データベース

Recount DB

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成果物名Recount DB
成果物の別名なし
成果物に関する説明RNA Seq などの公開データにシーケンサーエラーを考慮した補正を加えた二次データベースです。
成果物のタイプDB
運用機関産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
機関所在国日本
サイトURL-
インターフェイスGUI
入力例サイト中段にあるテキストボックスに”SRX012261”を入力して、[Search]ボタンを押す。
キーワードSRA | RECOUNT | LAST | TSS-Seq | RNA-Seq | MESH
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法52046|NA
使っている外部リソースNCBI | BIONET | ENSEMBL | UCSC | CANADIANGENOME | JGI | JCVI | SANGER | PLANTDB | TIGR | WASHINGTON UNIVERSITY GENOME CENTER | TOXODB
主な対象データRNA
生物種"Aplysia californica | Acyrthosiphon pisum | Arabidopsis lyrata | Acyrthosiphon pisum [Taxonomy_id: 7029, エンドウヒゲナガアブラムシ] | Aplysia californica [Taxonomy_id: 6500, ジャンボアメフラシ] | Arabidopsis lyrata [Taxonomy_id: 59689] | Arabidopsis thaliana [Taxonomy_id: 3702, シロイヌナズナ] | Bacillus anthracis [Taxonomy_id: 1392, 炭疽菌] | Bombyx mori [Taxonomy_id: 7091, カイコ] | Bos taurus [Taxonomy_id: 9913, ウシ] | Brachypodium distachyon [Taxonomy_id: 15368] | Caenorhabditis elegans [Taxonomy_id: 6239, 線虫] | Candida albicans [Taxonomy_id: 5476, カンジダ・アルビカンス] | Cryptosporidium parvum [Taxonomy_id: 5807, クリプトスポリジウム・パルバム] | Dictyostelium discoideum [Taxonomy_id: 44689, キイロタマホコリカビ] | Dictyostelium purpureum [Taxonomy_id: 5786] | Drosophila melanogaster [Taxonomy_id: 7227, キイロショウジョウバエ] | Drosophila pseudoobscura [Taxonomy_id: 7237, ウスグロショウジョウバエ] | Drosophila simulans [Taxonomy_id: 7240, オナジショウジョウバエ] | Gallus gallus [Taxonomy_id: 9031, ニワトリ] | Homo sapiens [Taxonomy_id: 9606, ヒト] | Listeria monocytogenes [Taxonomy_id: 1639, リステリア菌] | Macaca mulatta [Taxonomy_id: 9544, アカゲザル] | Medicago truncatula [Taxonomy_id: 3880, タルウマゴヤシ] | Mus musculus [Taxonomy_id: 10090, マウス] | Nematostella vectensis [Taxonomy_id: 45351] | Oryza sativa [Taxonomy_id: 4530, イネ] | Pan troglodytes [Taxonomy_id: 9598, チンパンジー] | Plasmodium berghei [Taxonomy_id: 5821, プラスモディウム・ベルゲイ] | Plasmodium falciparum [Taxonomy_id: 5833, 熱帯熱マラリア原虫] | Plasmodium yoelii [Taxonomy_id: 5861, プラスモディウム・ヨエリ] | Prunus persica [Taxonomy_id: 3760, モモ] | Saccharomyces cerevisiae [Taxonomy_id: 4932, 出芽酵母] | Schmidtea mediterranea [Taxonomy_id: 79327] | Sus scrofa [Taxonomy_id: 9823, イノシシ] | Toxoplasma gondii [Taxonomy_id: 5811, トキソプラズマ原虫] | Trichoplax adhaerens [Taxonomy_id: 10228] | Triticum aestivum [Taxonomy_id: 4565, コムギ] | Zea mays [Taxonomy_id: 4577, トウモロコシ]"
利用条件不明
データ更新頻度 (過去2年間)0
最終更新日(調査日)2015/08/20 (2019/07/04)
利用できるIDなし
IDを使った成果物の利用方法なし
外部リンクNCBI SRA(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/)
論文等(PubMed ID)pmid:22139942
稼働状況運用終了