データベース

MassBase

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成果物名MassBase
成果物の別名A comprehensive mass spectral tags archive for plant metabolomics.
成果物に関する説明メタボロミクスの概念は、この数年間で、システムバイオロジーの新たなオミックス層として出現している。しかし、バイオインフォマティクス研究のために公に利用できる大量のデータはまだ観測されていません。MassBaseは大量のmass spectrum tags(MST)のアーカイブであり、そこには主に植物から得た生物学的なサンプルとピークアノテーションのための標準化学試薬で現れた既知・未知両方のピークが含まれている。データベースの目的はメタボロミクスの巨大なデータセットを使用するバイオインフォマティクス研究を強化することです。GC-MSを用いた7600MST、LC-MSを用いた7100MSTおよびCE-MSを用いた28800MST由来の39100000を超えるピークは、バイナリ形式の生データファイルと共にテキスト形式ファイルとしてアーカイブされている。バイナリ形式の生データスキャンに含まれるテキスト形式のmassシグナルリスト(Scanned mass spectra(SMS))もアーカイブしている。計算機によるピーク判断の検証や品質改善の研究に寄与するでしょう。全てのデータはこのサイトから無料でダウンロードできます。データセットを拡張するためにCE-MSといった別タイプのmassを近い将来計画している。MassBaseはNEDOプロジェクトのサポートにより、かずさDNA研究所で開発しました。(オリジナルサイトから)
成果物のタイプDB
運用機関かずさDNA研究所
機関所在国日本
サイトURLhttp://webs2.kazusa.or.jp/massbase/index.php/
インターフェイスGUI
入力例[search]テキストボックスに”Arabidopsis”を入力して[GO]ボタンをクリックする。
キーワードMST | SMS | 植物 | 大量データ | Medicago truncatula (牧草) | Saccharomyces cerevisiae (清酒酵母)
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法1100000|http://webs2.kazusa.or.jp/massbase/index.php?action=Massbase_ShowDownload からファイルダウンロード
使っている外部リソースなし
主な対象データ代謝産物
生物種"Acacia mangium | Arabidopsis thaliana | Cosmos bipinnatus | Acacia mangium [Taxonomy_id: 224085] | Arabidopsis thaliana [Taxonomy_id: 3702, シロイヌナズナ] | Cosmos bipinnatus [Taxonomy_id: 51277, オオハルシャギク | コスモス] | Dicksonia antarctica [Taxonomy_id: 3271] | Escherichia coli [Taxonomy_id: 562, 大腸菌] | Glycine max [Taxonomy_id: 3847, ダイズ] | Hevea brasiliensis [Taxonomy_id: 3981, パラゴムノキ] | Jatropha curcas [Taxonomy_id: 180498] | Lotus japonicus [Taxonomy_id: 34305, ミヤコグサ] | Medicago sativa [Taxonomy_id: 3879, アルファルファ] | Medicago truncatula [Taxonomy_id: 3880, タルウマゴヤシ] | Mus musculus [Taxonomy_id: 10090, マウス] | Nicotiana tabacum [Taxonomy_id: 4097, タバコ] | Saccharomyces cerevisiae [Taxonomy_id: 4932, 出芽酵母] | Solanum lycopersicum [Taxonomy_id: 4081, トマト] | Solanum pimpinellifolium [Taxonomy_id: 4084] | Thellungiella halophila [Taxonomy_id: 98038]"
利用条件なし
データ更新頻度 (過去2年間)21
最終更新日(調査日)2021/05/11
利用できるIDMD ID
IDを使った成果物の利用方法http://webs2.kazusa.or.jp/massbase/index.php?action=Massbase_ShowPeakListPage&md_id=[MD ID]
外部リンクなし
論文等(PubMed ID)pmid:34177338
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