データベース

CoP

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成果物名CoP
成果物の別名植物遺伝子発現相関データベース
成果物に関する説明CoPは植物の共発現する遺伝子と生物学的プロセスを統合したデータベースです。生物学的プロセスの情報は遺伝子オントロジーの側面を基礎にしています。このデータベースの配列情報はTAIRデータベースから取得されています。共発現解析は、共発現ネットワーク解析のアプローチであるConfeitoアルゴリズムを利用して実行しています。2009年3月12日にCoexProcessデータベースからリニューアルバージョンになりました。リニューアルバージョンには、シロイヌナズナ(5257、3654、1388アッセイ)と、ポプラ(95アッセイ)のDNAマイクロアレイデータセットが格納されています。このデータベースは毎月充実されていく予定です。(出典:オリジナルサイトから)
成果物のタイプDB
運用機関かずさDNA研究所
機関所在国日本
サイトURLhttp://webs2.kazusa.or.jp/kagiana/cop/
インターフェイスGUI
入力例Input query wordテキストボックスに”At5g61420”を入力して、画面下段のSubmitを押す
キーワード共発現 | 生物学的プロセス | マイクロアレイ | Confeito | Populus trichocarpa (ポプラ)
ダウンロードデータ総量(Mbyte) | データ一括取得方法0|なし
使っている外部リソースTAIR | GO
主な対象データ遺伝子発現
生物種"Arabidopsis thaliana | Glycine max | Hordeum vulgare | Arabidopsis thaliana [Taxonomy_id: 3702, シロイヌナズナ] | Glycine max [Taxonomy_id: 3847, ダイズ] | Hordeum vulgare [Taxonomy_id: 4513, オオムギ] | Oryza sativa [Taxonomy_id: 4530, イネ] | Populus trichocarpa [Taxonomy_id: 3694, コットンウッド] | Triticum aestivum [Taxonomy_id: 4565, コムギ] | Vitis vinifera [Taxonomy_id: 29760, ブドウ] | Zea mays [Taxonomy_id: 4577, トウモロコシ]"
利用条件なし
データ更新頻度 (過去2年間)1
最終更新日(調査日)2010/01/17 (2019/07/03)
利用できるIDAGI Code | Probe ID | Organism | GO ID
IDを使った成果物の利用方法http://webs2.kazusa.or.jp/kagiana/cgi-bin/athpmk.cgi?proc=GO:0010439
外部リンクNCBI | TAIR | KEGG | BAR | ATTED
論文等(PubMed ID)なし
稼働状況稼働中