データベース

H-DBAS

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成果物名H-DBAS
成果物の別名ヒトの選択的スプライシングデータベース
成果物に関する説明H-DBASはヒトの選択的スプライシングのデータベースです。H-InvDBのデータを基に、ゲノムワイドで検出されたヒト選択的スプライシングの様々なアノテーション情報を提供しています。選択的スプライシングバリアントは全長性が保証され、冗長性のないユニークなもの(代表選択的スプライシングバリアント;RASV)が選ばれています。Flashでインタラクティブに操作できるビューアーを実装し、選択的スプライシングのパターンとタンパク機能の関係、ヒトとマウス・ラット・チンパンジー・アカゲザル・イヌの各モデル生物との比較ゲノム解析による選択的スプライシングバリアントの種間保存などを視覚的に表示します。
成果物のタイプDB
運用機関産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター
機関所在国日本
サイトURLhttp://www.h-invitational.jp/h-dbas/
インターフェイスGUI
入力例”右上の簡易検索例(クリックで直接飛びます)”の右にあるリンクをクリックしてください。
キーワード選択的スプライシング | 比較ゲノム | RNA-Seq
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法3000|http://www.h-invitational.jp/h-dbas/download.jsp
使っている外部リソースH-InvDB | DDBJ | Refseq | Ensembl | UCSC | FANTOM3 | MGC | dbSNP
主な対象データヒト・マウス完全長cDNA、ヒト・マウスmRNA、ラット・チンパンジー・アカゲザル・イヌRNA
生物種"Homo sapiens | Mus musculus | Rattus norvegicus | Canis lupus familiaris [Taxonomy_id: 9615, ハイイロオオカミ] | Homo sapiens [Taxonomy_id: 9606, ヒト] | Macaca mulatta [Taxonomy_id: 9544, アカゲザル] | Mus musculus [Taxonomy_id: 10090, マウス] | Pan troglodytes [Taxonomy_id: 9598, チンパンジー] | Rattus norvegicus [Taxonomy_id: 10116, ラット]"
利用条件表示-継承アカウント不要
データ更新頻度 (過去2年間)4回以上/1年
最終更新日(調査日)2011/12/26 (2019/07/03)
利用できるIDH-Inv transcript ID (HIT) | H-Inv cluster ID (HIX) | Accession Number | HUGO gene symbol | GeneID | OMIM ID | EC number
IDを使った成果物の利用方法http://www.h-invitational.jp/h-dbas/locusOverview.do?dbname=human_flcdna(or human_mrna)&hix=[HIX]
外部リンクなし
論文等(PubMed ID)pmid:19969536 | pmid:17130147 | 武田淳一、今西規、五條堀孝、鈴木穣、菅野純夫:バイオデータベースとソフトウェア最前線 実験医学増刊, 26(7),1056-1061, 2008
稼働状況稼働中