データベース

DAGViz

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成果物名DAGViz
成果物の別名非循環有向グラフビューアー
成果物に関する説明DAGVizはイロイヌナズナ遺伝子をはじめとする43の生物種のオントロジーを検索・閲覧できるデータベースです。GO termや遺伝子産物の名前からGOの検索ができます。 検索画面では、PubMedや遺伝子産物のハイパーリンクで詳細情報を得ることができます。GO termをDAG(各GO termからBiological Processなどのトップ・タームまでのGO termのパス)を表示することが可能です。各GO termを色別に表したカラーチャートで表示することができます。複数のカラーチャートを並べることで、対照実験などで観察されるGO termを容易に比較することができます。(オリジナルサイトから)
成果物のタイプDB
運用機関かずさDNA研究所
機関所在国日本
サイトURLhttp://www.pgb.kazusa.or.jp/dagviz/
インターフェイスGUI
入力例[Keyword]テキストボックスに”response to stress”と入力し、[Select one or more Database(s) ]欄から”Arabidopsis thaliana”を選択して、”Search GO”ボタンを押す。
キーワードオントロジー | 非循環有向グラフ | Agrobacterium tumefaciens str. C58 (根頭がん腫病病原菌) | Anaplasma phagocytophilum HZ (ヒト顆粒球アナプラズマ症病原体) | Campylobacter jejuni RM1221 (腸炎原因菌) | Agrobacterium tumefaciens str. C58 (根頭がん腫病病原菌) | Anaplasma phagocytophilum HZ (ヒト顆粒球アナプラズマ症病原体) | Campylobacter jejuni RM1221 (腸炎原因菌) | Candida albicans (カンジダ症原因菌) | Clostridium perfringens ATCC 13124 (嫌気性食中毒菌) | Ehrlichia chaffeensis Arkansas (ヒト単球エーリキア症病原体) | Methylococcus capsulatus Bath (メタン資化性菌) | Neorickettsia sennetsu Miyayama (腺熱リケッチア症原因菌) | Pseudomonas syringae DC3000 (植物病原菌) | Pseudomonas syringae pv. phaseolicola 1448A (植物病原菌) | Saccharomyces cerevisiae (清酒酵母) | Shewanella oneidensis MR-1 (金属無毒化細菌) | Trypanosoma brucei (熱帯アフリカ寄生原虫)
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法0|なし
使っている外部リソースCGD | PAMGO | SGD | Sanger GeneDB | DictyBase | EBI | WormBase | ZFIN | FlyBase | MGI | RGD | TAIR | Gramene | SGN | CSHL | EcoCyc | PsedoCAP
主な対象データアノテーション GO
生物種"Agrobacterium tumefaciens str. C58 | Anaplasma phagocytophilum HZ | Arabidopsis thaliana | Agrobacterium tumefaciens str. C58 [Taxonomy_id: 176299, アグロバクテリウム・ツメファシエンス] | Anaplasma phagocytophilum HZ [Taxonomy_id: 212042, アナプラズマ・ファゴサイトフィルム] | Arabidopsis thaliana [Taxonomy_id: 3702, シロイヌナズナ] | Bacillus anthracis str. Ames [Taxonomy_id: 198094, 炭疽菌] | Bos taurus [Taxonomy_id: 9913, ウシ] | Caenorhabditis elegans [Taxonomy_id: 6239, 線虫] | Campylobacter jejuni RM1221 [Taxonomy_id: 195099, カンピロバクター・ジェジュニ] | Candida albicans [Taxonomy_id: 5476, カンジダ・アルビカンス] | Carboxydothermus hydrogenoformans Z-2901 [Taxonomy_id: 246194, カーボキシドサーマス・ハイドロゲノフォルマンス] | Clostridium perfringens ATCC 13124 [Taxonomy_id: 195103, ウェルシュ菌] | Colwellia psychrerythraea 34H [Taxonomy_id: 167879, コルウェリア・サイクレリスラエ] | Coxiella burnetii RSA 493 [Taxonomy_id: 227377, Q熱コクシエラ] | Danio rerio [Taxonomy_id: 7955, ゼブラフィッシュ] | Dehalococcoides ethenogenes 195 [Taxonomy_id: 243164] | Dictyostelium discoideum [Taxonomy_id: 44689, キイロタマホコリカビ] | Drosophila melanogaster [Taxonomy_id: 7227, キイロショウジョウバエ] | Ehrlichia chaffeensis Arkansas [Taxonomy_id: 205920, エーリキア・シャフェンシス] | Escherichia coli [Taxonomy_id: 562, 大腸菌] | Gallus gallus [Taxonomy_id: 9031, ニワトリ] | Geobacter sulfurreducens PCA [Taxonomy_id: 243231, ゲオバクター・スルフレデュセンス] | Homo sapiens [Taxonomy_id: 9606, ヒト] | Hyphomonas neptunium ATCC 15444 [Taxonomy_id: 228405, ハイフォモナス・ネプチュニウム] | Leishmania major [Taxonomy_id: 5664, 森林型熱帯リーシュマニア] | Listeria monocytogenes serotype 4b str. F2365 [Taxonomy_id: 265669, リステリア菌] | Magnaporthe grisea [Taxonomy_id: 148305, イネいもち病菌] | Methylococcus capsulatus str. Bath [Taxonomy_id: 243233, メチロコッカス・カプスラタス] | Mus musculus [Taxonomy_id: 10090, マウス] | Neorickettsia sennetsu str. Miyayama [Taxonomy_id: 222891, ネオリケッチア・センネツ] | Oomycetes [Taxonomy_id: 4762, 卵菌] | Oryza sativa [Taxonomy_id: 4530, イネ] | Plasmodium falciparum [Taxonomy_id: 5833, 熱帯熱マラリア原虫] | Pseudomonas aeruginosa PAO1 [Taxonomy_id: 208964, 緑膿菌] | Pseudomonas fluorescens Pf-5 [Taxonomy_id: 220664, 蛍光菌] | Pseudomonas syringae pv. phaseolicola 1448A [Taxonomy_id: 264730, シリンゲ菌] | Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000 [Taxonomy_id: 223283, シリンゲ菌] | Rattus norvegicus [Taxonomy_id: 10116, ラット] | Saccharomyces cerevisiae [Taxonomy_id: 4932, 出芽酵母] | Schizosaccharomyces pombe [Taxonomy_id: 4896, 分裂酵母] | Shewanella oneidensis MR-1 [Taxonomy_id: 211586, シェワネラ・オネイデンシス] | Silicibacter pomeroyi DSS-3 [Taxonomy_id: 246200, サイリシバクター・ポメロイ] | Solanaceae [Taxonomy_id: 4070, ナス科] | Trypanosoma brucei [Taxonomy_id: 5691, ブルセイトリパノソーマ] | Vibrio cholerae [Taxonomy_id: 666, コレラ菌]"
利用条件なし
データ更新頻度 (過去2年間)0
最終更新日(調査日)2005/10/28 (2019/07/05)
利用できるIDGO ID
IDを使った成果物の利用方法なし
外部リンクAmiGO | Entrez | Uniprot | CGD | PAMGO | SGD | Sanger GeneDB | DictyBase | EBI | WormBase | ZFIN | FlyBase | MGI | RGD | TAIR | Gramene | SGN | CSHL | EcoCyc | PsedoCAP
論文等(PubMed ID)なし
稼働状況稼働中