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蛋白質

ARCHAIC

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要約"古細菌ゲノムDNAの配列とその遺伝子情報を提供するデータベースです。古細菌ゲノムのDNA配列(独自に決定したものを含む)を独自に開発した生物情報学的方法によって解析することにより、ゲノム全体の構成を解明するとともにゲノム構成の比較を行う目的で構築されました。下記3種の情報を格納しています(Pyrococcus sp. OT3, Thermoplasma volcanium GSS1, Archaeoglobus fulgidus)。"
主な対象データDNA-配列 、ゲノム
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ARMLiPDB

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要約"ARMLiPDBは、マウス肝蛋白質の年齢軸発現データベースです。年齢軸に沿った網羅的肝蛋白質発現解析を、核と細胞質、それぞれの分画蛋白質の網羅的解析を二次元電気泳動と質量計等を駆使するプロテオミックス最先端解析方法で行い、結果を網羅的年齢軸変動データベースとして公開しています(現在は運用していないようです)。[出典]・重点研究支援業務成果報告書(平成14年度?平成19年度)http://www.jst.go.jp/koryu/csspr/h14/h14-06.pdf・JITA ニュースレター(January, 2008. No.16)http://www.jita.or.jp/news/dl/index16.pdf"
主な対象データ遺伝子発現
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ConfC

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要約本データベースは、現在得られているタンパク質立体構造からこの動的情報を抽出しデータベース化したもので、1)進化的構造変化、 2)結合による構造変化、3)構造的揺らぎの3種類をそれぞれ個別に分類したものです。
主な対象データタンパク質-立体構造
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DB-SPIRE

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要約実験的または配列解析(ホモロジーサーチとマルチプルアライメント)によって同定されたアミノ酸配列モチーフのタンパク質立体構造における位置を登録したものです。アミノ酸配列モチーフデータベースとして、PROSITEとBLOCKSの2種類を用いました。前者は実験的のみ、後者は実験的および配列解析によるモチーフを登録したデータベースです。タンパク質立体構造データベースとしてはPDBを用い、各エントリーにおけるSEQRES行とATOM 行の両方の配列情報から、それぞれモチーフ位置を決めています。
主な対象データタンパク質-モチーフ
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DOGAN

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要約NITEでゲノム解析した微生物のゲノムデータベースです。テキストと写真による詳細な菌株情報、塩基配列データ、ORFなどの遺伝子情報、遺伝子地図、プロテオーム解析結果を公開しています。これらの情報は、アノテーターによって確認されたものであり、時間の経過に即して再アノテーションも行っています。Blastを用いた相同性検索も行えます。
主な対象データDNA-配列 、プロテオーム
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Evola

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要約Evola (Evolutionary annotation database)はH-InvDBのサブデータベースの1つとして、ヒト遺伝子の分子進化アノテーション情報を格納しています。ヒトと14のモデル生物とのオーソログについて、アラインメントや系統樹、正負の自然選択情報を提供しています。オーソログ解析対象の生物はヒト、チンパンジー、オランウータン、マカクザル、マウス、ラット、イヌ、ウマ、ウシ、オポッサム、ニワトリ、ゼブラフィッシュ、メダカ、ミドリフグ、トラフグです。
主な対象データ比較ゲノム
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EzCatDB

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要約"EzCatDBデータベースでは、酵素立体構造情報、文献情報などに基いて、酵素触媒機構を階層的に分類しています。各酵素エントリーには、酵素番号(EC number)、PDBエントリー、触媒部位、リガンド情報や文献情報、触媒機構に関する情報、他のデータベース(Swiss-prot, CATH, KEGG, PDBsum, PubMed, CSA & MACiE)へのリンクがはられています。 "
主な対象データタンパク質-立体構造 酵素
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GENIUS II

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要約多重媒介配列検索法(MISS法)を用いて各生物種ゲノムの全ORFを構造既知のタンパク質の立体構造に帰属したデータベースシステムです。
主な対象データタンパク質-配列 アミノ酸配列
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GenoBase

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要約GenoBaseは大腸菌K-12(W3110)の生細胞システムを総合的に理解するためのデータベースである。GenoBaseは大腸菌に関する配列情報、プロテオーム、トランスクリプトーム、バイオインフォマティクス、文献に基づく知識の公共リポジトリである。NEDOプロジェクトの成果が一部含まれています。
主な対象データアノテーション
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H-InvDB

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要約H-InvDBはヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベースです。ヒトのすべての転写産物の配列をあらゆる手法で解析することにより、ヒト遺伝子の構造、選択的スプライシング、タンパク質としての機能などの精査されたアノテーション(注釈付け)情報を提供しています。
主な対象データ"RNA ヒト完全長cDNA, mRNA"
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