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DNA・ゲノム

A Method for Extracting Optimal Sequence Related to Biological Activity

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要約このプログラムは、生物活性と塩基配列を関連付け、その生物活性に関連した最適塩基配列を抽出する解析プログラムです。(オリジナルサイトから翻訳)
主な対象データDNA-モチーフ
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ALN

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要約Alnはふたつの核酸配列またはアミノ酸配列を並置するプログラムです。入力できる組み合わせは、1本の塩基配列、1本のアミノ酸配列、並置済みの塩基配列群、または並置済みのアミノ酸配列群です。Alnは核酸配列とアミノ酸配列の混合した組み合わせでも動作します。これによって、既知タンパク質配列とのホモロジーに基づく、真核生物の遺伝子構造予測(タンパク質をコードするエキソンの予測)を行うことができます。(オリジナルサイトの一部を翻訳)
主な対象データDNA配列、アミノ酸配列
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ALNGG

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要約2生物間のゲノム比較によってタンパクコード遺伝子を検出します。
主な対象データDNA-配列 、ゲノム
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ASIAN

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要約ASIANは、ネットワーク推定ツールです。ネットワーク推定は、グラフィカル・ガウシアン・モデリングに基づいて実行されます。特に、生命情報に特徴的な冗長なデータに対しても頑強に推定が可能なように、クラスター解析との組み合わせによる推定を可能にしています。
主な対象データ遺伝子発現 プロファイル
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COSMOS

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要約COSMOSは全ゲノムのショートリード・シーケンスから体細胞の構造の多様性を検出することができる。また、同種のトリオから新規の構造の違いを検出するのにも適用できる。
主な対象データ遺伝子
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ChIP2LAMP

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要約「ChIP2LAMP」は、ChIP-seqとRNA-seq結果を統合し、発現変動に有意に関連する転写因子の組合せを見つけるソフトウェアです。
主な対象データ"DNA-配列 , RNA-配列"
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Dnemulator

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要約DNA配列のエラーや多型、シトシンメチル化、バイサルファイト変換をシミュレートするツールです。
主な対象データDNA-配列
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GUPPY

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要約遺伝子配列におけるデータの意味を注釈した情報を、分かりやすいグラフィカルなレイアウトに表示するプログラムです。
主な対象データDNA-配列
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GeneDecoder

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要約GeneDecoderは、隠れマルコフモデルをベースとした真核生物ゲノムのDNA塩基配列から遺伝子を予測するソフトウェアです。
主な対象データDNA-配列 、真核生物の遺伝子
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HEAT

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要約H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツールH-InvDB Enrichment Analysis Tool (HEAT)は、ヒト遺伝子の集合(遺伝子リスト)に対して、その特徴を機械的に判定するデータマイニング・ツールです。H-InvDBのさまざまなアノテーション項目について、ユーザが入力した遺伝子リストの中に平均より有意に高い頻度で出現する項目を見つけ出します。この手法は一般にGene Set Enrichment Analysis(GSEA)と呼ばれ、マイクロアレイ実験のデータ解析等によく使われます。統計学的な検定にはフィッシャーの正確確率検定を用いています。
主な対象データアノテーション
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