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G-compass

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成果物名G-compass
成果物の別名G-compass : Comparative genome browser
成果物に関する説明G-compassは比較ゲノム解析研究のためのツールとして開発され、進化的に保存されたゲノム領域とオルソログ遺伝子のデータを提供しています。解析対象はヒト+12生物種です(チンパンジー、マカクザル、マウス、ラット、イヌ、ウマ、ウシ、オポッサム、ニワトリ、ゼブラフィッシュ、メダカ、ミドリフグ)。ゲノムの極保存領域(UCE)とコピー数多型領域(CNV)の情報を提供するとともに、ウィンドウ解析やドットプロットを表示するツールを備えています。
成果物のタイプDB
運用機関産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター
機関所在国日本
サイトURLhttp://www.h-invitational.jp/g-compass/
インターフェイス検索サイト
入力例トップページ上部の"Search genes/transcripts by"で、プルダウンメニューから"Keyword"を選び、テキストボックスに"calmodulin"を入力して"Search"ボタンを押す。
キーワードゲノムアラインメント | アノテーション
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法7113.0|トップページ上部の[Download]からダウンロードページが表示される。
使っている外部リソースH-InvDB | DDBJ | Ensembl | Refseq | UCSC
主な対象データ比較ゲノム
生物種"Homo sapiens | Bos taurus | Canis lupus familiaris | Bos taurus [Taxonomy_id: 9913, ウシ] | Canis lupus familiaris [Taxonomy_id: 9615, ハイイロオオカミ] | Danio rerio [Taxonomy_id: 7955, ゼブラフィッシュ] | Equus caballus [Taxonomy_id: 9796, ウマ] | Gallus gallus [Taxonomy_id: 9031, ニワトリ] | Homo sapiens [Taxonomy_id: 9606, ヒト] | Macaca mulatta [Taxonomy_id: 9544, アカゲザル] | Monodelphis domestica [Taxonomy_id: 13616, ハイイロジネズミオポッサム] | Mus musculus [Taxonomy_id: 10090, マウス] | Oryzias latipes [Taxonomy_id: 8090, メダカ] | Pan troglodytes [Taxonomy_id: 9598, チンパンジー] | Rattus norvegicus [Taxonomy_id: 10116, ラット] | Tetraodon nigroviridis [Taxonomy_id: 99883]"
利用条件表示-継承
データ更新頻度 (過去2年間)4
最終更新日(調査日)2010/01/29 (2019/07/04)
利用できるIDH-Inv cluster ID (HIX) | H-Inv transcript ID (HIT) | Accession Number | HUGO gene symbol | InterPro ID
IDを使った成果物の利用方法なし
外部リンクhttp://www.h-invitational.jp/g-compass/cgi-bin/gc_main.cgi?hit=[HIT ID]&species_1=[SPECIES1 (e.g. hg18)]&species_2=[SPECIES2(e.g. pt2)]
論文等(PubMed ID)pmid:16169162
稼働状況稼働中