ATTED II
| 要約 | ATTED IIは遺伝子機能予測に関係するシロイヌナズナの共発現遺伝子や予測cis elementsを提供するデータベースです。共発現遺伝子データソースはAtGenExpressで集められた公に使えるマイクロアレイデータ（58実験、1388スライド）です。共発現は重みつきピアソン相関関数をベースとしたMutual rank（MR）です。3月にCoeXSearch機能が付け加わりました。NEDOプロジェクトの成果が含まれています。 |
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| 主な対象データ | 遺伝子発現 、マイクロアレイ、パスウェイ |
CellMontage
| 要約 | CellMontageは、マイクロアレイデータ検索・解析システムです。異なるプラットフォーム間の遺伝子発現プロファイルを高速で比較解析できるソフトウエアです。クエリーとなる遺伝子発現プロファイルに似た、細胞もしくは組織の遺伝子発現を検索できます。発現情報に基づき遺伝子を順位付けし比較することで相同性検索を行います。 |
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| 主な対象データ | 遺伝子発現 | 細胞 | 組織 |
CELLPEDIA
| 要約 | CELLPEDIAは細胞に関する異なる情報を網羅的に収集したヒト細胞データベースです。各データは、オントロジーを用いた細胞の体系的な分類や形態値情報と共に関連する遺伝子発現や細胞分化・転換などを含む論文情報を付加して細胞研究に必要な情報を一度に参照することができるようになっています（出典：オリジナルサイトより）。 |
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| 主な対象データ | 細胞 |
CGH Data Base
| 要約 | CGH Databaseは種々の癌細胞株のアレイCGH(Comparative Genomic Hybridization) 解析データを対象としたデータベースです。NEDOプロジェクトの成果が含まれています。 |
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| 主な対象データ | 病気-ガン |
CoP
| 要約 | CoPは植物の共発現する遺伝子と生物学的プロセスを統合したデータベースです。生物学的プロセスの情報は遺伝子オントロジーの側面を基礎にしています。このデータベースの配列情報はTAIRデータベースから取得されています。共発現解析は、共発現ネットワーク解析のアプローチであるConfeitoアルゴリズムを利用して実行しています。2009年3月12日にCoexProcessデータベースからリニューアルバージョンになりました。リニューアルバージョンには、シロイヌナズナ（5257、3654、1388アッセイ）と、ポプラ（95アッセイ）のDNAマイクロアレイデータセットが格納されています。このデータベースは毎月充実されていく予定です。（出典：オリジナルサイトから） |
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| 主な対象データ | 遺伝子発現 |
COVID-19症例データベース
| 要約 | 自治医科大学では、以前より内科疾患の症例報告の文脈を整理し、コンピュータで解析するシステムを開発してきた。今回、日本感染症学会の了解をいただき、同学会ホームページに掲載されている症例報告の中から約94症例をTree状に整理した。症例の文脈をたどって、生じたイベントの時系列と、医学用語の関係を図示した。これによりCOVID-19症例の可視化と、簡単な分析が可能となった【図表1】。 |
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| 主な対象データ | COVID19の症例 |
DAGViz
| 要約 | DAGVizはイロイヌナズナ遺伝子をはじめとする43の生物種のオントロジーを検索・閲覧できるデータベースです。GO termや遺伝子産物の名前からGOの検索ができます。 検索画面では、PubMedや遺伝子産物のハイパーリンクで詳細情報を得ることができます。GO termをDAG（各GO termからBiological Processなどのトップ・タームまでのGO termのパス）を表示することが可能です。各GO termを色別に表したカラーチャートで表示することができます。複数のカラーチャートを並べることで、対照実験などで観察されるGO termを容易に比較することができます。（オリジナルサイトから） |
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| 主な対象データ | アノテーション GO |
Data and Biological Resource Platform（生物資源データプラットフォーム）
| 要約 | 生物資源に関する情報（コレクション情報や生物の特性情報、オミックス情報など）が利用できるデータプラットフォームです。NITE保有の微生物コレクションの他、DBRPへご登録いただいている外部機関のコレクションを検索することができます。また、DBRP Stanzaでは、理化学研究所JCM微生物リソースメタデータの微生物情報とNITEのコレクションを統合的に検索することができます。 NITE保有の微生物コレクションに関する情報は、今後様々な種類のデータを公開します。 例えば2021年11月現在、NITEのHPで提 しているMALDI-TOF MS微生物同定用ライブラリー（指紋判定法） ＜https://www.nite.go.jp/nbrc/industry/maldi/maldi.html＞の構築にあたって取得した微生物のMALDI-TOF MSデータなど、産業界のニーズに合わせて公開していきます。 |
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| 主な対象データ | 生物資源に関する情報（微生物株情報、分離源など）、データ（ゲノム、実験データ、画像など） |
DIAM
| 要約 | 遺伝子組換え技術を利用する事業者の利便性向上と安全・安心に対する社会的要請に応える方策の一助として、本システム（微生物産業利用支援データベース、DataBiosafety for Industrial Applications of Microbes）（略称：ＤＩＡＭ）を構築した。本システムは、産業界におけるバイオセイフティ情報源としての有用性を高めることを目的として、それぞれ独自に開発された二つのデータベース（「組換え微生物等の産業使用促進情報システム」（略称：ＪＢＡＭ）、及び「バイオセイフティデータベース」）を統合したものである。(出典：オリジナルサイトより)(旧URL:http://diam-jba.jp/diam/index.jsp) |
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| 主な対象データ | 文献 、バイオセイフティ情報 |
DNA ProbeLocator
| 要約 | アフィメトリクス、アジレント、ならびにDNAチップ研究所から提供された多様なプラットフォームのマイクロアレイプローブ配列すべてを完全長cDNA配列に対してマッピングした結果を格納しています。（オリジナルサイトから翻訳） |
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| 主な対象データ | 遺伝子発現 プローブ |