ツール

ALN

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成果物名ALN
成果物の別名なし
成果物に関する説明Alnはふたつの核酸配列またはアミノ酸配列を並置するプログラムです。入力できる組み合わせは、1本の塩基配列、1本のアミノ酸配列、並置済みの塩基配列群、または並置済みのアミノ酸配列群です。Alnは核酸配列とアミノ酸配列の混合した組み合わせでも動作します。これによって、既知タンパク質配列とのホモロジーに基づく、真核生物の遺伝子構造予測(タンパク質をコードするエキソンの予測)を行うことができます。(オリジナルサイトの一部を翻訳)
成果物のタイプTool
運用機関京都大学大学院 情報学研究科
機関所在国日本
サイトURLhttp://www.genome.ist.i.kyoto-u.ac.jp/~aln_user/aln/
インターフェイス"CUI (Character User Interface), Web"
入力"塩基 もしくは アミノ酸配列(FASTA, GenBank, EMBL, SwissProt, PIR, ProDBフォーマット)"
出力アラインメント(テキスト)
入力例"Online ServerでSequence Typeを選択。配列1と2をアップロードかコピーし、配列タイプ(G,D,P)を入力します。オプションで、Complement(相補鎖)の解析、対象とする塩基位置を入力します。Step2で必要ならパラメータを変更します。最後にSubmitボタンを押します。"
キーワードアライメント | アラインメント | 遺伝子予測
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法0.96|トップページからダウンロードします
使っている外部リソースなし
主な対象データDNA配列、アミノ酸配列
生物種全生物種
利用条件なし
データ更新頻度 (過去2年間)0
最終更新日(調査日)2010/02/06 (2019/07/09)
利用できるIDなし
IDを使った成果物の利用方法なし
外部リンクなし
論文等(PubMed ID)pmid:7166760 | pmid:2165832 | pmid:8324637 | pmid:7804871 | pmid:12572608 | pmid:10869012 | pmid:18344523 | pmid:18728043
稼働状況公開中