SCARNA Local Multiple
| 要約 | SCARNA_LMはRNA配列のローカルマルチプルアラインメントツールです。Rfold（Phuongがタンパク質のローカルマルチプルアラインメント用に提唱した、効果的なアラインメント構築手法を利用している。）で計算した塩基対確率として二次構造機能を取り込んだ、判別可能なペアアラインメントモデルをベースにしています。（オリジナルサイトから翻訳） |
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| 主な対象データ | RNA アラインメント |
seg-suite
| 要約 | 配列セグメントの交差や配列アラインメントの合成を行うツールです。このツールでは「seg」フォーマットを利用できます。また、様々なデータフォーマットを「seg」フォーマットに変換する事ができます。 |
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| 主な対象データ | DNA-配列 , RNA-配列 |
SlideSort
| 要約 | 編集距離を利用してDNAやProtein配列セットから似たペアを高速に探すツールです。（オリジナルサイトから翻訳） |
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| 主な対象データ | DNA-配列 タンパク質-配列 |
SPALN
| 要約 | SPALNは、問い合わせとして用いる一群のcDNAやタンパク質アミノ酸配列に対して、対応する遺伝子のゲノム配列上の位置を高速に検索し、さらにスプライシングを考慮したアライメントを作成することが出来るプログラムです。 |
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| 主な対象データ | 比較ゲノム |
Stem Kernels
| 要約 | StemKernelsは二次構造の観点から、RNAペア間の相同性を計測する為の、構造RNA用カーネル関数を実装したツールです。（オリジナルサイトから翻訳） |
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| 主な対象データ | RNA |
TACT
| 要約 | Transcriptome Auto-annotation Conducting Tool (TACT)は相同性検索(BLASTX, FASTY)、ORF予測、モチーフ検索解析(InterProScan)を統合し、真核生物遺伝子の機能を自動予測できる統合的自動アノテーションシステムです。TACTはH-Invitationalプロジェクトの一環として開発され、 ヒト遺伝子アノテーション統合データベースH-Invitational Database (H-InvDB)の構築・発展に貢献しています。 |
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| 主な対象データ | DNA-配列 |
tantan
| 要約 | tantanは核酸及びアミノ酸配列から、機能が未知のリピート配列を検出するツールです。２つの配列間でホモロジー領域を探す場合に、間違った予測を防ぐことを目的にしています。tantanはアーカイブでダウンロードできます。（オリジナルサイトから翻訳） |
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| 主な対象データ | DNA-配列 、RNA、 アミノ酸 |