ツール

PRRN

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成果物名PRRN
成果物の別名なし
成果物に関する説明PRRN は、二重反復改善アルゴリズムを用いたマルチプルアラインメントプログラムです。複数の核酸配列またはアミノ酸配列を入力とし、グループ間のペアワイズアライメントを繰り返すことにより、重み付きペア間スコアの総和(WSPスコア)を最大化します。PRRNで用いている方法は他のより速い方法で得られたアラインメント(例えばプログレッシブ(累進法)アラインメント)の改良に特に有効です。
成果物のタイプTool
運用機関京都大学大学院 情報学研究科
機関所在国日本
サイトURLhttp://www.genome.ist.i.kyoto-u.ac.jp/~aln_user/prrn/index.html
インターフェイス"CUI (Character User Interface), Web"
入力アミノ酸配列(FASTAフォーマット)
出力アラインメント(テキスト)
入力例On-line Serverのリンクから。
キーワードマルチプル | アライメント | アラインメント
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法1.3|トップページからダウンロードします。
使っている外部リソースなし
主な対象データDNA配列、アミノ酸配列
生物種全生物種
利用条件なし
データ更新頻度 (過去2年間)1
最終更新日(調査日)2010/02/06 (2019/07/09)
利用できるIDなし
IDを使った成果物の利用方法なし
外部リンクなし
論文等(PubMed ID)pmid:1747779 | pmid:8324637 | pmid:7804871 | pmid:8590178 | pmid:8980688 | pmid:10463075 | pmid:17137519 | Gotoh, O. (1993) "Extraction of conserved or variable regions from a multiple sequence alignment." Proceedings of Genome Informatics Workshop IV, pp. 109-113. | Yamada, S., Gotoh, O., Yamana, H. (2008) “Improvement in speed and accuracy of multiple sequence alignment program PRIME.” IPSJ Trans. Bioinformat., 1, 2-12.
稼働状況公開中