データベース

PPI view

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成果物名PPI view
成果物の別名Protein-Protein Interaction viewer
成果物に関する説明"PPI viewは、ヒトのタンパク質間相互作用 (PPI:Protein-Protein Interaction)情報を表示しています。主要な5つのPPIデータベース(BIND, DIP, MINT, HPRD, IntAct)から、データの収集・統合を行い、H-InvDBの独自予測されたタンパク質についてPPIの割り当てを行いました。その結果、9,268件のタンパク質からなる32,198件のヒトのタンパク質間相互作用情報が得られました。 (H-InvDB version 5.0時点)PPI viewはユーザーの興味あるタンパク質(遺伝子産物)と相互作用するタンパク質を表示し、そのタンパク質の遺伝子の位置(Locus view)や遺伝子の機能情報(cDNA view)へのリンク、そしてデータ元PPIデータベースへの参照情報や、文献、実験手法を表示します。PPI view: http://www.h-invitational.jp/hinv/ppi/ PPI view サンプル画面:http://www.h-invitational.jp/hinv/ppi/ppi_view.cgi?hip=HIP000084307"
成果物のタイプDB
運用機関産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター
機関所在国日本
サイトURLhttp://www.h-invitational.jp/hinv/ppi/index.html
インターフェイスGUI
入力例TOPページ(http://www.h-invitational.jp/hinv/ppi/index.html)にある検索窓に興味のあるタンパク質に関するキーワードを入力することで検索を行うことができます。H-InvDBの各種IDやAccessionも同様にクエリーとして用いることができます。
キーワードPPI | タンパク質間相互作用 | protein-protein interaction
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法0.0|なし
使っている外部リソース BIND http://www.bind.ca/Action|DIP http://dip.doe-mbi.ucla.edu|MINT http://mint.bio.uniroma2.it/mint/Welcome.do|HPRD http://www.hprd.org|IntAct http://www.ebi.ac.uk/intact/index.jsp|GNP_Y2H http://genomenetwork.nig.ac.jp/public/sys/gnppub/Top.do
主な対象データタンパク質-プロテオーム
生物種"Homo sapiens [Taxonomy_id: 9606, ヒト]"
利用条件利用自由
データ更新頻度 (過去2年間)1
最終更新日(調査日)2015/04/02 (2019/07/04)
利用できるIDH-Inv cluster ID (HIX) | H-Inv transcript ID (HIT) | H-Inv protein ID (HIP)
IDを使った成果物の利用方法なし
外部リンクなし
論文等(PubMed ID)なし
稼働状況稼働中