ツール便覧
その他 ( 10/16件 )
ADMER2
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要約 | ADMER*とは、独立行政法人 産業技術総合研究所(AIST)が開発した化学物質の大気環境濃度推定及び曝露評価を行なうモデルと一連のシステムであり、以下の機能を備えています。 * 気象データの作成・確認 * 化学物質排出量データの作成・確認 * 化学物質大気中濃度及び沈着量の計算 * 曝露人口の推計 * 計算結果図化 * 計算結果ヒストグラム表示 * 正式名称：産総研－曝露・リスク評価大気拡散モデル (AIST-ADMER)、 National Institute of Advanced Industrial Science and Technology - Atmospheric Dispersion Model for Exposure and Risk Assessment |
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| 主な対象データ | 化合物 対象年のアメダスデータ（CD-ROM）、または、Version 2.5からは対象年のADMER専用アメダスデータ・・・気象データ作成に利用 * 対象化学物質の排出量に関するデータ(点源排出量、県別・市町村別排出量等) ・・・グリッド排出量データ作成に利用 |
CADLIVE
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要約 | CADLIVE とは、生命ネットワーク（代謝、遺伝子発現ネットワーク）解明のために、GUI を用いてネットワークを構築し、シミュレータと連携可能な形式でデータベースに保存す ることができるシステムです。複雑な分子間相互作用をもつ生命ネットワークを化学反応 式によって記述することができます。本システムはGUIネットワークコンストラクター、仮想ノックアウト変異に対するパスウェイ検索プログラム、グリッドレイアウトプログラム、代謝制御ツールから構成されています。ネットワークコンストラクターは大規模代謝ネットワークマップを作成できます。仮想ノックアウト変異様のパスウェイサーチプログラムは２生物間の全ての可能性を探索するため、ノックアウト変異に対しては応用できます。グリッドレイアウトプログラムは生化学ネットワークマップを２次元グリッド上に自動投射します。ダイナミックシミュレーターは、生化学ネットワークマップを動的モデルに変換し、それらダイナミクスをシミュレートします。代謝制御ツールは要素モードをベースとしたアルゴリズムで開発されました。本システム開発の一部はNEDOプロジェクトからの財政的サポートで実施されました。(オリジナルサイトから) |
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| 主な対象データ | 代謝産物 |
Dr DMASS
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要約 | Dr DMASSはマススペクトルデータを多変量解析で効果的に分析するために開発されており（i）ピーク補正、（ⅱ）多変量データの処理、および（iii）多変量解析の３つのステップから構成されています。ピーク補正過程では、internal mass calibrants（IMCs）による実験的な値と期待値間の関係に基づいた実験的なm/z値を選び出します。このソフトウェアとイントロダクションマニュアルはこのサイトで自由に利用可能です。このソフトウェアを使うためにはユーザーのコンピュータにJavaのJ2SDK 1.4.2がインストールされている必要があります。（出典：オリジナルサイトより） |
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| 主な対象データ | マススペクトル |
Dr DMASS+
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要約 | Dr DMASS+はマススペクトルデータを多変量解析で効果的に分析するために開発されており（i）ピーク補正、（ii）多変量データの処理、および（iii）教師なし学習 (iv)教師あり学習の４つのステップから構成されています（出典：オリジナルサイトより）。 Dr DMASS( http://medals.jp/list/detail/116 )に（iii）（iv）を加えた後継のツールです。 |
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| 主な対象データ | マススペクトル |
GRIFFIN
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要約 | 入力されたGPCR配列と選択的に結合するGプロテインを予測するハイスループットシステムです。 |
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| 主な対象データ | タンパク質-配列 、アミノ酸配列 |
HEAT
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要約 | H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツールH-InvDB Enrichment Analysis Tool (HEAT)は、ヒト遺伝子の集合（遺伝子リスト）に対して、その特徴を機械的に判定するデータマイニング・ツールです。H-InvDBのさまざまなアノテーション項目について、ユーザが入力した遺伝子リストの中に平均より有意に高い頻度で出現する項目を見つけ出します。この手法は一般にGene Set Enrichment Analysis（GSEA）と呼ばれ、マイクロアレイ実験のデータ解析等によく使われます。統計学的な検定にはフィッシャーの正確確率検定を用いています。 |
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| 主な対象データ | アノテーション |
ID一括変換システム
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要約 | ID一括変換システムは、リンク自動管理システムのデータを利用して、ヒト遺伝子とタンパク質に関係する世界の主要なデータベースのIDを相互に一括変換できるシステムです。詳細はこちらの解説を参照ください。 |
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| 主な対象データ | データ識別子（ID） |
KAGIANA
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要約 | 開発したKAGIANAは、ユーザーが選択したデータベースから得たサマリー情報を収集できたり、それら興味のあるデータベースにある遺伝子のページへアクセスできたりします。KAGIANAはMirosoft社のExcelをベースとしており、遺伝子発現解析の為の様々なマクロプログラムを提供しています。植物学のオミックス情報を利用する植物研究者の役に立つでしょう。KAGIANAは以下から無料で利用する事ができますhttp://pmnedo.kazusa.or.jp/kagiana/（オリジナルサイトから）。 |
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| 主な対象データ | 遺伝子発現 |
KaPPA-View
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要約 | KaPPA-Viewは,植物から得られた各オミクスデータを植物の代謝経路マップ上で統合表示することが可能なウェブベースの解析ツールである。このような表示を行うことにより,供試した実験における代謝変動の様相を視覚的にとらえることができ,代謝経路上での遺伝子の機能を推定することが可能となる。(出典：CiNii http://ci.nii.ac.jp/naid/110004822705/) 2010年1月に公開されたKaPPA-View4では、 全面的なシステムの見直しを行い、以前のバージョンと比較して劇的な処理速度の向上が図られている。 また、WindowsだけでなくMac OS Xにも完全に対応し、全ての機能を利用できるようになった。 更に、ユーザーが独自に作成した代謝マップを利用することができます。 システム開発者向けには、データベースやアプリケーションなど外部システムから直接データを表示させるための機能も提供している。（出典：オリジナルサイトより http://kpv.kazusa.or.jp/kpv4/information/overview_jp.html ） |
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| 主な対象データ | 代謝産物 遺伝子発現 |
PMID-Extractor
なし
[ 詳細を見る ] |
要約 | ユーザの手元にある論文ファイル群（PDFまたはテキスト形式）から、それらのPubMed ID (PMID)をリストとして取得するためのソフトです。文献チェックツールPubMedScan (http://medals.jp/pubmedscan/ ) を使う際に、自分の興味ある論文リストをPMIDによって入力しますが、そのリストの作成に利用できます。ファイルの１ページ目にあるDigital Object Identifiers (DOIs, http://ja.wikipedia.org/wiki/デジタルオブジェクト識別子)、 またはタイトル等のテキスト情報をもとに、NCBIに問い合わせて、PMIDを取得します。 |
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| 主な対象データ | 文献 |