ツール

LAST

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成果物名LAST
成果物の別名なし
成果物に関する説明DNAやタンパク質の配列アライメントを作成し、比較する大規模ゲノム配列比較ツールです。BLASTに似ていますが、大量のデータを扱うのに適しています。
成果物のタイプTool
運用機関産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
機関所在国日本
サイトURLhttp://last.cbrc.jp/
インターフェイス"CUI(Charactor User Interface, またはコマンドライン)"
入力塩基配列(FASTAフォーマット)
出力アラインメント(テキスト)
入力例入力はマルチファスタフォーマットの配列です。LASTのダウンロードには、examplesディレクトリに配列が幾つか入っています。
キーワードゲノム | 比較ゲノム | 配列タグマッピング | spaced seeds | サフィックスアレイ (suffix array) | Vmatch | X-drop アルゴリズム(algorithm)
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法0.4|http://last.cbrc.jp/archive/からソフトウェアをダウンロード
使っている外部リソースなし
主な対象データDNA-配列  RNA、タンパク質、ユーザー任意のアルファベット
生物種全生物種
利用条件GNU GPL
データ更新頻度 (過去2年間)32
最終更新日(調査日)2016/11/22 (2019/06/03)
利用できるIDなし
IDを使った成果物の利用方法適用なし
外部リンクなし
論文等(PubMed ID)pmid:21209072 | pmid:20110255 | pmid:20144198
稼働状況公開中