成果物名 DB-SPIRE
成果物の別名 Database for Structure-based Protein Interaction Research
成果物に関する説明

実験的または配列解析(ホモロジーサーチとマルチプルアライメント)によって同定されたアミノ酸配列モチーフのタンパク質立体構造における位置を登録したものです。アミノ酸配列モチーフデータベースとして、PROSITEとBLOCKSの2種類を用いました。前者は実験的のみ、後者は実験的および配列解析によるモチーフを登録したデータベースです。タンパク質立体構造データベースとしてはPDBを用い、各エントリーにおけるSEQRES行とATOM 行の両方の配列情報から、それぞれモチーフ位置を決めています。

成果物のタイプ DB
運用機関 産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
機関所在国 日本
サイトURL
インターフェイス GUI
入力例

調査中

キーワード
タンパク質
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法 0|なし
使っている外部リソース PROSITE | BLOCKS | PDB | SCOP
主な対象データ タンパク質-モチーフ
生物種
全生物種
利用条件
データ更新頻度 (過去2年間) 0
最終更新日(調査日) 2010/01/18 (2010/01/23)
利用できるID
PDP ID | PROSITE AC | BLOCKS AC
IDを使った成果物の利用方法 調査中
外部リンク

サービス終了

論文等(PubMed ID)

調査中