データベース

ATTED II

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成果物名ATTED II
成果物の別名Arabidopsis thaliana trans-factor and cis-element prediction database
成果物に関する説明ATTED IIは遺伝子機能予測に関係するシロイヌナズナの共発現遺伝子や予測cis elementsを提供するデータベースです。共発現遺伝子データソースはAtGenExpressで集められた公に使えるマイクロアレイデータ(58実験、1388スライド)です。共発現は重みつきピアソン相関関数をベースとしたMutual rank(MR)です。3月にCoeXSearch機能が付け加わりました。NEDOプロジェクトの成果が含まれています。
成果物のタイプDB
運用機関東北大学 | 東京大学 医科学研究所 ヒトゲノム解析センター
機関所在国日本
サイトURLhttp://atted.jp/
インターフェイスGUI
入力例画面上部のテキストボックスに”MYB2”を入力して、[Search]ボタンをクリックする。検索結果一覧テーブルの右の[list]リンクをクリックすると共発現遺伝子が表示される。
キーワード共発現 | シスエレメント | マイクロアレイ | TSS
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法50560|http://atted.jp/top_download.shtml からファイルダウンロード
使っている外部リソースAtGenExpress
主な対象データ遺伝子発現 、マイクロアレイ、パスウェイ
生物種"Arabidopsis thaliana [Taxonomy_id: 3702, シロイヌナズナ]"
利用条件表示 - クリエイティブ コモンズ
データ更新頻度 (過去2年間)3回/年
最終更新日(調査日)2018/01/29 (2019/07/03)
利用できるIDAGI code
IDを使った成果物の利用方法http://atted.jp/data/cor/[AGI code].html
外部リンク EBI(http://www.ebi.ac.uk/QuickGO/) | KEGG(http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html) | TAIR(http://arabidopsis.org/index.jsp) | RAP-DB(http://rapdb.dna.affrc.go.jp/) | SALAD Database(http://salad.dna.affrc.go.jp/salad/) | NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) | TIGER | MIPS(http://mips.helmholtz-muenchen.de/cgi-bin/proj/thal/search_gene) | SIGnAL(http://signal.salk.edu/) | Arabidopsis MPSS Plus(http://mpss.udel.edu/at/) | Arabidopsis eFP Browser(http://bbc.botany.utoronto.ca/efp/cgi-bin/efpWeb.cgi) | AthaMap(http://www.athamap.de/index.php) | KATANA(http://www.kazusa.or.jp/katana/index.html) | TilViz(http://jsp.weigelworld.org/tileviz/tileviz.jsp)
論文等(PubMed ID)pmid:18953027 | pmid:17130150 | pmid:19767600 | pmid:19620096 | pmid:17932064
稼働状況稼働中