ツール

miRRim

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成果物名miRRim
成果物の別名なし
成果物に関する説明miRRimは隠れマルコフモデル(HMM)をベースとしたmiRNA遺伝子の予測ツールです。このツールでは、miRNAの進化的、二次構造の特徴が多次元ベクトルシーケンスで表現されています。HMMsは配列の連続値を計算し、ベクトルシーケンスに利用されるモデルです。(オリジナルサイトから翻訳)
成果物のタイプTool
運用機関産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
機関所在国日本
サイトURL-
インターフェイス"CUI(Charactor User Interface, またはコマンドライン)"
入力
出力
入力例perl ./miRRim.pl example/chr9_94011601_94111600_+.dat
キーワードHMMs | miRNA
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法なし
使っている外部リソースなし
主な対象データRNA  (miRNA)
生物種全生物種
利用条件-
データ更新頻度 (過去2年間)2
最終更新日(調査日)2010/04/23 (2019/07/08)
利用できるID-
IDを使った成果物の利用方法なし
外部リンク-
論文等(PubMed ID)pmid:17959929
稼働状況運用終了