プロジェクト

遺伝型?表現型データベースのデータ記述形式標準化事業

プロジェクト名遺伝型?表現型データベースのデータ記述形式標準化事業
分野バイオテクノロジー・医療技術開発
目的経済産業省の基準認証研究開発事業のもとでJBIC により得られた優れた成果であり、ソフトウェアの標準化団体であるOMG にて遺伝型データ記述形式の標準化規格として採択されたPML、及び、同じくJBIC により策定されOMG 標準規格として採択された遺伝型?表現型のデータ記述形式の標準化規格の要求定義を基に、遺伝型?表現型関連データベースのデータ記述形式の標準規格を開発し、併せてNEDO「遺伝子多様性モデル解析事業」で構築されたゲノムワイドな疾患関連多型データのデータベース、及び臨床情報?遺伝子情報データベースシステムに適用することで、データ記述形式の標準規格の実効性と有用性を検証する。併せて、その国際標準規格化を推進することを目的としている。
紹介世界中の遺伝型?表現型データベースは、それぞれ独自フォーマットでデータを格納しており互換性がありません。そこでデータ記述形式の標準化を行うことにより、全てのデータベースを統合利用できるようにします。これにより、NEDO遺伝子多様性モデル解析事業で作成した遺伝型?表現型データベースも統合利用可能となり、プロジェクト成果を世界にアピールするとともに他国のデータを利用できるようになります。平成18年度に遺伝型?表現型データの記述形式の規格案を作成し、OMGにおいて初版提案が採択されました。また、平成19年度は定められた評価プロセスと改善版の提案とを実施し、採択されました。平成20年度に最終プロセスを実施し、国際規格が確定しました。
キーワード遺伝型?表現型データベース | 標準化
開始-終了年度2005-2008
代表者菅原　秀明
代表者所属組織国立遺伝学研究所
予算561(H17), 434(H18), 265(H19), 342(H20)
代表委託機関(独)新エネルギー・産業技術総合開発機構(NEDO)
参加機関国立遺伝学研究所 | 理化学研究所・GSC | 東京大学・大学院医学系研究科・医学部 | 国立がんセンター・腫瘍ゲノム解析・情報研究部 | 東京大学・医科学研究所・ヒトゲノム解析センター | 科学技術振興機構研究基盤情報部バイオインフォマティクス課 | 京都大学・化学研究所 | 東海大学医学部基礎医学系分子生命科学 | European Bioinformatics Institute | International Rice Research Institute | University of Leicester | University College London | Bergen Center for Computational Science | Cold Spring Harbor Laboratory | Yale University | Stanford University | Helsinki University | South African National Bioinformatics Institute | Institute of Genomic & Integrative Biology | National Center for Biotechnology Information
報告書
特許（日本、海外）
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