INOH Pathway Database
| 要約 | ヒト、マウス、ラット等のモデル動物のパスウェイデータベースです。シグナル伝達パスウェイや代謝を構成する複層的生体分子の関係などの情報を含みます。（備考：BioPAX）(旧URL:http://www.inoh.org/) |
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| 主な対象データ | タンパク質-プロテオーム |
KATANA
| 要約 | シロイヌナズナのゲノム情報を様々な公共データベースから取得することができます。多くのデータベース間での変化は、同じ遺伝子を別の注釈を付けることができます。命名規則を鑑み、我々はWebベースのツールKATANA（かずさシロイヌナズナアノテーション抄録; http://www.kazusa.or.jp/katana/）を開発し、ユーザーがシロイヌナズナのゲノム情報に関連する公共のデータベースに1つのサイトからの検索できるように誘導します。（出典：論文より）このツールには、遺伝子とタンパク質、遺伝子ファミリー、遺伝子オントロジー（GO）ターム、Massively Parallel Signature Sequencing法（MPSS）の実験から得られた代謝経路や遺伝子発現データの情報とアノテーションが含まれます。このツール内のエントリにはそれらのデータベースへのハイパーリンクがあり、元のサイトにアクセスすることで詳細化できます。代謝経路とGOタームの高度な検索も行うことができます。（出典：オリジナルペーパーより） |
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| 主な対象データ | 遺伝子発現 、代謝経路、GO |
KNApSAcK
| 要約 | 植物において約10万種以上が同定されているといわれている二次代謝産物の構造は多様性に富んでおり、科や属といった特定の生物分類において存在が確認されていることからも、代謝産物の多様性は生物の進化が反映されたものと考えられています。このことから、代謝産物とそれが同定された生物に関するデータは、生物、化学進化や代謝経路の推定、有用物質を合成する生物の探索等の研究に有用な情報を与えると考えられます。そこで、生物種と代謝産物の関係を体系化することを目的に、二次代謝産物データベースシステム KNApSAcKを開発し、無償で公開しています。 KNApSAcKは分子式、分子量、生物種名や実験によって得られたマススペクトル解析結果からの化合物検索や、生物系統からの情報検索等がおこなえます。（出典：オリジナルサイトより） |
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| 主な対象データ | 代謝産物 マススペクトル |
KNApSAck Family
| 要約 | 生物種-代謝物データベースのKNApSAcKをコアシステムとした統合型データベースです。遺伝子アノテーションではArabidopsis、Bacillus、Humanが公開されている。また、タンパク質の金属イオン結合部位のデータベースMetalMineやジャムデータベースや漢方薬のデータベースとも連携している。更に、世界119カ国から7356の植物種データが格納されている。これらのデータは出版されている科学論文から集めているものです。NEDOプロジェクトの成果が一部含まれています。 |
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| 主な対象データ | 代謝産物 |
KomicMarket
| 要約 | KomicMarket(Kazusa Omics Data Market)は、代謝物を含むシステムバイオロジーやマルチオミックス解析に強く興味を持つ研究者により開発、運用されいます。 KomicMarketは、LC-FT-ICR-MS法（液体クロマトグラム-フーリエ変換-イオンサイクロトン質量分析）で検出された代謝物のピークのアノテーション（精密質量に基づく組成式や化合物名候補など）を主に格納しています。（出典：オリジナルサイトより） |
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| 主な対象データ | 代謝産物 、マススペクトル |
LEGENDA
| 要約 | Legendaは、MEDLINE文献に書かれた遺伝子、遺伝子機能、疾患、または基質のうち、2つが共起した文献を探すシステムです。遺伝子2つのような同じタイプでも検索できます。独自の遺伝子名辞書をもっています。 |
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| 主な対象データ | 文献 、遺伝子、疾患、基質 |
LfDB
| 要約 | レクチンフロンティアデータベース(LfDB)は、蛍光検出を用いた自動化フロンタルアフィニティークロマトグラフィーシステム(FAC-FD、Fig. 1)を用いて取得した各種レクチンとピリジルアミノ化糖鎖間の結合定数を含む定量的相互作用データを格納しています。本方法で取得した相互作用データの精度、信頼性は非常に高いことから、LfDBは今後、広く生物学研究において貴重な情報源になると考えられます。（オリジナルサイトから） |
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| 主な対象データ | 糖鎖 レクチン |
LigandBox
| 要約 | LigandBoxは、計算機によるバーチャルスクリーニング用の低分子化合物のデータベースです。それぞれの化合物は、水素原子を含む全原子の３次元座標と原子電荷の情報が含まれており、すぐにドッキング計算に使用できるようになっています。LigandBox(LIGANDs Data Base Open and eXtensible)はJBICによって、分子シミュレーションシステムmyPrestoの一部として開発され,新エネルギー・産業技術総合開発機構（NEDO）によって開発支援を受けています。3次元構造データの作成は、ナミキ商事株式会社からいただいた2Dの化合物データをもとに行っています。本データベースの３次元構造は、計算により生成されたものであり、試薬ベンダー等の保有する化合物と厳密には一致しない場合があります。 |
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| 主な対象データ | 低分子化合物立体構造 |
MassBank
| 要約 | MassBank は 慶應義塾大学先端生命科学研究所（IAB） 分析化学グループ、理化学研究所植物科学研究センター（PSC）メタボローム基盤グループが中心となり、 JST-BIRD プロジェクトとして開発する高分解能マススペクトルデータベースです。 MassBankでは類似スペクトル検索、化合物検索、ピーク検索のサービスを提供しています。また、2008年に 日本質量分析学会 の公式マススペクトルデータベースとして認められました（オリジナルサイトより引用）。NEDOプロジェクトの成果（データ）が一部含まれています。 |
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| 主な対象データ | マススペクトル |
MassBase
| 要約 | メタボロミクスの概念は、この数年間で、システムバイオロジーの新たなオミックス層として出現している。しかし、バイオインフォマティクス研究のために公に利用できる大量のデータはまだ観測されていません。MassBaseは大量のmass spectrum tags（MST）のアーカイブであり、そこには主に植物から得た生物学的なサンプルとピークアノテーションのための標準化学試薬で現れた既知・未知両方のピークが含まれている。データベースの目的はメタボロミクスの巨大なデータセットを使用するバイオインフォマティクス研究を強化することです。GC-MSを用いた7600MST、LC-MSを用いた7100MSTおよびCE-MSを用いた28800MST由来の39100000を超えるピークは、バイナリ形式の生データファイルと共にテキスト形式ファイルとしてアーカイブされている。バイナリ形式の生データスキャンに含まれるテキスト形式のmassシグナルリスト（Scanned mass spectra（SMS））もアーカイブしている。計算機によるピーク判断の検証や品質改善の研究に寄与するでしょう。全てのデータはこのサイトから無料でダウンロードできます。データセットを拡張するためにCE-MSといった別タイプのmassを近い将来計画している。MassBaseはNEDOプロジェクトのサポートにより、かずさDNA研究所で開発しました。（オリジナルサイトから） |
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| 主な対象データ | 代謝産物 |