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RNA ( 20/28件 )

H-EPD

要約 H-Inv Extended Protein Database (H-EPD)は、MS/MS解析用サーチエンジンに利用可能なヒトの予測タンパク質配列を提供しています。H-InvDB独自の転写産物より予測されたH-Invタンパク質と、UniProtKB/Swiss-Prot・RefSeqの精査されたタンパク質の配列データを含み、プロテオーム解析における新規タンパク質の同定にご利用できます。
主な対象データ タンパク質-配列

H-Exp

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要約 iAFLP によるヒト組織特異的転写物発現頻度データのDBで、H-InvDB と連携しています。本DBには3つの特徴があり、①表示対象遺伝子クラスター・アイソフォームの検索・参照・ソート、②遺伝子クラスター・アイソフォームに結び付けられた発現頻度パターンデータの比較、③遺伝子単位の発現情報の詳細情報をはじめとする各種関連情報の表示を高速に実行することが可能となっております。※オリジナルサイトは現在公開を停止しております。
主な対象データ 遺伝子発現

H-InvDB

要約 H-InvDBはヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベースです。ヒトのすべての転写産物の配列をあらゆる手法で解析することにより、ヒト遺伝子の構造、選択的スプライシング、タンパク質としての機能などの精査されたアノテーション(注釈付け)情報を提供しています。
主な対象データ "RNA ヒト完全長cDNA, mRNA"

HGPD

要約 HGPDはヒトゲートウェイクローンやタンパク発現データ、細胞内局在を格納し、これらクローンを検索できるユニークなデータベースです。NEDOの完全長cDNAプロジェクトで、30000件のヒトcDNAクローン配列を解析しました。(論文からhttp://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/gkn872?ijkey=zKpNqhZH6jrUuzi&keytype=ref)
主な対象データ DNA-配列

JSNP DATABASE

要約 日本人一般集団786人を対象に遺伝子型の決定を行い、アレル(対立遺伝子)頻度のデータを第9回公開から提供しています。NEDOプロジェクトの成果(データ)が一部含まれています。
主な対象データ DNA-多型 アレル(対立遺伝子)頻度

MiFuP

要約 MiFuPはゲノム配列情報から微生物の機能を推定するデータベースです。ゲノム配列が読まれている微生物について、その推定機能を収録しており、キーワード検索により、目的の機能を持つと推定される微生物を手軽に検索できます。機能検索では、微生物のゲノム配列、若しくはCDS配列を入力すると、その機能を推定できます。搭載しているMiFuP wikiでは、微生物が発揮する機能情報について、文献等から得られる情報(機能を発揮するメカニズム、実用化例等)を日本語でまとめ、記事ページを作成しています。
主な対象データ アノテーション

NBRCオンラインカタログ検索

要約 NBRC (NITE Biological Resource Center)は、バイオ産業の発展のため、糸状菌、酵母、細菌、放線菌、微細藻類など多様な微生物資源を収集・保存し、提供しています。本サイトでは、試験及び研究開発を行う企業・大学等が、これら資源の検索と詳細情報を確認することができます。
主な対象データ DNA-配列

PMPj-Blast

要約 ミヤコグサやカンゾウのESTや完全長cDNA、 マイクロアレイプローブなど、PMPj(NEDO植物物質生産プロジェクト、H14?22)で得られた遺伝子配列情報をBlast検索することができるデータベース(出典:オリジナルサイトより)。
主な対象データ DNA-配列 、EST-配列

RAvariome

要約 RAvariomeは自己免疫疾患、関節リウマチ (RA) に関わる遺伝子多型情報を収集し、個人の遺伝的リスク予測や分子標的創薬を支援するデータベースです。本データベースでは、GWASなどの疾患関連解析の研究成果を包括的に評価し、複数の研究で再現性が認められている信頼の高い遺伝子多型の情報を提供しています。さらに、これらの信頼できる遺伝子多型を基に、関節リウマチに対する遺伝的なリスクを予測するツールを提供しています。
主な対象データ 遺伝子/ゲノム多型

Recount DB

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要約 RNA Seq などの公開データにシーケンサーエラーを考慮した補正を加えた二次データベースです。
主な対象データ RNA