感染菌)) | Streptomyces avermitilis MA-4680 (抗生物質生産) | Sulfolobus tokodaii strain 7 (好熱古細菌) | Tetragenococcus halophilus NBRC 12172 (耐塩性乳酸菌)
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法87|http://www.bio.nite.go.jp/dogan/data_download/view
使っている外部リソースPubMed | UniProt | InterPro | KEGG
主な対象データDNA-配列 、プロテオーム
生物種"Acetobacter pasteurianus IFO 3283-32 | Acidiphilium multivorum AIU301 | Aeropyrum pernix K1 | Acetobacter pasteurianus IFO 3283-32 [Taxonomy_id: 634457] | Acidiphilium multivorum AIU301 [Taxonomy_id: 926570] | Aeropyrum pernix K1 [Taxonomy_id: 272557, アエロパイラム・ペルニクス] | Anaerolinea thermophila UNI-1 [Taxonomy_id: 926569] | Arthrospira platensis NIES-39 [Taxonomy_id: 696747] | Aspergillus oryzae RIB40 [Taxonomy_id: 510516, コウジカビ] | Brevibacillus brevis NBRC 100599 [Taxonomy_id: 358681] | Caldisericum exile AZM16c01 [Taxonomy_id: 511051] | Corynebacterium efficiens YS-314 [Taxonomy_id: 196164] | Deferribacter desulfuricans SSM1 [Taxonomy_id: 639282] | Desulfovibrio magneticus RS-1 [Taxonomy_id: 573370] | Gemmatimonas aurantiaca T-27 [Taxonomy_id: 379066] | Kitasatospora setae [Taxonomy_id: 2066] | Kocuria rhizophila DC2201 [Taxonomy_id: 378753] | Methanocella paludicola SANAE [Taxonomy_id: 304371] | Microlunatus phosphovorus NM-1 [Taxonomy_id: 1032480] | Oscillibacter valericigenes Sjm18-20 [Taxonomy_id: 693746] | Pyrococcus horikoshii OT3 [Taxonomy_id: 70601, パイロコッカス・ホリコシイ] | Rhodococcus erythropolis PR4 [Taxonomy_id: 234621] | Rhodococcus opacus B4 [Taxonomy_id: 632772] | Saccharomyces cerevisiae Kyokai no. 7 [Taxonomy_id: 721032, 出芽酵母] | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. T000240 [Taxonomy_id: 718274, サルモネラ菌] | Sphingobium japonicum UT26S [Taxonomy_id: 452662] | Sphingobium sp. SYK-6 [Taxonomy_id: 627192] | Staphylococcus aureus subsp. aureus MW2 [Taxonomy_id: 196620, 黄色ブドウ球菌] | Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 [Taxonomy_id: 158879, 黄色ブドウ球菌] | Staphylococcus haemolyticus JCSC1435 [Taxonomy_id: 279808, スタフィロコッカス・ヘモリチカス] | Streptomyces avermitilis MA-4680 [Taxonomy_id: 227882] | Sulfolobus tokodaii str. 7 [Taxonomy_id: 273063] | Tetragenococcus halophilus NBRC 12172 [Taxonomy_id: 945021]"
利用条件なし
データ更新頻度 (過去2年間)12
最終更新日(調査日)2018/04/16 (2019/07/04)
利用できるIDORF_ID | NF_ID
IDを使った成果物の利用方法http://www.bio.nite.go.jp/dogan/feature/view/[ORF_ID]
外部リンク"UniProt (http://www.uniprot.org/), HAMAP(http://www.expasy.org/sprot/hamap/), InterPro(http://www.ebi.ac.uk/interpro/), Pfam(http://pfam.sanger.ac.uk/), PROSITE(http://ca.expasy.org/prosite/), TIGRFAMs(http://www.jcvi.org/cms/research/projects/tigrfams/overview/), COG(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/), MEROPS(http://merops.sanger.ac.uk/), TCDB(http://www.tcdb.org/), KEGG(http://www.genome.jp/kegg/), DDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp/), NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/), EMBL(http://www.ebi.ac.uk/embl/), GOLD(http://www.genomesonline.org/), Genome project of Streptomyces avermitilis(http://avermitilis.ls.kitasato-u.ac.jp)"
論文等(PubMed ID)なし
稼働状況運用終了