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RNA

A Method for Extracting Optimal Sequence Related to Biological Activity

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要約このプログラムは、生物活性と塩基配列を関連付け、その生物活性に関連した最適塩基配列を抽出する解析プログラムです。(オリジナルサイトから翻訳)
主な対象データDNA-モチーフ
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CentroidAlifold

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要約CentroidAlifoldはアラインメントされたRNA配列から二次構造を予測するツールです。CentroidAlifoldは、CentroidFoldのソフトウェアパッケージに含まれています。(オリジナルサイトから翻訳)
主な対象データRNA 二次構造
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CentroidAlign

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要約CentroidAlignは、sum-of-pairスコア最大化法を利用して、精度よく、高速にRNAの多重アラインメントを作成します。ダウンロードページから3種のアーカイブ(linux(Intel用)、linux(AMD用)、windows)を取得できます。(オリジナルサイトから翻訳)
主な対象データRNA アラインメント
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CentroidFold

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要約CentroidFoldはRNAの2次構造予測および共通2次構造予測を行うためのソフトウェアです。ベンチマークテストではMfoldやRNAfoldよりも優れた予測性能を発揮することが確かめられています。
主な対象データRNA
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CentroidHomfold

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要約CentroidHomfoldは相同性配列を使ったRNAの2次構造予測を行います。ダウンロード版とWebサーバー版が提供されています。CentroidHomfoldはCentroidFoldのソフトウェアパッケージに含まれています。(オリジナルサイトから翻訳)
主な対象データ二次構造
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ChIP2LAMP

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要約「ChIP2LAMP」は、ChIP-seqとRNA-seq結果を統合し、発現変動に有意に関連する転写因子の組合せを見つけるソフトウェアです。
主な対象データ"DNA-配列 , RNA-配列"
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DAFS

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要約"期待精度最大化原理に基づいてRNA構造アラインメントを整数計画問題として定式化し,双対分解によってこれを高速に解くRNA配列アラインメントツールです。DAFSはFASTAフォーマットを入力として、構造アラインメントを出力します。"
主な対象データRNA
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Dnemulator

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要約DNA配列のエラーや多型、シトシンメチル化、バイサルファイト変換をシミュレートするツールです。
主な対象データDNA-配列
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Fdur

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要約系統学的ツリーモデルにおける十分統計量と期待値最大化アルゴリズムをつかったツール(出典:オリジナルサイトより翻訳)。
主な対象データRNA
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HEAT

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要約H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツールH-InvDB Enrichment Analysis Tool (HEAT)は、ヒト遺伝子の集合(遺伝子リスト)に対して、その特徴を機械的に判定するデータマイニング・ツールです。H-InvDBのさまざまなアノテーション項目について、ユーザが入力した遺伝子リストの中に平均より有意に高い頻度で出現する項目を見つけ出します。この手法は一般にGene Set Enrichment Analysis(GSEA)と呼ばれ、マイクロアレイ実験のデータ解析等によく使われます。統計学的な検定にはフィッシャーの正確確率検定を用いています。
主な対象データアノテーション
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