データベース

CELLPEDIA

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成果物名CELLPEDIA
成果物の別名なし
成果物に関する説明CELLPEDIAは細胞に関する異なる情報を網羅的に収集したヒト細胞データベースです。各データは、オントロジーを用いた細胞の体系的な分類や形態値情報と共に関連する遺伝子発現や細胞分化・転換などを含む論文情報を付加して細胞研究に必要な情報を一度に参照することができるようになっています(出典:オリジナルサイトより)。
成果物のタイプDB
運用機関産業技術総合研究所 生命情報工学研究センター
機関所在国日本
サイトURLhttp://shogoin.stemcellinformatics.org/
インターフェイスGUI
入力例サイトURL画面左側Examples of Human Normal Cellsの”Endothelial cell”イメージをクリックする。
キーワードオントロジー
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法0|なし
使っている外部リソースNCBI | OBO
主な対象データ細胞
生物種Homo sapiens [Taxonomy_id: 9606, ヒト]
利用条件なし
データ更新頻度 (過去2年間)3回/1年
最終更新日(調査日)2019/06/01 (2019/07/03)
利用できるIDCell ID | Image ID | Celltype
IDを使った成果物の利用方法http://cellpedia.cbrc.jp/cgi-bin/tissue.cgi?id=[CellI D]&iid=[Image ID]&ctype=[Celltype (nomarlcell=1,stemcell=2,cellline=3)]
外部リンクNCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GPL2987 , http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed) | OBO(http://www.obofoundry.org/cgi-bin/detail.cgi?id=cell) | SAMURAI(http://samurai.cbrc.jp//cgi-bin/index.cgi?page=1) | CellMontage(http://cellmontage.cbrc.jp/cgi-bin/)
論文等(PubMed ID)W. Fujibuchi, L. Kiseleva, T. Taniguchi, and P. Horton, Development of Cell Knowledge Base and Prediction of Cell Types and Characteristics by Gene Expression Profiles, 2005-BIO-2;33-37 SIG Meeting, Information Processing Society of Japan, 2005.
稼働状況稼働中