ツール

toxRank

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成果物名toxRank
成果物の別名 Toxicity ranking order of drug-induced liver injury
成果物に関する説明遺伝子発現情報に基づき類似肝毒性化合物を検索するWEBサービスである。本プロジェクトにおいて計測された全遺伝子発現データからランクマトリクスを構築し、化合物投与時における変動遺伝子(upとdown分子刻印)を入力として、遺伝子発現プロファイルを基に類似性検索を行い、類似化合物と有意遺伝子・パスウェイを連携させた。toxRankでは、ランクマトリクスを参照することで、類似性を評価してその結果を表示させているが、この参照ランクマトリクスを動的に生成可能とするWEB開発を行った。よって、利用者が肝毒性に重要と考える遺伝子やtoxBridgeで得られた分子パネルから可変ランクマトリクスを生成することが可能であり、分子パネルによる類似性検索やDILI等の情報を付加したクラスタリングおよびネットワーク解析による肝毒性予測に繋げている。加えて、発現データの変動幅を考慮し、遺伝子変動を粗視化したパスウェイマトリクスによる類似性検索機能の実装も行っている。
成果物のタイプTool
運用機関産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター
機関所在国日本
サイトURLhttps://toxrank.id3inst.org/
インターフェイスWeb
入力"分子刻印(遺伝子ID,遺伝子名、probeID)"
出力類似化合物、化合物‐遺伝子、化合物‐パスウェイ
入力例WEBにSample Dataあり。
キーワード肝毒性|DILI|化合物類似度検索|ランクマトリクス 
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法解析結果
使っている外部リソースNCBI | Reactome | Broadinstitute | PWO
主な対象データ化合物
生物種人|ラット
利用条件なし
データ更新頻度 (過去2年間) 年一回程度
最終更新日(調査日)2019/9/27(2019/11/01)
利用できるIDCAS番号
IDを使った成果物の利用方法CAS番号
外部リンクNCBI | Reactome | Broadinstitute | KEGG | PWO | BioCarte
論文等(PubMed ID)なし
稼働状況公開中