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PCDq

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成果物名PCDq
成果物の別名Protein Complex Database with complex quality index
成果物に関する説明PCDqは、予測複合体を含めたヒト蛋白質複合体のデータベースです。BIND、DIP、MINT、HPRD、IntActおよびGNP_Y2Hの6つの蛋白質間相互作用(PPI)データを整理統合し、PPIネットワークの密な領域から蛋白質複合体が予測され、それらを文献と比較し修正することで、既知の複合体情報と予測された複合体情報の両方を格納しています。既知と予測のサブユニットを区別・活用するため、品質管理指数(complex quality index: CQI)を、各複合体に付与しています。また、複雑なネットワークを簡素に示す図を表示・編集できる機能PPI-Mapがあります。
成果物のタイプDB
運用機関産業技術総合研究所 創薬分子プロファイリング研究センター
機関所在国日本
サイトURLhttp://www.h-invitational.jp/hinv/pcdq/
インターフェイスGUI
入力例画面左下の検索[search]枠(2つのうちどちらでもよい)に、UniProt ID: P68034 を入力して検索ボタンを押す。
キーワード蛋白質複合体 | 蛋白質間相互作用 | 品質管理指数
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法2.7MB|http://www.h-invitational.jp/hinv/dataset/download.cgi
使っている外部リソースH-InvDB | UniProt | RefSeq | GeneID | CCDS | BIND | DIP | MINT | HPRD | IntAct | GNP_Y2H | PubMed
主な対象データ相互作用
生物種"Homo sapiens [Taxonomy_id: 9606, ヒト]"
利用条件表示-継承
データ更新頻度 (過去2年間)1
最終更新日(調査日)2015/06/17 (2019/07/03)
利用できるIDComplex ID (original) | H-Inv cluster ID (HIX) | H-Inv transcript ID (HIT) | H-Inv protein ID (HIP) | UniProt Accession Number | RefSeq ID | GeneID | CCDS | BIND | DIP | MINT | HPRD | IntAct | GNP_Y2H | PubMed ID
IDを使った成果物の利用方法http://hinv.jp/hinv/pcdq/complex_view.cgi?clx_id=24 (complex ID = 24の場合) | http://hinv.jp/hinv/pcdq/ppi_view.cgi?hip=HIP000013164 (HIP ID = HIP000013164の場合)
外部リンクHIP | HIT | HIX | UniProt | RefSeq | GeneID | CCDS | BIND | DIP | MINT | HPRD | IntAct | GNP_Y2H | PubMed
論文等(PubMed ID)pmid:23282181
稼働状況稼働中