MEDALS

[外部サイト更新][成果物]JSNP DATABASE

Thu, 28 Mar 2013 06:02:20 +0900

2013-03-27	第41回公開 197,195 SNPs うち、84,651 SNPsにアレル頻度解析データがあります。	第41回公開
	2013年03月27日第41回公開 197,195 SNPs うち、84,651 SNPsにアレル頻度解析データがあります。統合マップは、NCBIのヒトゲノム build 104 および Ensembl Human release 70,dbSNP build 137のrs情報に基づいています。
2013-03-27	統合マップブラウザではNCBI build 104、Ensembl Human release 70、dbSNP build 137 のデータに基づいたデータを提供しています。	第41回公開
	統合マップブラウザではNCBI build 104、Ensembl Human release 70、dbSNP build 137のデータに基づいたデータを提供しています。
2013-03-27	"疾患/形質関連SNPリスト"を更新しました。	第41回公開
	NHGRI "A Catalog of Published Genome-Wide Association Studies" を更新しました(2013-02-28時点)。
2013-03-27	The 41th data release consists of 197,195 SNPs ; 84,651 SNPs with allele frequency.	release 41
	Mar 27, 2013 The 41th data release consists of 197,195 SNPs ; 84,651 SNPs with allele frequency. The Integrated mapping information is based on NCBI's build 104, Ensembl Human release 70 and rs number of dbSNP build137.
2013-03-27	The Integrated mapping information is based on NCBI's build 104, Ensembl Human release 70 and rs number of dbSNP build137.	release 41

2013-03-27	"List of SNP-trait associations" has been updated.	release 41
	NHGRI "A Catalog of Published Genome-Wide Association Studies" has been updated( accessed 2013-02-28 ).

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 28 Mar 2013 06:00:54 +0900

2013 March 27


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22514 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7689 proteins

[外部サイト更新][成果物]H-ANGEL

Wed, 27 Mar 2013 06:03:24 +0900

H-InvDB_8.3 released on March 26, 2013.

[外部サイト更新][成果物]H-InvDB

Wed, 27 Mar 2013 06:00:43 +0900

2013-03-26ヒト全遺伝子アノテーションデータベース「H-InvDB 8.3」をリリース: - オルソログ情報の更新
- タンパク質間相互作用（PPI）データ更新、PPI view更新
- サブデータベース更新：発現(H-ANGEL)

[外部サイト更新][成果物]EzCatDB

Sat, 23 Mar 2013 06:00:52 +0900

22/03/2013 update: 10 entries uploaded; 868 entries, covering 6657 PDB entries, & 1605 Uniprot entries.

[外部サイト更新][成果物]MAFFT

Fri, 22 Mar 2013 06:04:19 +0900

ClustalW / MAFFT / PRRN at GenomeNet
Katoh, Standley 2013 (Molecular Biology and Evolution 30:772-780)

[外部サイト更新][成果物]SlideSort

Thu, 21 Mar 2013 06:02:55 +0900

2013/3/20
- bug fix of -v option for ss-v1, ss-v2, ssmst-v1 and ssmst-v2.
2013/3/13
- SlideSort version 2 is now available.
- SlideSort_v2 has an option to run on multi cores.
- Goto Download page

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 21 Mar 2013 06:01:06 +0900

2013 March 20


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22501 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7676 proteins

[外部サイト更新][成果物]myPresto

Fri, 15 Mar 2013 10:37:46 +0900

myPrestoがV4.208にバージョンアップしました。容量の大きなファイルがありますのでダウンロードにはご注意ください。 [13.02.08]

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 14 Mar 2013 06:01:04 +0900

2013 March 13


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22485 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7660 proteins

[外部サイト更新][成果物]DOGAN

Wed, 13 Mar 2013 06:02:03 +0900

2013-03-12

Release of proteome analysis result of Rhodococcus opacus B4

[外部サイト更新][成果物]MAFFT

Mon, 11 Mar 2013 06:04:12 +0900

The latest version is 7.029 (2013/Mar/10).

Two bugs have been fixed in version 7.027.

[外部サイト更新][成果物]MassBank

Sat, 09 Mar 2013 06:02:10 +0900

2013年03月08日日大のデータ（260 スペクトル）を追加しました。

[外部サイト更新][成果物]LAST

Fri, 08 Mar 2013 06:01:13 +0900

last-278.zip 07-Mar-2013 17:06 424K

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 07 Mar 2013 06:00:58 +0900

2013 March 06


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22469 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7644 proteins

[外部サイト更新][成果物]KaPPA-View4 KEGG

Tue, 05 Mar 2013 06:10:28 +0900

KaPPA-View4 KEGGの全データを、最新のKEGGの情報にアップデートしました。

[News]成果物名変更のお知らせ

Fri, 01 Mar 2013 09:47:15 +0900

MEDALS便覧の「KOMICS」は「KomicMarket」に成果物名を変更しました。

[外部サイト更新][成果物]MassBase

Thu, 28 Feb 2013 06:02:08 +0900

20130227:
MassBase data is updated to v0.3.3 that includes 1038 LC-FT-ICR-MS data.
20130227:
MassBase data is updated to v0.3.4 that includes 1117 LC-IT-MS LTQ data.
20130227:
MassBase data is updated to v0.3.5 that includes 596 LC-Orbitrap-MS data.
20130227:
MassBase data is updated to v0.3.6 that includes 15716 CE-MS data. All of pre version CE-MS data were processed and deleted from the download page.
20130227:
MassBase data is updated to v0.3.7 that includes 1043 LC-FT-ICR-MS data.

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 28 Feb 2013 06:01:02 +0900

2013 February 27


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22456 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7631 proteins

[外部サイト更新][成果物]SPALN

Wed, 27 Feb 2013 06:01:15 +0900

Present Version: 2.0.6e, Last update: 2013-02-26

Memory leak errors have been fixed (20130226)

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 21 Feb 2013 06:01:02 +0900

2013 February 20


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22444 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7619 proteins

[外部サイト更新][成果物]SPALN

Tue, 19 Feb 2013 06:01:14 +0900

Present Version: 2.0.6d, Last update: 2013-02-18

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 14 Feb 2013 06:00:59 +0900

2013 February 13


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22431 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7606 proteins

[外部サイト更新][成果物]LAST

Wed, 13 Feb 2013 06:01:07 +0900

last-274.zip 12-Feb-2013 11:54 424K

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 07 Feb 2013 06:01:01 +0900

2013 February 06


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22411 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7586 proteins

[外部サイト更新][成果物]LAST

Tue, 05 Feb 2013 06:01:25 +0900

last-270.zip 04-Feb-2013 17:07 422K

[外部サイト更新][成果物]MAFFT

Mon, 04 Feb 2013 06:03:57 +0900

The latest version is 7.023 (2013/Feb/03).

[外部サイト更新][成果物]MassBank

Sat, 02 Feb 2013 06:02:33 +0900

2013年02月01日常に最新の公開データをダウンロードできるようになりました。

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 31 Jan 2013 06:01:05 +0900

2013 January 30


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22398 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7573 proteins

[外部サイト更新][成果物]KOMICS

Wed, 30 Jan 2013 06:02:48 +0900

Data update (2013/01/29)
Data for biological samples were added. There are data for 75 samples for 10 plant species.

[外部サイト更新][成果物]PubMedScan

Wed, 30 Jan 2013 06:00:28 +0900

PubMedScan v3.4 was released. [13.01.29]
Fixed a bug the search function for Preferred/Recommended articles screen.
Added the reset password function for forgot password.

[外部サイト更新][成果物]リンク自動管理システム

Fri, 25 Jan 2013 06:00:29 +0900

January 24, 2013 COXPRESdb were included.

[外部サイト更新][成果物]PowerFT

Fri, 25 Jan 2013 06:04:51 +0900

PowerGet 3.3.6ベータ版を公開

LC-MSの解析ソフト、PowerGetの3.3.6ベータ版を公開しました。PowerGetのページからダウンロードできます。日本語版のみの公開です。

PowerMatchに強力な「グループフィルタ」が搭載されました。「３連の繰り返しサンプル中で少なくとも２連でMS/MSがとれているピークが検出されたもの」などをフィルタリングすることができます。

動作についてお気づきの点があれば、フィードバックしていただけると大変ありがたいです。

[外部サイト更新][成果物]MassBank

Thu, 24 Jan 2013 06:02:24 +0900

2013年01月23日ワシントン州立大学のデータ（2,626 スペクトル）を公開しました。

[外部サイト更新][成果物]SPALN

Thu, 24 Jan 2013 06:01:19 +0900

Present Version: 2.0.6c, Last update: 2013-01-23

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 24 Jan 2013 06:01:06 +0900

2013 January 23


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22380 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7555 proteins

[外部サイト更新][成果物]DoBISCUIT

Wed, 23 Jan 2013 06:03:48 +0900

2013-01-16

Release [8]
Benastatin Chartreusin Chromomycin Enterocin Fredericamycin Griseorhodin A Pactamycin Resistomycin

Update [38]
Aclacinomycin A Actinorhodin Alnumycin Amphotericin B Aranciamycin Chalcomycin Concanamycin A Cosmomycin Daunorubicin Doxorubicin Elloramycin FR-008 Frenolicin Gilvocarcin Granaticin Griseusin Hedamycin Herbimycin A Jadomycin B Landomycin Medermycin Megalomicin Nogalamycin Nystatin Oviedomycin Oxazolomycin Pikromycin Pimaricin Polyketomycin R1128 Rimocidin Rubradirin Sch 47554 Spinosyn Streptolydigin Tetronomycin Urdamycin Virginiamycin

[外部サイト更新][成果物]Workflow

Sat, 19 Jan 2013 06:04:30 +0900

2013/01/17 ・RNA Structure Prediction Active ワークフローにRNA相互作用予測を追加しました

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 17 Jan 2013 06:00:53 +0900

2013 January 16


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22371 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7546 proteins

[外部サイト更新][成果物]MAFFT

Sun, 13 Jan 2013 06:04:08 +0900

The latest version is 7.017 (2013/Jan/12).

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 10 Jan 2013 06:00:50 +0900

2013 January 09


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22342 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7517 proteins

2013 January 02


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22326 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7501 proteins

[外部サイト更新][成果物]SPALN

Tue, 08 Jan 2013 06:01:08 +0900

Present Version: 2.0.6, Last update: 2013-01-07

[外部サイト更新][成果物]EzCatDB

Sat, 05 Jan 2013 06:08:07 +0900

04/01/2013 update: 10 entries uploaded; 858 entries, covering 6587 PDB entries, & 1592 Uniprot entries.

[外部サイト更新][成果物]KNApSAcK

Fri, 28 Dec 2012 06:01:47 +0900

last update	2012/12/27
metabolite	50897 entries
metabolite-species pair	106418 entries

[外部サイト更新][成果物]化学物質統合検索システム

Thu, 27 Dec 2012 06:02:17 +0900

2012/12/26 CHRIPのデータを更新しました。（ご案内資料はこちら)

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 27 Dec 2012 06:00:56 +0900

2012 December 26


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22319 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7494 proteins

[外部サイト更新][成果物]LAST

Wed, 26 Dec 2012 06:01:05 +0900

last-266.zip 25-Dec-2012 16:24 419K

[外部サイト更新][成果物]H-InvDB

Sat, 22 Dec 2012 06:00:13 +0900

2012-12-21 H-InvDB_8.0 データ修正: - 公開データから漏れていた一部のレコードを復旧しました。(Link : HIT HIX HIP)
- SNP情報のバグを修正し、漏れていたデータを復旧しました。
- その他、細部のバグを修正しました。

[外部サイト更新][成果物]SPALN

Wed, 26 Dec 2012 06:01:10 +0900

Present Version: 2.0.6, Last update: 2012-12-25

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 20 Dec 2012 06:00:54 +0900

2012 December 19


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22307 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7482 proteins

[外部サイト更新][成果物]paraclu

Sat, 15 Dec 2012 06:03:06 +0900

Get the latest version: paraclu-9.zip

[外部サイト更新][成果物]KNApSAcK

Thu, 13 Dec 2012 06:01:49 +0900

last update	2012/12/12
metabolite	49777 entries
metabolite-species pair	104726 entries

[外部サイト更新][成果物]PowerFT

Thu, 13 Dec 2012 06:05:07 +0900

PowerGetをアップデート

PowerGetをアップデートしました。一部の大学などのネットワーク環境において、MFSearcherモジュールでネットワーク接続が失敗するバグを修正しました。

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 13 Dec 2012 06:00:53 +0900

2012 December 12


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22296 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7471 proteins

[外部サイト更新][成果物]ADMER2

Tue, 11 Dec 2012 06:02:37 +0900

ADMERデータアップデートに2010年日射量及び雲量，放射収支量データを追加しました。 [詳細]

[外部サイト更新][成果物]MAFFT

Sat, 08 Dec 2012 06:03:47 +0900

The latest version is 7.012 (2012/Dec/7).

[外部サイト更新][成果物]PowerFT

Fri, 07 Dec 2012 06:04:37 +0900

PowerFT単体での配布は終了しました。

PowerFTは、ピークのアラインメントツールPowerMatchと統合し、PowerGetとしてリリースされています。

[外部サイト更新][成果物]MassBank

Fri, 07 Dec 2012 06:02:03 +0900

2012年12月06日ヘルムホルツ協会環境研究所のデータ（3,193 スペクトル）を公開しました。

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 06 Dec 2012 06:00:50 +0900

2012 December 05


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22275 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7450 proteins

[外部サイト更新][成果物]化学物質統合検索システム

Wed, 05 Dec 2012 06:02:15 +0900

2012/12/4 CHRIPのデータを更新しました。（ご案内資料はこちら)

[MEDALSサイト更新]MEDALS Q and Aに追加; アンケートで紹介されていたデータベースやウェブサイトの情報が知りたいです

Thu, 06 Dec 2012 17:31:17 +0900

過去に統合データベースプロジェクト(平成20-22年度)、ライフサイエンスデータベースプロジェクト(平成23-24年度)において実施したアンケート設問のPDF版をMEDALSにて公開しています。

[News][イベント]第四回データベース講習会@お台場

Thu, 06 Dec 2012 17:31:17 +0900

「創薬研究における統合データベースの活用」(第四回データベース講習会@お台場)を2013年1月24日(日) 10:30～17:15 の日程で産総研・臨海副都心センターにて開催します。

[News][イベント][再掲]第三回データベース講習会@大阪

Thu, 06 Dec 2012 17:31:17 +0900

「創薬研究における統合データベースの活用」(第三回データベース講習会@大阪)を2012年12月26日(水) 13:00～17:15 の日程で産総研・関西センターにて開催します。

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 29 Nov 2012 06:00:52 +0900

2012 November 21


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22238 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7413 proteins

2012 November 28


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22255 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7430 proteins

[外部サイト更新][成果物]MassBank

Tue, 27 Nov 2012 06:02:34 +0900

2012年11月26日スイス連邦水質科学研究所のデータ（2,158 スペクトル）を追加しました。

[外部サイト更新][成果物]KOMICS

Tue, 27 Nov 2012 06:02:48 +0900

V.1.3.9 (update: 2012/11/05)
Internal system for multiple site administration was added.

[外部サイト更新][成果物]MAFFT

Thu, 22 Nov 2012 06:03:24 +0900

The latest version is 6.956 (2012/Nov/21).

[外部サイト更新][成果物]Database of Genomic Variants

Sat, 17 Nov 2012 06:04:03 +0900

The new DGV has been updated as of November 14th, 2012. This release contains new and updated studies, new Gbrowse tracks, and various improvements to the overall site. Please read the newsletter for complete details.

[News][イベント]第三回データベース講習会@大阪

Thu, 29 Nov 2012 17:36:10 +0900

「創薬研究における統合データベースの活用」を2012年12月26日(水) 13:00～17:15 の日程で産総研・関西センターにて開催します。

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 15 Nov 2012 06:00:58 +0900

2012 November 14


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22225 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7400 proteins

[外部サイト更新][成果物]化学物質統合検索システム

Tue, 13 Nov 2012 06:02:14 +0900

2012/11/12 CHRIPのデータを更新しました。（ご案内資料はこちら）

[MEDALSサイト更新]ライフサイエンスデータベースプロジェクト

Fri, 09 Nov 2012 10:01:41 +0900

ライフサイエンスデータベースプロジェクト平成23年度成果報告書を公開しました。

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 08 Nov 2012 06:01:05 +0900

2012 November 07

the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22206 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7381 proteins

[外部サイト更新][成果物]RAvariome

Sat, 03 Nov 2012 06:05:17 +0900

2012.11.2 RAvariome ver1.1 released. Web design were changed. RAvariome will temporarily stop while November 22 (Thursday) 13:00 - November 26 (Monday) 12:00 JST.

[News][イベント]今週開催！講習会＠東北

Thu, 01 Nov 2012 09:31:34 +0900

創薬研究のためのデータベース講習会（第二回データベース講習会@東北）を 2012年11月3日(土) 10:00~17:00 東北大学星陵地区IT教育施設にて開催します。

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 01 Nov 2012 06:00:52 +0900

2012 October 31


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22194 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7369 proteins

[外部サイト更新][成果物]MAFFT

Sat, 27 Oct 2012 06:06:58 +0900

The latest version is 6.952 (2012/Oct/26).

[外部サイト更新][成果物]EzCatDB

Fri, 26 Oct 2012 06:01:13 +0900

25/10/2012 update: 8 entries uploaded; 848 entries, covering 6525 PDB entries, & 1581 Uniprot entries.

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 25 Oct 2012 06:00:49 +0900

2012 October 24

the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22175 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7350 proteins

[外部サイト更新][成果物]LAST

Wed, 24 Oct 2012 06:01:06 +0900

last-262.zip 23-Oct-2012 17:48 417K

[外部サイト更新][成果物]MAFFT

Fri, 19 Oct 2012 06:03:55 +0900

The latest version is 6.951 (2012/Oct/18).

Bug information: In versions 6.923 - 6.950, the order of output sequences was incorrect, for the combination of --addfragments and --reorder. This bug has been fixed in version 6.951.

[News][訂正]MEDALSポータルサイト停止のお知らせ

Thu, 25 Oct 2012 16:10:56 +0900

MEDALSサイトは 11月22日(木曜日) 13:00 - 11月26日 (月曜日) 12:00 の間、一時的なメンテナンスのために利用できません。

[News]MEDALS横断検索停止のお知らせ

Tue, 23 Oct 2012 13:52:00 +0900

連携先であるDBCLSのサーバメンテナンスのため、2012年10月26日(金)16:00～29日(月)10:00 の間、MEDALS横断検索を停止します。

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 18 Oct 2012 06:00:53 +0900

2012 October 17


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22157 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7332 proteins

[News]創薬研究のためのデータベース講習会（第二回データベース講習会@東北）開催のお知らせ

Fri, 12 Oct 2012 12:50:25 +0900

日時：2012年11月3日(土) 10:00～17:00
場所：東北大学星陵地区IT教育施設（医学部4号館6階）
アクセス：JR仙台駅よりバス約20分「大学病院前」下車
対象：どなたでも歓迎
参加費：無料
定員：50名
参加申し込み締切：2012年10月30日(火)
本講習会では、東北大学の新規事業プロジェクト・開発者が運用しているデータベースの紹介とともに、産業技術総合研究所開発の各種データベースの紹介と実習を行います。各座席にパソコンを用意致します。ぜひご参加ください。申し込み方法、プログラム等詳しくは、こちらのPDF（データベース講習会のご案内）を参照してください。

[外部サイト更新][成果物]MAFFT

Thu, 11 Oct 2012 06:05:19 +0900

The latest version is 6.940 (2012/Oct/10)

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 11 Oct 2012 06:00:58 +0900

2012 October 10


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22131 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7306 proteins

[外部サイト更新][成果物]EzCatDB

Tue, 02 Oct 2012 06:00:44 +0900

01/10/2012 update: 5 entries uploaded; 840 entries, covering 6494 PDB entries, & 1571 Uniprot entries.

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 04 Oct 2012 06:00:54 +0900

2012 October 03


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22114 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7289 proteins

[外部サイト更新][成果物]Workflow

Sat, 29 Sep 2012 06:04:07 +0900

2012/09/28 ・Modelling, Autodock, MD Active ワークフローを公開しました

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 27 Sep 2012 06:00:54 +0900

2012 September 26


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22091 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7266 proteins

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 20 Sep 2012 06:00:52 +0900

2012 September 19


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22067 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7242 proteins

MEDALS横断検索停止のお知らせ

Thu, 13 Sep 2012 09:36:31 +0900

連携先であるDBCLSのサーバメンテナンスのため、9月21日(金) 16:00 - 9月24日(月) 10:00 の間、MEDALS 横断検索を停止します。

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 13 Sep 2012 06:00:57 +0900

2012 September 12


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22048 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7223 proteins

[外部サイト更新][成果物]EzCatDB

Sat, 08 Sep 2012 06:00:38 +0900

07/09/2012 update: 7 entries uploaded; 835 entries, covering 6473 PDB entries, & 1563 Uniprot entries.

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 06 Sep 2012 06:00:57 +0900

2012 September 05


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22033 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7208 proteins

[外部サイト更新][成果物]化学物質統合検索システム

Tue, 04 Sep 2012 06:02:05 +0900

2012/9/3　CHRIPのデータを更新しました。（ご案内資料はこちら)

[外部サイト更新][成果物]paraclu

Tue, 04 Sep 2012 06:03:04 +0900

Get the latest version: paraclu-8.zip

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 30 Aug 2012 06:00:53 +0900

2012 August 29


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

22017 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7192 proteins

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 23 Aug 2012 06:03:23 +0900

2012 August 22

the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

21996 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7171 proteins

2012 August 15

the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

21982 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7157 proteins

2012 August 08

the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

21966 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7141 proteins

[外部サイト更新][成果物]Idiographica

Sat, 25 Aug 2012 06:01:23 +0900

Version 2.1 (Updated August, 2012) Now supports hg19 Human genome!

[外部サイト更新][成果物]LAST

Fri, 17 Aug 2012 06:01:01 +0900

last-250.zip 16-Aug-2012 14:47 389K

[外部サイト更新][成果物]MAFFT

Wed, 22 Aug 2012 07:03:51 +0900

The latest version is 6.935 (2012/08/21)

[外部サイト更新][成果物]MassBank

Fri, 10 Aug 2012 06:01:58 +0900

2012年08月08日スイス連邦水質科学研究所のデータ（944 スペクトル）を公開しました。

[外部サイト更新][成果物]RAvariome

Sat, 18 Aug 2012 06:09:02 +0900

2012.8.15 RAvariome stable version released.

[MEDALSサイト更新]2012年8月5日に開催された講習会の資料を公開しました。

Tue, 14 Aug 2012 09:48:42 +0900

2012年8月9日（木）に北海道大学高等教育機能センターで開催された「バイオインフォマティクス講習会生物情報データベース入門 (第一回データベース講習会)」において使用した発表資料を公開しました。

[外部サイト更新][成果物]DoBISCUIT

Sat, 04 Aug 2012 06:03:55 +0900

2012-08-03

New [12]
Alnumycin; Gilvocarcin; Hedamycin; Jadomycin B; Kirromycin; Landomycin; Oviedomycin; R1128; Sch 47554; Streptolydigin; Urdamycin; Virginiamycin

Update [17]
Ascomycin; Aureothin; Avermectin; Chlorothricin; Concanamycin A; Frenolicin; Granaticin; Griseusin; Herbimycin A; Indanomycin; Lasalocid; Monensin; Nanchangmycin; Nigericin; Oligomycin; Spinosyn

[外部サイト更新][成果物]EzCatDB

Sat, 04 Aug 2012 06:00:41 +0900

03/08/2012 update: 8 entries uploaded; 828 entries, covering 6443 PDB entries, & 1551 Swiss-prot entries.

[外部サイト更新][成果物]化学物質統合検索システム

Thu, 02 Aug 2012 06:02:24 +0900

2012/8/1　CHRIPのデータを更新しました。（ご案内資料はこちら)

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 02 Aug 2012 06:01:00 +0900

2012 August 01

the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

21952 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7127 proteins

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 26 Jul 2012 06:01:01 +0900

2012 July 25

the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

21941 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7116 proteins

[外部サイト更新][成果物]MAFFT

Sun, 22 Jul 2012 06:04:04 +0900

The latest version is 6.925 (2012/07/21)

[外部サイト更新][成果物]ADMER2

Sat, 21 Jul 2012 06:02:32 +0900

2012.7.20　ADMERデータアップデートに2010年ADMER専用アメダスデータを追加しました。[詳細]

[News]「平成24年度経済産業省ライフサイエンス関連データベースに関するアンケート(2012)」の募集を開始しました。

Wed, 25 Jul 2012 17:00:00 +0900

(独)産業技術総合研究所バイオメディシナル情報研究センター分子システム情報統合チームは、(社)バイオ産業情報化コンソーシアムと共同で平成20-22年度に経済産業省の支援を受け、「経済産業省統合データベースプロジェクト」を実施し、経済産業省関連機関によりこれまでに実施されたライフサイエンス分野の研究開発プロジェクトの成果等を整備し情報提供ポータルサイト「MEDALS」（METI database portal for life science）に公開しました。当チームは、平成23年度より経済産業省の支援を受け「経済産業省ライフサイエンスデータベースプロジェクト」を実施し、ポータルサイトMEDALSの更なる発展を目指しています。この度、ユーザーのニーズに即したより良いポータルサイトの構築と研究成果の利用促進を目的として、医学・薬学・生物学・農学・工学・情報系などの分野でライフサイエンス研究に携るデータベース利用者・開発者の方々にご意見をお伺いするアンケートを実施することと致しましたのでご案内申し上げます。有効なご回答を頂いた方の中から先着200名様に謝礼を進呈致します。大変お忙しい中恐縮に存じますが、本調査の趣旨を御理解いただきアンケートに御協力いただきますようお願い申し上げます。

[MEDALSサイト更新][成果物追加]PCDq

Wed, 25 Jul 2012 16:19:24 +0900

PCDqは、予測複合体を含めたヒト蛋白質複合体のデータベースです。BIND、DIP、MINT、HPRD、IntActおよびGNP_Y2Hの６つの蛋白質間相互作用（PPI）データを整理統合し、PPIネットワークの密な領域から蛋白質複合体が予測され、それらを文献と比較し修正することで、既知の複合体情報と予測された複合体情報の両方を格納しています。既知と予測のサブユニットを区別・活用するため、品質管理指数（QCI）を、各複合体に付与しています。また、複雑なネットワークを簡素に示す図を表示・編集できる機能PPI-Mapがあります。

[MEDALSサイト更新][成果物追加]RAvariome

Wed, 25 Jul 2012 16:19:24 +0900

RAvariomeは自己免疫疾患、関節リウマチ（RA)に関わる遺伝子多型情報を収集し、個人の遺伝的リスク予測や分子標的創薬を支援するデータベースです。本データベースでは、GWASなどの疾患関連解析の研究成果を包括的に評価し、複数の研究で再現性が認められている信頼の高い遺伝子多型の情報を提供しています。さらに、これらの信頼できる遺伝子多型を基に、関節リウマチに対する遺伝的なリスクを予測するツールを提供しています。

[MEDALSサイト更新][成果物追加]BioDB Scan

Wed, 25 Jul 2012 16:19:24 +0900

「新着データお知らせツールBioDBScan」は、利用者が興味を持っている遺伝子、タンパク質、パスウェイ、疾患、化合物、薬剤などについて、NCBI、Ensembl、DrugBankなどの世界の主要なデータベースで新たにリリースされたデータの情報をお知らせするツールです。「リンク自動管理システム」の全データベース検索によって前週月曜日以降に新たにリンクされたデータが検出されると、その情報が毎週月曜日に電子メールで配信されます。 BioDBScanは、新規関連文献お知らせツールPubMedScanの新機能として、平成23年度「経済産業省ライフサイエンスデータベースプロジェクト」で開発されました。産業技術総合研究所バイオメディシナル情報研究センターにて運営されています。

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 19 Jul 2012 06:00:50 +0900

2012 July 18


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

21917 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7092 proteins

[外部サイト更新][成果物]MAFFT

Thu, 19 Jul 2012 06:04:22 +0900

The latest version is 6.923 (2012/07/14)

[外部サイト更新][成果物]LAST

Tue, 10 Jul 2012 06:01:01 +0900

last-247.zip 09-Jul-2012 15:44 409K

[外部サイト更新][成果物]MassBase

Wed, 11 Jul 2012 06:01:40 +0900

20120710:
Bug report: In case of total peak number > 53000 (current list: MDLC1_00005, MDLC1_00007, MDLC1_00010, MDLC1_00011, MDLC1_00012, MDLC1_00013, MDLC1_00015, MDLC1_00019, MDLC1_00034, MDLC1_00035, MDLC1_00039, MDLC1_00040, MDLC1_00041, MDLC1_00042, MDLC1_00044, MDLC1_00045, MDLC1_00056, MDLC1_00059, MDLC1_02724, MDLC1_02753, MDLC1_02754, MDLC1_02790, MDLC1_02889, MDLC1_02891, MDLC1_02940, MDLC1_02943, MDLC1_02944, MDLC1_02950, MDLC1_05393, MDLC1_05394, MDLC1_05395, MDLC1_05509, MDLC1_06301), cricking [Show peak list] can not display whole peak list. You can see a whole peak list by each *.mst file for these datasets. We will try to solve this problem in the future.

[外部サイト更新][成果物]MassBank

Tue, 10 Jul 2012 06:02:10 +0900

2012年07月09日　日本電子株式会社のデータ（45 スペクトル）を公開しました。

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 12 Jul 2012 06:00:50 +0900

2012 July 11


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

21908 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7083 proteins

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 05 Jul 2012 06:00:57 +0900

2012 July 04


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

21890 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7065 proteins

[外部サイト更新][成果物]化学物質統合検索システム

Tue, 03 Jul 2012 06:02:11 +0900

2012/7/2　 CHRIPのデータを更新しました。（ご案内資料はこちら)

[MEDALSサイト更新][成果物追加]発がん性予測システム（CARCINOscreen）

Thu, 28 Jun 2012 09:16:38 +0900

化合物を投与したラット肝臓における遺伝子の発現量を測定し、発がん性予測用にカスタマイズされた遺伝子群を用いて、早期に化合物の発がんリスクを予測するものです。通常のげっ歯類を用いた発がん性試験は投与期間として2年間が必要ですが、本システムでは14日間もしくは28日間の短期間投与で得られる生体試料を適用できることが大きな特徴です。
本システムは受託解析サービスとして事業化されています。

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 28 Jun 2012 06:00:56 +0900

2012 June 27


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

21881 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7056 proteins

[外部サイト更新][成果物]EzCatDB

Tue, 26 Jun 2012 06:00:38 +0900

25/06/2012 update: 7 entries uploaded; 820 entries, covering 6381 PDB entries, & 1532 Swiss-prot entries.

[外部サイト更新][成果物]slidesort

Thu, 21 Jun 2012 06:03:01 +0900

2012/6/20

SlideSort and SSMST has been updated.
the new version has an option "-v" which enables to search with reverse complement.

[MEDALSサイト更新][成果物追加]Rchange

Fri, 22 Jun 2012 09:53:30 +0900

塩基置換おけるRNA二次構造のエネルギー変化を計算するツール

[外部サイト更新][成果物]MassBank

Fri, 22 Jun 2012 06:02:03 +0900

2012年06月21日マックスプランク化学生態学研究所のデータ（498 スペクトル）を公開しました。
2012年06月15日 PFOS研究グループのデータ（88 スペクトル）を追加しました。
2012年06月15日研究協力グループページを更新しました。

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 21 Jun 2012 06:00:52 +0900

2012 June 20


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

21868 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7043 proteins

[外部サイト更新][成果物]MassBase

Wed, 20 Jun 2012 06:01:59 +0900

20120619:
MassBase data is updated to v0.3.2 that includes 10733 CE-MS data.

[MEDALSサイト更新][成果物追加]Rentropy

Thu, 14 Jun 2012 09:26:13 +0900

Rentropyは、RNAの二次構造のボルツマン分布からエントロピーや、平均エネルギー、エネルギー変化を計算するツール

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 14 Jun 2012 06:00:50 +0900

2012 June 13


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

21846 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
7021 proteins

[MEDALSサイト更新][成果物追加]Fdur

Fri, 08 Jun 2012 10:06:53 +0900

系統学的ツリーモデルにおける十分統計量と期待値最大化アルゴリズムをつかったツール

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Thu, 07 Jun 2012 06:00:49 +0900

2012 June 06


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

21816 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4276 chains containing those domains, and
6991 proteins

[外部サイト更新][成果物]MassBase

Wed, 06 Jun 2012 06:02:03 +0900

MassBase data is updated to v0.3.1 that includes 564 LC-FT-ICR-MS data.

[MEDALSサイト更新][成果物更新]KNApSAck Family

Thu, 31 May 2012 09:00:00 +0900

論文(PMID: 22123792)を追加しました。

[外部サイト更新][成果物]MassBank

Sat, 26 May 2012 06:02:29 +0900

2012年05月25日 中国医学科学院薬物研究所のデータ（25 スペクトル）を追加しました。

[MEDALSサイト更新][成果物追加]paraclu

Thu, 24 May 2012 17:52:19 +0900

配列に付属するデータのクラスターを発見するツール

[外部サイト更新][成果物]KNApSAcK

Sat, 19 May 2012 06:01:58 +0900

last update	2012/05/18
metabolite	49777 entries
metabolite-species pair	103080 entries

[外部サイト更新][成果物]DOGAN

Wed, 16 May 2012 06:01:48 +0900

2012-05-15

Release of proteome analysis result of Gemmatimonas aurantiaca T-27^T

Release of proteome analysis result of Arthrospira platensis NIES-39

Update of proteome analysis result of Sulfolobus tokodaii 7^T

Release of proteome analysis result of Anaerolinea thermophila UNI-1^T

[MEDALSサイト更新][成果物更新]INOH Pathway Database

Wed, 16 May 2012 16:32:15 +0900

論文(PMID: 22120663)を追加しました。

[外部サイト更新][成果物]MassBank

Tue, 15 May 2012 06:02:40 +0900

2012年05月14日 中国医学科学院薬物研究所のデータ（48 スペクトル）を追加しました。

[外部サイト更新][成果物]DOGAN

Tue, 15 May 2012 06:01:53 +0900

2012-05-14

Release of the Oscillibacter valericigenes Sjm18-20^T(= NBRC 101213^T) genomic data

Release of the Caldisericum exile AZM16c01^T (= NBRC 104410^T) genomic data

[MEDALSサイト更新][成果物更新]LAST

Wed, 09 May 2012 14:11:38 +0900

論文情報を3件追加しました。

[外部サイト更新][成果物]LAST

Tue, 08 May 2012 06:00:59 +0900

last-199.zip

07-May-2012 17:26

399K

[外部サイト更新][成果物]CELLPEDIA

Thu, 26 Apr 2012 06:02:35 +0900

Differentiated cell: 2718 cell taxonomy key, 481 images, 229 OBO terms are linked.
Stem cell: 37 images, 48 OBO terms are linked.

[外部サイト更新][成果物]MassBank

Wed, 25 Apr 2012 06:02:26 +0900

2012年04月24日中国医学科学院薬物研究所のデータ（52 スペクトル）を追加しました。
2012年04月16日マックスプランク化学生態学研究所のデータ（193 スペクトル）を公開しました。

[外部サイト更新][成果物]FORTE

Wed, 25 Apr 2012 06:00:47 +0900

2012 April 24


the NCBI non-redundant database: 12/02/13
(98% & filtered)

21539 templates are:

10549 domains from the SCOP1.75 40% list,
4376 chains containing those domains, and
6614 proteins

[外部サイト更新][成果物]H-InvDB

Sat, 21 Apr 2012 06:00:19 +0900

H-InvDB_8.0 released on April 20, 2012.: H-InvDB_HIX_8.0 [20-Apr-2012] updated
H-InvDB_HIT_8.0 [20-Apr-2012] updated
H-InvDB_HIX_Annotation_8.0 [20-Apr-2012] updated
H-InvDB_HIT_Annotation_8.0 [20-Apr-2012] updated
H-InvDB_Expression_8.0 [20-Apr-2012] updated
H-InvDB_DiseaseInfo_8.0 [20-Apr-2012] updated
H-InvDB_Evolution_7.1 [10-SEP-2010]
H-InvDB_3D-structure_8.0 [20-Apr-2012] updated
H-InvDB_Subcellular_8.0 [20-Apr-2012] updated

[外部サイト更新][成果物]MassBase

Fri, 20 Apr 2012 06:01:56 +0900

20120419:
MassBase data is updated to v0.3.0 that includes 2487 GC-TOF-MS data.

[外部サイト更新][成果物]リンク自動管理システム

Tue, 10 Apr 2012 06:00:25 +0900

April 6, 2012 KNApSAcK, JECDB and HMDB(Chemical compounds and Drugs) were included.

[外部サイト更新][成果物]化学物質統合検索システム

Sat, 07 Apr 2012 06:02:33 +0900

2012/4/6

CHRIPのデータを更新しました。（ご案内資料はこちら)

[外部サイト更新][成果物]JSNP DATABASE

Thu, 05 Apr 2012 06:02:45 +0900

2012-04-04	第40回公開 197,195 SNPs うち、84,651 SNPsにアレル頻度解析データがあります。	第40回公開
	2012年03月28日第40回公開 197,195 SNPs うち、84,651 SNPsにアレル頻度解析データがあります。統合マップは、NCBIのヒトゲノム build 37 version 3および Ensembl Human release 65,dbSNP build 135のrs情報に基づいています。
2012-04-04	統合マップブラウザではNCBI build37 version3、Ensembl Human release 65、dbSNP build 135のデータに基づいたデータを提供しています。	第40回公開

2012-04-04	"疾患/形質関連SNPリスト"を更新しました。	第40回公開
	NHGRI "A Catalog of Published Genome-Wide Association Studies" を更新しました(2012-02-29時点)。
2012-04-04	The 40th data release consists of 197,195 SNPs ; 84,651 SNPs with allele frequency.	release 40
	Mar 28, 2012 The 40th data release consists of 197,195 SNPs ; 84,651 SNPs with allele frequency. The Integrated mapping information is based on NCBI's build 37 version 3, Ensembl Human release 65 and rs number of dbSNP build135.
2012-04-04	The Integrated mapping information is based on NCBI's build 37 version 3, Ensembl Human release 65 and rs number of dbSNP build135.	release 40

2012-04-04	"List of SNP-trait associations" has been updated.	release 40
	NHGRI "A Catalog of Published Genome-Wide Association Studies" has been updated( accessed 2012-02-29 ).

[MEDALSサイト更新]横断検索対象を6件追加

Fri, 30 Mar 2012 12:01:24 +0900

MEDALSに便覧が存在する成果物のうち、次の6件が横断検索の対象として追加されました。

[MEDALSサイト更新][成果物追加]DoBISCUIT

Fri, 30 Mar 2012 11:12:17 +0900

DoBISCUITは細菌がもつ二次代謝産物の生合成遺伝子クラスターについての知見を集約したデータベースです。

放線菌をはじめとする細菌が産生する二次代謝産物は医薬品・化合物合成の候補品として注目されています。しかし二次代謝産物を合成する遺伝子クラスターの情報は各研究者が個別に塩基配列を登録しており、集約されていませんでした。DoBISCUITはそれらの塩基配列情報を集約し、新たな知見も加味して統一的なアノテーションを付与し、分類を行った知識集約型のデータベースです。

このデータベースをご利用になることで二次代謝産物の生合成クラスターに関する情報を総合的に取得することができます。医薬品・化合物合成をサポートする基盤情報としてお役に立つことを期待しています。

[MEDALSサイト更新][成果物追加]PMPi-Blast

Fri, 30 Mar 2012 11:12:17 +0900

ミヤコグサやカンゾウのESTや完全長cDNA、マイクロアレイプローブなど、PMPj（NEDO植物物質生産プロジェクト、H14～22）で得られた遺伝子配列情報をBlast検索することができるデータベース

[MEDALSサイト更新][成果物追加]PowerFT

Fri, 30 Mar 2012 11:12:17 +0900

クロマトグラフィー-精密質量分析より得られたデータから、化合物ピークを抽出し、アノテーションをするツール

[MEDALSサイト更新][成果物追加]MFSearch

Fri, 30 Mar 2012 11:12:17 +0900

精密質量値から予測される組成式を高速に推定することができるWeb serviceです。既存の化合物データベースに対する質量値からの検索も高速に行えます。

[MEDALSサイト更新][成果物追加]PoSSuM

Fri, 30 Mar 2012 11:12:17 +0900

タンパク質の類似リガンド結合部位データベース

[外部サイト更新][成果物]CELLPEDIA

Wed, 28 Mar 2012 06:02:42 +0900

2012/3/26 Version 1.7 is released.
The OBO Cell Type Ontology is updated (version 1.113).

[外部サイト更新][成果物]リンク自動管理システム

Sat, 10 Mar 2012 06:00:24 +0900

February 7, 2012 We started an Official public release of "Rattus norvegicus". NCBI,Ensembl,Uniprot,Evola and RGD were included.
March 9, 2012 KEGG(Rattus norvegicus) were included.

4省合同ポータル一時停止について

Fri, 16 Mar 2012 09:07:36 +0900

2012年3月16日(金)18:00～19日(月)10:00 の間、サーバメンテナンスのため、３つのサービス（カタログ、横断検索、アーカイブ）を停止します。

[MEDALSサイト更新][成果物更新]MassBank

Wed, 07 Mar 2012 12:12:23 +0900

論文情報を追加。

[外部サイト更新][成果物]MassBank

Wed, 07 Mar 2012 06:02:24 +0900

2012年02月29日 Record Editor 2.0（beta）をリリースしました。

2012年03月06日公開データをダウンロードして利用できるようになりました。

2012年03月06日 MassBank System Installer 1.8 を更新しました。

[外部サイト更新][成果物]化学物質統合検索システム

Thu, 01 Mar 2012 06:02:37 +0900

2012/2/29

CHRIPのデータを更新しました。（ご案内資料はこちら)

[MEDALSサイト更新][成果物更新]EzCatDB

Thu, 01 Mar 2012 17:42:52 +0900

長野希美「酵素触媒機構データベース EzCatDB」バイオテクノロジー　ジャーナル (2006) Vol.6, No.4,（７｜８月号） p.437-439 （羊土社）
長野希美「EzCatDB（酵素触媒機構データベースの開発）」 CBRC News Letter No.9, p.3<.li>
長野希美「酵素触媒機構データベース:EzCatDB - 酵素触媒機構の理解から創薬へ」 AIST today (2005) vol.5, No.3, p.37

[外部サイト更新][成果物]KOMICS

Tue, 28 Feb 2012 06:02:28 +0900

V.1.3.8 (update: 2012/02/27)
Some functions of user interfaces were improved.

[MEDALSサイト更新][成果物更新]MassBase

Thu, 23 Feb 2012 15:36:47 +0900

メタボロミクスの概念は、この数年間で、システムバイオロジーの新たなオミックス層として出現している。しかし、バイオインフォマティクス研究のために公に利用できる大量のデータはまだ観測されていません。MassBaseは大量のmass spectrum tags（MST）のアーカイブであり、そこには主に植物から得た生物学的なサンプルとピークアノテーションのための標準化学試薬で現れた既知・未知両方のピークが含まれている。データベースの目的はメタボロミクスの巨大なデータセットを使用するバイオインフォマティクス研究を強化することです。GC-MSを用いた5100MST、LC-MSを用いた2400MSTおよびCE-MSを用いた2400MST由来の19500000を超えるピークは、バイナリ形式の生データファイルと共にテキスト形式ファイルとしてアーカイブされている。バイナリ形式の生データスキャンに含まれるテキスト形式のmassシグナルリスト（Scanned mass spectra（SMS））もアーカイブしている。計算機によるピーク判断の検証や品質改善の研究に寄与するでしょう。全てのデータはこのサイトから無料でダウンロードできます。データセットを拡張するためにCE-MSといった別タイプのmassを近い将来計画している。MassBaseはNEDOプロジェクトのサポートにより、かずさDNA研究所で開発しました。（オリジナルサイトから）

[MEDALSサイト更新][成果物更新]HGPD

Thu, 23 Feb 2012 15:36:47 +0900

Maruyama, Y. et al. (2012) Nucleic Acids Res. 40, D924-D929.

HGPD: Human Gene and Protein Database, 2012 update

[外部サイト更新][成果物]KOMICS

Tue, 21 Feb 2012 06:03:02 +0900

V.1.3.6 (update: 2012/02/15)

V.1.3.7 (update: 2012/02/20)
A bug on the annotation information page for listing DB hit evidences was fixed.

Metabolites in Jatropha curcas fruit detected by FT-ICR-MS.

[外部サイト更新][成果物]EzCatDB

Tue, 21 Feb 2012 06:00:36 +0900

20/02/2012 update: 15 entries uploaded; 800 entries, covering 6153 PDB entries, & 1464 Swiss-prot entries.

[外部サイト更新][成果物]MassBase

Fri, 10 Feb 2012 06:02:01 +0900

20120209:
MassBase data is updated to v0.29 that includes 407 LC-FT-ICR-MS data.

[外部サイト更新][成果物]MassBase

Tue, 07 Feb 2012 06:01:59 +0900

20120206:
Link to KomicMarket (http://webs2.kazusa.or.jp/komics/) is created for some data.

MassBase data is updated to v0.28 that includes 721 LC-FT-ICR-MS and 43 LC-Orbitrap-MS data. This release includes animal data (Mus musculus and Caenorhabditis elegans).

[外部サイト更新][成果物]KNApSAcK

Sat, 04 Feb 2012 06:01:54 +0900

last update	2012/02/03
metabolite	49677 entries
metabolite-speciec pair	101536 entries

[外部サイト更新][成果物]化学物質統合検索システム

Wed, 01 Feb 2012 06:02:43 +0900

2012/1/31

CHRIPのデータを更新しました。（ご案内資料はこちら)

[MEDALSサイト更新]リンク集に特許関連のサイトを9件追加しました。

Thu, 02 Feb 2012 17:30:27 +0900

[MEDALSサイト更新]MEDALS Q and A を公開しました。