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タンパク質超二次構造のデータマイニング解析

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成果物名タンパク質超二次構造のデータマイニング解析
成果物の別名なし
成果物に関する説明"タンパク質の二次構造の帰属にDSSP法(Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22, 2577-2637)が標準的手法として広く用いられています。しかしながら、DSSP法はコード化手法としてはloopもしくはirregularに対応する、符号化されないアミノ酸残基のブランクがかなりの頻度で存在するため、データマイニングの用途には適していませんでした。
当研究グループで開発したDCCP法(Dictionary of Conformational Code in Proteins)は、タンパク質X線結晶構造データの3D情報を1D情報に変換することで、そのコンフォメーションをαへリックス型パターン h、βシート型パターン s、その他の型のパターン o の3種類の符号のみで記述することができます。特に、複雑な構造を持ったloopのような超二次構造のデータマイニングに有効で、構造は似ていながらアミノ酸配列が大きく異なるタンパク質の多型解析に役立ちます。"
成果物のタイプTool
運用機関産業技術総合研究所 環境管理研究部門
機関所在国日本
サイトURLhttps://staff.aist.go.jp/izumi.h/SupersecondaryStructure/index.html
インターフェイスWINDOWS版プログラムをダウンロード可能
入力アミノ酸配列(FASTAフォーマット)
出力2次構造の情報
入力例不明
キーワードDSSP、DCCP、二次構造
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法13KB|https://researchmap.jp/muf10vbx5-2132135/#_2132135
使っている外部リソースなし
主な対象データタンパク質立体構造
生物種なし
利用条件なし
データ更新頻度 (過去2年間)不明
最終更新日(調査日)2013/00/00 (2019/07/09)
利用できるIDなし
IDを使った成果物の利用方法なし
外部リンクなし
論文等(PubMed ID)PMID:23394723
稼働状況公開中