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成果物名 THE MICROARRAY ANALYSIS SYSTEM - TREBAX -
成果物の別名 TREBAX
成果物に関する説明 マイクロアレイ解析システム、TRBAXは主にスポット型アレイ法(cDNA マイクロアレイ法)により得られたデータをもとに、遺伝子の発現プロフィイルと分子生物学的機能、さらにはDNA 塩基配列とを効率的に対応づけることを可能としたデータ解析システムです。 さらに、TREBAXはデータのフォーマットを合わせれば、スポット型アレイ法(cDNA マイクロアレイ法)以外のデータにも適用可能です。 （http://kanaya.naist.jp/Web/software/trebax/manual/Jmanual.pdf より引用）
成果物のタイプ Tool
運用機関 奈良先端科学技術大学院大学
機関所在国 日本
サイトURL http://kanaya.naist.jp/Web/software/trebax/trebax2.html
インターフェイス GUI
入力例 単一のマイクロアレイ解析法： （１）データの前処理 Partial Av.Scaing ボタンをダブルクリックすることにより、cDNA マイクロアレイにおける二つの実験間の偏り誤差を軽減するための前処理を行う。 （２）マスターデータとの統合化 InfMerge via. MasterFile ボタンでスポットID と遺伝子名を対応づける。 Plotter ボタンをダブルクリックすることにより遺伝子名に対して補正対数比と平均対数強度に対する二次元プロットを得る。 （３）機能分類解析 Statistics for all ArrayDataボタンで、ユーザの設定した範囲の発現変化が得られた遺伝子を出力する。また、機能カテゴリーごとの遺伝子の分布を出力する。
キーワード マイクロアレイ解析
ダウンロードデータ総量（Mbyte） | データ一括取得方法 8.6 | http://kanaya.naist.jp/Web/software/trebax/trebax2.html　からダウンロード
使っている外部リソース なし
主な対象データ 遺伝子発現 マイクロアレイデータ
生物種 全生物種
利用条件 調査中
データ更新頻度 (過去2年間) 2年以上なし
最終更新日（調査日） 2006 (2010/02/25)
利用できるID N/A
IDを使った成果物の利用方法 調査中
外部リンク N/A
論文等（PubMed ID） 17598888

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プロジェクト名 植物利用エネルギー使用合理化工業原料生産技術開発
分野 グリーンバイオ
目的 植物の物質生産プロセスをシステムとして解析してデータベースを構築し、工業原料などの有用物質を生産させる様々な実用植物の物質生産プロセスを人為的に改変するための技術基盤を構築することを目的としています。 これまでに、モデル植物としてシロイヌナズナとミヤコグサを選定し、DNAマイクロアレイによる遺伝子発現の網羅的解析や遺伝子導入による機能解析を行い、代謝経路の解明とデータベース化を進めています。また、代謝系の一連の遺伝子群を制御する調節因子の探索や、タバコを材料に葉緑体形質転換技術により基幹代謝系改変植物の作出も進めています。 モデル植物での成果を活用して、実用植物（ユーカリ、ゴム、カンゾウ、アマ等）における目的物質の生産経路の解析と遺伝子組換え系の構築などを行って、植物の物質生産機能の工業的利用への応用のための技術を開発します。（NEDOプロジェクト紹介より）
紹介 モデル植物と特定の実用植物を用い、物質生産系を解析し（cDNA取得・解析、物質生産経路・機能解析、物質生産系における調節遺伝子等の機能解析）、作成した統合データベースを活用して、目的とする工業原料を、適切な部位・時期に、適切な量を効率的に生産させる技術基盤を構築する。（中間評価報告書より）
キーワード 実用植物 | 統合データベース | 生産プロセス | 網羅的解析
特許（日本、海外） 調査中
成果物 (データベース、解析ツール) ATTED II | CoP | DAGViz | DPClus | Dr DMASS | Dr DMASS+ | KAGIANA | KATANA | KNApSAcK | KNApSAck Family | KOMICS | KaPPA-View | MassBase | RnR