ツール

SAMURAI

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成果物名SAMURAI
成果物の別名System for Assembling Modules by Ultra Rapid Algorithm on Itemsets
成果物に関する説明広域遺伝子発現データから遺伝子モジュールを超高速かつ網羅的に検索するツールです。移転のため休止。 (2012/11/05 確認)
成果物のタイプTool
運用機関産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
機関所在国日本
サイトURLhttp://samurai.cbrc.jp/cgi-bin/index.cgi
インターフェイスGUI
入力
出力
入力例データベースを選択し、クエリーを検索テキストボックスに入力し、Evaluationを選択し、パラメーターを設定して[Extract Module]を押します。
キーワードIndex Terms?biclustering | closed itemset | gene expression module | LCM (Linear time Closed itemset Miner)
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法"1,707|http://samurai.cbrc.jp/download/からソフトウエアをダウンロード"
使っている外部リソースKEGG | GO | NCBI
主な対象データ遺伝子発現
生物種全生物種
利用条件なし
データ更新頻度 (過去2年間)5
最終更新日(調査日)2008/08/21 (2019/07/09)
利用できるIDUniGene ID
IDを使った成果物の利用方法なし
外部リンクNCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/unigene)
論文等(PubMed ID)Yoshifumi Okada and Wataru Fujibuchi, "Mining a Large-scale Microarray Database for Similar Gene Expression Modules to Find Distant Relationships between Down Syndrome and Huntington's Disease", CAMDA 2007, Valensia, Spain, 2007 | Yoshifumi Okada, Kosaku Okubo, Paul Horton and Wataru Fujibuchi, "Exhaustive Search Method of Gene Expression Modules and Its Application to Human Tissue Data", IAENG International Journal of Computer Science, Vol. 34 Issue 1, pp.119-126, 2007 | Yoshifumi Okada, Wataru Fujibuchi and Paul Horton, "A biclustering method for gene expression module discovery using closed itemset enumeration algorithm", IPSJ Transactions on Bioinformatics, Vol. 48 no. SIG 5(TBIO2), pp.39-48, 2007.
稼働状況公開中