MEDALS http://medals.jp/ このポータルサイトでは、これまで経済産業省関連機関により実施されたライフサイエンス分野の研究開発プロジェクトについて、1989年以降の成果物（データベース、ツール等）の情報を整理・提供しています。 現在の成果物数: 104 (Database:60, Analysis tool:44) 現在のプロジェクト数: 51 ja Thu, 25 Feb 2010 17:00:00 +0900 http://blogs.law.harvard.edu/tech/rss [MEDALSサイト更新][成果物追加]KNApSAck Family 生物種-代謝物データベースのKNApSAcKをコアシステムとした統合型データベースです。遺伝子アノテーションではArabidopsis、 Bacillus、Humanが公開されている。また、タンパク質の金属イオン結合部位のデータベースMetalMineやジャムデータベースや漢方薬のデータベースとも連携している。更に、世界119カ国から7356の植物種データが格納されている。これらのデータは出版されている科学論文から集めているものです。NEDOプロジェクトの成果が一部含まれています。 http://medals.jp/list/detail/131 Thu, 25 Feb 2010 17:00:00 +0900 [MEDALSサイト更新][成果物追加]DPClus DPClusは主に分子生物学的機能ネットワークにおけるタンパク質相互作用が密な部分をクラスターとして抽出・表示することが出来るソフトウェアです。 http://medals.jp/list/detail/132 Thu, 25 Feb 2010 17:00:00 +0900 [MEDALSサイト更新][成果物追加]THE MICROARRAY ANALYSIS SYSTEM - TREBAX - マイクロアレイ解析システム、TRBAXは主にスポット型アレイ法(cDNA マイクロアレイ法)により得られたデータをもとに、遺伝子の発現プロフィイルと分子生物学的機能、さらにはDNA 塩基配列とを効率的に対応づけることを可能としたデータ解析システムです。さらに、TREBAXはデータのフォーマットを合わせれば、スポット型アレイ法(cDNA マイクロアレイ法)以外のデータにも適用可能です。 （http://kanaya.naist.jp/Web/software/trebax/manual/Jmanual.pdf より引用） http://medals.jp/list/detail/133 Thu, 25 Feb 2010 17:00:00 +0900 [MEDALSサイト更新][成果物追加]Dr DMASS+ Dr DMASS+はマススペクトルデータを多変量解析で効果的に分析するために開発されており（i）ピーク補正、（ii）多変量データの処理、および（iii）教師なし学習　(iv)教師あり学習の４つのステップから構成されています（出典：オリジナルサイトより）。 Dr DMASS( http://medals.jp/list/detail/116 )に（iii）（iv）を加えた後継のツールです。 http://medals.jp/list/detail/134 Thu, 25 Feb 2010 17:00:00 +0900 [外部サイト更新][成果物]リンク自動管理システム リンク自動管理システムは、ヒト遺伝子とタンパク質に関係する世界の主要なデータベースへのリンクを簡単に設定し、自動更新できるツールです。詳細はこちらの解説を参照ください。 http://medals.jp/list/detail/29 Thu, 25 Feb 2010 17:00:00 +0900 [外部サイト更新][成果物]ID一括変換システム ID一括変換システムは、リンク自動管理システムのデータを利用して、ヒト遺伝子とタンパク質に関係する世界の主要なデータベースのIDを相互に一括変換できるシステムです。詳細はこちらの解説を参照ください。 http://medals.jp/list/detail/30 Thu, 25 Feb 2010 17:00:00 +0900 [外部サイト更新][成果物]EzCatDB EzCatDBデータベースでは、酵素立体構造情報、文献情報などに基づいて、酵素触媒機構を階層的に分類しています。各酵素エントリーには、酵素番号 (EC number)、PDBエントリー、触媒部位、リガンド情報や文献情報、触媒機構に関する情報、他のデータベース(Swiss-prot, CATH, KEGG, PDBsum, PubMed, CSA & MACiE)へのリンクが張られています。 http://medals.jp/list/detail/46 Thu, 25 Feb 2010 17:00:00 +0900 [外部サイト更新][成果物]FORTE FORTEは、タンパク質構造類似性検索のためのプロファイル-プロファイル比較ツールです。ユーザーは、問い合わせタンパク質のアミノ酸配列を用いて、既知立体構造との類似性検索を行うことが可能です。検索結果は、ペアワイズアラインメントの形式で表示されます。 http://medals.jp/list/detail/56 Thu, 25 Feb 2010 17:00:00 +0900 [外部サイト更新][成果物]SPALN SPALNは、問い合わせとして用いる一群のcDNAやタンパク質アミノ酸配列に対して、対応する遺伝子のゲノム配列上の位置を高速に検索し、さらにスプライシングを考慮したアライメントを作成することが出来るプログラムです。 http://medals.jp/list/detail/80 Thu, 25 Feb 2010 17:00:00 +0900 [外部サイト更新][成果物]LAST DNAやタンパク質の配列アライメントを作成し、比較する大規模ゲノム配列比較ツールです。BLASTに似ていますが、大量のデータを扱うのに適しています。 http://medals.jp/list/detail/69 Thu, 25 Feb 2010 17:00:00 +0900 [外部サイト更新][成果物]H-InvDB H-InvDBはヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベースです。ヒトのすべての転写産物の配列をあらゆる手法で解析することにより、ヒト遺伝子の構造、選択的スプライシング、タンパク質としての機能などの精査されたアノテーション（注釈付け）情報を提供しています。 http://medals.jp/list/detail/9 Thu, 25 Feb 2010 17:00:00 +0900 [外部サイト更新][成果物]CentroidFold CentroidFoldはRNAの２次構造予測および共通２次構造予測を行うためのソフトウェアです。ベンチマークテストではMfoldやRNAfoldよりも優れた予測性能を発揮することが確かめられています。 http://medals.jp/list/detail/17 Thu, 25 Feb 2010 17:00:00 +0900 [外部サイト更新][成果物]PPI view PPI viewは、ヒトのタンパク質間相互作用 (PPI:Protein-Protein Interaction)情報を表示しています。主要な５つのPPIデータベース(BIND, DIP, MINT, HPRD, IntAct)から、データの収集・統合を行い、H-InvDBの独自予測されたタンパク質についてPPIの割り当てを行いました。その結果、9,268 件のタンパク質からなる32,198件のヒトのタンパク質間相互作用情報が得られました。 (H-InvDB version 5.0時点)PPI viewはユーザーの興味あるタンパク質(遺伝子産物)と相互作用するタンパク質を表示し、そのタンパク質の遺伝子の位置(Locus view)や遺伝子の機能情報(cDNA view)へのリンク、そしてデータ元PPIデータベースへの参照情報や、文献、実験手法を表示します。PPI view: http://www.h-invitational.jp/hinv/ppi/ PPI view サンプル画面:http://www.h-invitational.jp/hinv/ppi /ppi_view.cgi?hip=HIP000084307 http://medals.jp/list/detail/34 Thu, 25 Feb 2010 17:00:00 +0900 [外部サイト更新][成果物]VarySysDB VarySysDBは、ゲノム統合プロジェクトによって、H-Inv転写産物に関連付けられる形で注釈付けられたヒト多型情報を、公開する目的で作成されたデータベースです。つまり、転写領域やスプライス・サイト上の一塩基多型、挿入欠失多型、STR多型、単一アミノ酸多型、構造多型、連鎖不平衡領域について、それぞれH-InvDBの転写産物と機能ドメインに関連づけて、情報整備して公開しています。VarySysDBでは、個々の多型情報ごと及び転写産物ごとに整備された情報を、検索し表示ができる他、キーワードによる検索も可能になりました。検索した情報はダウンロードもできます。 http://medals.jp/list/detail/35 Thu, 25 Feb 2010 17:00:00 +0900 [外部サイト更新][成果物]H-ANGEL H-ANGELは、ヒトの遺伝子発現についての情報を提供するデータベースです。H-Invitationalプロジェクトの構築した転写産物データに対する遺伝子発現パターンを表示します。遺伝子発現パターンは複数の測定プラットフォームを統合した組織特異的発現データに基づき、実用的な組織分類で表現しています。H-ANGELはまた、遺伝子の発現情報をヒトゲノム上の対応する物理的位置上に表示します。これらの情報は、H-InvDBに蓄積された対応する転写産物あるいは遺伝子座のアノテーションデータにリンクされており、こうした統合を通じて、プラットフォーム横断的に遺伝子発現データを比較して眺めることができます。 http://medals.jp/list/detail/85 Thu, 25 Feb 2010 17:00:00 +0900 [外部サイト更新][成果物]Evola Evola (Evolutionary annotation database)はH-InvDBのサブデータベースの1つとして、ヒト遺伝子の分子進化アノテーション情報を格納しています。ヒトと13のモデル生物とのオルソログについて、アラインメントや系統樹、正負の自然選択情報(dN/dS view)、重複遺伝子ファミリービューアー(Gene family view)などを提供しています。オルソログ解析対象の生物はヒト、チンパンジー、マカクザル、マウス、ラット、イヌ、ウマ、ウシ、オポッサム、ニワトリ、ゼブラフィッシュ、メダカ、ミドリフグ、トラフグ、のヒト＋13生物種です。 http://medals.jp/list/detail/1 Thu, 25 Feb 2010 17:00:00 +0900 [外部サイト更新][成果物]G-compass G-compassは比較ゲノム解析研究のためのツールとして開発され、進化的に保存されたゲノム領域とオルソログ遺伝子のデータを提供しています。解析対象はヒト＋12生物種です（チンパンジー、マカクザル、マウス、ラット、イヌ、ウマ、ウシ、オポッサム、ニワトリ、ゼブラフィッシュ、メダカ、ミドリフグ）。ゲノムの極保存領域(UCE)とコピー数多型領域(CNV)の情報を提供するとともに、ウィンドウ解析やドットプロットを表示するツールを備えています。 http://medals.jp/list/detail/32 Thu, 25 Feb 2010 17:00:00 +0900 [外部サイト更新][成果物]ConfC 本データベースは、現在得られているタンパク質立体構造からこの動的情報を抽出しデータベース化したもので、1）進化的構造変化、 2）結合による構造変化、3）構造的揺らぎの3種類をそれぞれ個別に分類したものです。 http://medals.jp/list/detail/47 Thu, 25 Feb 2010 17:00:00 +0900 [外部サイト更新][成果物]DB-SPIRE 実験的または配列解析（ホモロジーサーチとマルチプルアライメント）によって同定されたアミノ酸配列モチーフのタンパク質立体構造における位置を登録したものです。アミノ酸配列モチーフデータベースとして、PROSITEと BLOCKSの2種類を用いました。前者は実験的のみ、後者は実験的および配列解析によるモチーフを登録したデータベースです。タンパク質立体構造データベースとしてはPDBを用い、各エントリーにおけるSEQRES行とATOM 行の両方の配列情報から、それぞれモチーフ位置を決めています。 http://medals.jp/list/detail/50 Thu, 25 Feb 2010 17:00:00 +0900 [外部サイト更新][成果物]MassBase メタボロミクスの概念は、この数年間で、システムバイオロジーの新たなオミックス層として出現している。しかし、バイオインフォマティクス研究のために公に利用できる大量のデータはまだ観測されていません。MassBaseは大量のmass spectrum tags（MST）のアーカイブであり、そこには主に植物から得た生物学的なサンプルとピークアノテーションのための標準化学試薬で現れた既知・未知両方のピークが含まれている。データベースの目的はメタボロミクスの巨大なデータセットを使用するバイオインフォマティクス研究を強化することです。GC- TOF-MSを用いた3500MST由来の800000を超えるピークは、バイナリ形式の生データファイルと共にテキスト形式ファイルとしてアーカイブされている。バイナリ形式の生データスキャンに含まれるテキスト形式のmassシグナルリスト（Scanned mass spectra（SMS））もアーカイブしている。計算機によるピーク判断の検証や品質改善の研究に寄与するでしょう。全てのデータはこのサイトから無料でダウンロードできます。データセットを拡張するためにLC-MSやCE-MSといった別タイプのmassを近い将来計画している。MassBaseは NEDOプロジェクトのサポートにより、かずさDNA研究所で開発しました。（オリジナルサイトから） http://medals.jp/list/detail/108 Thu, 25 Feb 2010 17:00:00 +0900 [News]平成21年度　第4回データベース講習会　「ヒト遺伝子研究と統合データベース」　(2010.3.5 千里ライフサイエンスセンター　6階会議室)
日時：
2010年3月5日（金）13：30-17：00
会場：
千里ライフサイエンスセンター　6階会議室
〒560-0082　大阪府豊中市新千里東町１丁目4-2
[外部サイト更新] Thu, 25 Feb 2010 17:00:00 +0900 [News]平成21年度　第4回データベース講習会　「ヒト遺伝子研究と統合データベース」　(2010.3.5 千里ライフサイエンスセンター　6階会議室)
日時：
2010年3月5日（金）13：30-17：00
会場：
千里ライフサイエンスセンター　6階会議室
〒560-0082　大阪府豊中市新千里東町１丁目4-2
[外部サイト更新] Thu, 25 Feb 2010 17:00:00 +0900 [News]平成21年度　第4回データベース講習会　「ヒト遺伝子研究と統合データベース」　(2010.3.5 千里ライフサイエンスセンター　6階会議室)
日時：
2010年3月5日（金）13：30-17：00
会場：
千里ライフサイエンスセンター　6階会議室
〒560-0082　大阪府豊中市新千里東町１丁目4-2
[外部サイト更新] Thu, 25 Feb 2010 17:00:00 +0900 [News]平成21年度　第4回データベース講習会　「ヒト遺伝子研究と統合データベース」　(2010.3.5 千里ライフサイエンスセンター　6階会議室)
日時：
2010年3月5日（金）13：30-17：00
会場：
千里ライフサイエンスセンター　6階会議室
〒560-0082　大阪府豊中市新千里東町１丁目4-2
[News]平成21年度　第4回データベース講習会　「ヒト遺伝子研究と統合データベース」　(2010.3.5 千里ライフサイエンスセンター　6階会議室)
日時：
2010年3月5日（金）13：30-17：00
会場：
千里ライフサイエンスセンター　6階会議室
〒560-0082　大阪府豊中市新千里東町１丁目4-2
北大阪急行電鉄御堂筋線 千里中央駅 下車すぐ
http://www.senrilc.co.jp/index.html （地図はこちら）
参加費：
無料
講師：
今西　規, 武田　淳一, 村上　勝彦

ヒト遺伝子の統合データベースH-Invitational Database（H-InvDB; http://hinv.jp/ ）は、ヒト遺伝子の構造、タンパク質の機能、立体構造、細胞内局在、発現パターン、多様性、分子進化、相互作用、疾患との関連などの情報を統合化した公開データベースです。

ヒト遺伝子の分子データの統合を図り、H-InvDBと糖鎖遺伝子データベース(GGDB)および機能性RNAデータベース (fRNAdb)等との統合化を進めています。第一部ではH-InvDBの開発過程でわかったヒト遺伝子セットの全体像について講演します。第二部では、 H-InvDBと関連データベース群の活用法についてデモと実習を行います。

]]> http://hinv.jp/lecture_20100305.html Tue, 16 Feb 2010 17:15:41 +0900 [News]平成21年度　第3回データベース講習会　「ヒト遺伝子研究と統合データベース」　(2010.3.3 産業技術総合研究所 つくば中央 共用講堂 小会議室)
日時：
2010年3月3日（水）13：30-17：00
会場：
産業技術総合研究所 つくば中央 共用講堂 小会議室
〒305-8568　茨城県つくば市梅園1-1-1
中央第2つくばエクスプレス「つくば」駅下車　バス20分
http://www.aist.go.jp/aist_j/guidemap/tsukuba/tsukuba_map_main.html （地図はこちら）
参加費：
無料
講師：
山崎　千里, 坂手　龍一, 鹿内　俊秀, 箕輪　真理, 松矢　明宏

ヒト遺伝子の統合データベースH-Invitational Database（H-InvDB; http://hinv.jp/）は、ヒト遺伝子の構造、タンパク質の機能、立体構造、細胞内局在、発現パターン、多様性、分子進化、相互作用、疾患との関連などの情報を統合化した公開データベースです。

ヒト遺伝子の分子データの統合を図り、 H-InvDBと糖鎖遺伝子データベース(GGDB)および機能性RNAデータベース(fRNAdb)等との統合化を進めています。 H-InvDBの最新リリースと関連データベースの紹介と、パソコンを用いた使い方のデモと実習を行います。

]]> http://hinv.jp/lecture_20100303.html Tue, 16 Feb 2010 17:10:41 +0900