データベース

DoBISCUIT

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成果物名DoBISCUIT
成果物の別名細菌がもつ二次代謝産物の生合成遺伝子クラスターについての知見を集約したデータベースです。 放線菌をはじめとする細菌が産生する二次代謝産物は医薬品・化合物合成の候補品として注目されていますが、二次代謝産物を合成する遺伝子クラスターの情報は各研究者が個別に塩基配列を登録しており、これまで集約されていませんでした。DoBISCUITはそれらの塩基配列情報を集約し、新たな知見も加味して統一的なアノテーションを付与し、分類した知識集約型のデータベースです。 二次代謝産物の生合成クラスターに関する情報を総合的に取得することができます。
成果物に関する説明DoBISCUITは細菌がもつ二次代謝産物の生合成遺伝子クラスターについての知見を集約したデータベースです。放線菌をはじめとする細菌が産生する二次代謝産物は医薬品・化合物合成の候補品として注目されています。しかし二次代謝産物を合成する遺伝子クラスターの情報は各研究者が個別に塩基配列を登録しており、集約されていませんでした。DoBISCUITはそれらの塩基配列情報を集約し、新たな知見も加味して統一的なアノテーションを付与し、分類を行った知識集約型のデータベースです。このデータベースをご利用になることで二次代謝産物の生合成クラスターに関する情報を総合的に取得することができます。医薬品・化合物合成をサポートする基盤情報としてお役に立つことを期待しています。
成果物のタイプDB
運用機関製品評価技術基盤機構 化学物質管理センター
機関所在国日本
サイトURL-
インターフェイスGUI
入力例URLで表示される遺伝子クラスターのリストから興味のある遺伝子クラスターをクリックする。URL右上のSearch inと書いてあるテキストボックスに検索したい文字を入力する。URL(Search)で表示されるテキストボックスに検索したい文字を入力する。URL(BLAST)で表示されるテキストボックスに検索したい配列を入力し、下に表示されるデータベースを選んでSearchボタンを押す。URL(Module)で表示されるチェックボックスの中から、検索したいドメインを選択し、Searchボタンを押す。
キーワード細菌 | 二次代謝産物 | 生合成遺伝子クラスター
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法30|http://www.bio.nite.go.jp/pks/data_download/view
使っている外部リソースGenbank | Uniprot | NBRC | NCBI Taxonomy | Pubmed
主な対象データアノテーション 、二次代謝産物
生物種"Pseudomonas fluorescens | Sorangium cellulosum | Stigmatella aurantiaca | Actinosporangium vitaminophilum ATCC 31673 [Taxonomy_id: 76728] | Amycolatopsis mediterranei S699 [Taxonomy_id: 33910] | Micromonospora megalomicea subsp. nigra NRRL 3275 [Taxonomy_id: 136926] | Mycobacterium ulcerans Agy99 [Taxonomy_id: 362242, マイコバクテリウム・ウルセランス] | Nostoc sp. ATCC 53789 [Taxonomy_id: 76335] | Pseudomonas fluorescens Pf-5 [Taxonomy_id: 220664, 蛍光菌] | Saccharopolyspora spinosa NRRL 18538 [Taxonomy_id: 60894] | Sorangium cellulosum So ce26 [Taxonomy_id: 56, 粘液細菌] | Sorangium cellulosum So ce90 [Taxonomy_id: 56, 粘液細菌] | Stigmatella aurantiaca DW4/3-1 [Taxonomy_id: 378806, スチグマテラ・オーランチアカ] | Stigmatella aurantiaca Sga15 [Taxonomy_id: 41, スチグマテラ・オーランチアカ] | Streptomyces achromogenes var. rubradiris NRRL3061 [Taxonomy_id: 285531] | Streptomyces antibioticus ATCC 11891 [Taxonomy_id: 1890, ストレプトマイセス・アンチビオチクス] | Streptomyces antibioticus DSM 40725 [Taxonomy_id: 1890, ストレプトマイセス・アンチビオチクス] | Streptomyces antibioticus NRRL 8167 [Taxonomy_id: 1890, ストレプトマイセス・アンチビオチクス] | Streptomyces aureofaciens T?117 [Taxonomy_id: 1894, ストレプトマイセス・オーレオファシエンス] | Streptomyces avermitilis ATCC 31267 [Taxonomy_id: 33903] | Streptomyces bikiniensis NRRL 2737 [Taxonomy_id: 1896] | Streptomyces caelestis NRRL 2821 [Taxonomy_id: 36816] | Streptomyces cinnamonensis ATCC 15413 [Taxonomy_id: 1900] | Streptomyces coelicolor A3 [Taxonomy_id: 100226, ストレプトマイセス・セリカラー] | Streptomyces collinus T?365 [Taxonomy_id: 42684] | Streptomyces cyanogenus S136 [Taxonomy_id: 80860] | Streptomyces diastaticus 108 [Taxonomy_id: 1956] | Streptomyces fradiae T?2717 [Taxonomy_id: 1906] | Streptomyces griseoflavus G? 3592 [Taxonomy_id: 35619] | Streptomyces griseoruber ATCC 15422 [Taxonomy_id: 1943] | Streptomyces griseus K-63 [Taxonomy_id: 1911, ストレプトマイセス・グリセウス] | Streptomyces halstedii HC34 [Taxonomy_id: 1944] | Streptomyces hygroscopicus AM 3672 [Taxonomy_id: 1912] | Streptomyces hygroscopicus NRRL 5491 [Taxonomy_id: 1912] | Streptomyces hygroscopicus subsp. ascomyceticus ATCC 14891 [Taxonomy_id: 132248] | Streptomyces lasaliensis ATCC 31180 [Taxonomy_id: 324833] | Streptomyces lydicus NRRL 2433 [Taxonomy_id: 47763] | Streptomyces nanchangensis NS3226 [Taxonomy_id: 204925] | Streptomyces natalensis ATCC 27448 [Taxonomy_id: 68242] | Streptomyces neyagawaensis ATCC 27749 [Taxonomy_id: 42238] | Streptomyces nodosus ATCC 14899 [Taxonomy_id: 40318] | Streptomyces noursei ATCC 11455 [Taxonomy_id: 316284, ストレプトマイセス・ノウルセイ] | Streptomyces parvulus T?4055 [Taxonomy_id: 146923] | Streptomyces platensis Mer-11107 [Taxonomy_id: 58346] | Streptomyces roseofulvus AK24158 [Taxonomy_id: 33902] | Streptomyces sp. AM-7161 [Taxonomy_id: 221710] | Streptomyces sp. CK4412 [Taxonomy_id: 404220] | Streptomyces sp. CM020 [Taxonomy_id: 569580] | Streptomyces sp. FR-008 [Taxonomy_id: 206662] | Streptomyces sp. HK803 [Taxonomy_id: 244967] | Streptomyces sp. NRRL 11266 [Taxonomy_id: 299254] | Streptomyces sp. R1128 [Taxonomy_id: 140437] | Streptomyces sp. SCC-2136 [Taxonomy_id: 264024] | Streptomyces spiroverticillatus [Taxonomy_id: 673666] | Streptomyces thioluteus HKI-227 [Taxonomy_id: 66431] | Streptomyces venezuelae ATCC 15439 [Taxonomy_id: 54571] | Streptomyces venezuelae ISP5230 [Taxonomy_id: 54571] | Streptomyces violaceoruber T?22 [Taxonomy_id: 1935] | Streptomyces violaceusniger [Taxonomy_id: 68280, ストレプトマイセス・バイオラセウスニガー] | Streptomyces violaceusniger DSM 4137 [Taxonomy_id: 68280] | Streptomyces virginiae MAFF11-0615 [Taxonomy_id: 1961]"
利用条件クリエイディブコモンズ 表示-改変禁止
データ更新頻度 (過去2年間)2回/1年
最終更新日(調査日)2018/04/16 (2019/05/20) 運用終了
利用できるIDCDS ID
IDを使った成果物の利用方法http://www.bio.nite.go.jp/pks/feature/view/[CDS ID]
外部リンクGenbank | Uniprot | NBRC | NCBI Taxonomy | Pubmed
論文等(PubMed ID)pmid:23185043
稼働状況運用終了