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化学物質統合検索システム
キーワード:
CHRIP
説明:

CHRIP(クリップ)は、経済産業省産業技術環境局の知的基盤整備事業のうち、「化学物質安全管理」の一環として構築しているデータベースです。 化学物質の番号や名称等から、有害性情報、法規制情報及び国際機関によるリスク評価情報等を検索することができるシステムです。また、各法規制対象物質や各機関の評価物質等を一覧表示することができます。 2009/10/01付けでPRTR制度対象物質データベース、既存化学物質安全性データと統合されました。

 
統合がんゲノムデータベース
キーワード:
調査中
説明:

"抗がん剤の治療感受性や副作用を規定する遺伝子を同定することをめざして、乳がん患者のサンプルを用いて候補遺伝子上の一塩基多型(SNP)約3,000か所の遺伝子型をInvader法でタイピングし、その遺伝子型頻度と薬剤応答性や副作用の情報を統合したデータベースです。候補遺伝子としては、薬物動態・DNA損傷修復・アポトーシス・細胞周期制御・血管新生・炎症に関連する遺伝子を計512個選定しています。本データベースではSNPの遺伝子型頻度 の情報を提供しており、ダウンロードも可能です。"

 
G-compass
キーワード:
ゲノムアラインメント | アノテーション
説明:

G-compassは比較ゲノム解析研究のためのツールとして開発され、進化的に保存されたゲノム領域とオルソログ遺伝子のデータを提供しています。解析対象はヒト+12生物種です(チンパンジー、マカクザル、マウス、ラット、イヌ、ウマ、ウシ、オポッサム、ニワトリ、ゼブラフィッシュ、メダカ、ミドリフグ)。ゲノムの極保存領域(UCE)とコピー数多型領域(CNV)の情報を提供するとともに、ウィンドウ解析やドットプロットを表示するツールを備えています。

 
GlycoPatDB
キーワード:
調査中
説明:

調査中

 
FLJ Human cDNA Database
キーワード:
人 | 完全長cDNA | クローン | transcription start site
説明:

"FLJヒト完全長cDNAデータベースはTSSの多様化やスプラシシングにより引き起こされるmRNAの多様性に焦点を当てたヒトcDNA配列解析データベースとして構築されました。ヒト遺伝子数は20,000-25,000と推定されていました。しかし、ヒトmRNAの多型は100,000程度と予測されています。この多様性はTSSとスプライシングの多様化により引き起こされていると考えれらています。先行のヒトcDNAプロジェクトでは、約30,000のヒト完全長cDNA配列がDDBJ/GenBank/EMBLに登録され、更にオリゴキャップ法で構築されたヒト組織や細胞の約100種にもわたるcDNAライブラリー由来のFLJ完全長cDNAの1400000件 5’末端ESTを取得した。(出典:オリジナルサイトより)"

 
微細藻類遺伝子工学データベース
キーワード:
遺伝子工学 | 微細藻類 | Euglena gracilis (ミドリムシ)
説明:

"微細藻類の遺伝子組み換えに役に立つ情報が集められているデータベース。それらの情報とは以下の6種類に分類されます。1. ホストーベクター系 (ベクターの構造, プロモーター, 研究機関、文献)2. 遺伝子導入法 (生物種, 方法, 文献)3. 有用物質の生産 (プロダクト, ホスト, 導入遺伝子, 文献)4. インヒビター耐性変異株 (生物種, インヒビター, 変異遺伝子, 文献)5. 合成トランスポゾン系6. 選択マーカー(オリジナルサイトより)"

 
H-DBAS
キーワード:
選択的スプライシング | 比較ゲノム | RNA-Seq
説明:

H-DBASはヒトの選択的スプライシングのデータベースです。H-InvDBのデータを基に、ゲノムワイドで検出されたヒト選択的スプライシングの様々なアノテーション情報を提供しています。選択的スプライシングバリアントは全長性が保証され、冗長性のないユニークなもの(代表選択的スプライシングバリアント;RASV)が選ばれています。Flashでインタラクティブに操作できるビューアーを実装し、選択的スプライシングのパターンとタンパク機能の関係、ヒトとマウス・ラット・チンパンジー・アカゲザル・イヌの各モデル生物との比較ゲノム解析による選択的スプライシングバリアントの種間保存などを視覚的に表示します。

 
OpenPML
キーワード:
genome variation | phenotype diversity | PaGE-OM
説明:

今日の生物科学分野では、遺伝子多様性と表現多型の相関性に関する研究はキーになるテーマです。多くの協力者および研究者の間で共有される必要がある膨大な量のデータを生成する大規模な数の研究を牽引しています。この様なデータを格納し効率的に利用する為に、それは生物医学研究者が互換性を担保し同様の方法でデータを記述する事は最も重要です。JBiCはPaGE-OM(Phenotype and Genotype-Object Model)を開発し、既存のさまざまな表現型や遺伝子をデータベースに適用することによってPaGE-OMを検証し、どのようにして更にデータベースをPaGE-OMで表現できるかをデモしています(出典:オリジナルサイトより)。オリジナルサイト(http://www.openpml.org/)は運用停止しており、NBDCでアーカイブサイトを公開中 ( http://dbarchive.biosciencedbc.jp/archive/openpml/ )。

 
AIST人体寸法データベース 1997-98
キーワード:
説明:

AIST人体寸法・形状データベースの一つで、日本人の人体寸法や、質量、重心位置などのデータとして、独自に行った青年男女約200名、高齢者男女100名の体型計測のデータを公開するデータベースです。
生命工学工業技術研究所(現: 産業技術総合研究所デジタルヒューマン工学研究センター)と、製品評価技術センター(現: 独立行政法人製品評価技術基盤機構筑波技術センター)が、くらしとJISセンターにおいて行った、福祉機器の安全試験のための人体テストダミー開発を目的として計測されたデータです。
データ使用許諾条件に同意し、個人情報及びアンケートを入力する事で、データをダウンロードすることができます。

 
LfDB
キーワード:
"自動化フロンタルアフィニティークロマトグラフィーシステム | レクチン | ピリジルアミノ化糖鎖 | Aspergillus oryzae (麹菌) | Bothrops jararaca (毒ヘビ) | Clostridium botulinum (食中毒菌) | ... More
  • Aspergillus oryzae (麹菌)
  • Bothrops jararaca (毒ヘビ)
  • Clostridium botulinum (食中毒菌)
  • Datura stramonium (薬用植物)
  • Human herpesvirus 4 (エプスタイン・バーウイルス)
  • Streptomyces lividans (放線菌)
"
説明:

レクチンフロンティアデータベース(LfDB)は、蛍光検出を用いた自動化フロンタルアフィニティークロマトグラフィーシステム(FAC-FD、Fig. 1)を用いて取得した各種レクチンとピリジルアミノ化糖鎖間の結合定数を含む定量的相互作用データを格納しています。本方法で取得した相互作用データの精度、信頼性は非常に高いことから、LfDBは今後、広く生物学研究において貴重な情報源になると考えられます。(オリジナルサイトから)

 
TMBETA-DISC
キーワード:
SVM | amino acid composition | residue pair composition | motif composition | PSSM
説明:

アミノ酸配列からベータバレル構造タンパクを識別する統計的かつSVM法をベースとした手法を開発しました。アミノ酸構成であるresidue pair preferenceとモチーフがこのプログラムの主な特徴です。TMBETADISC-COMP、TMBETADISC-DIPEPTIDE、TMBETADISC-MOTIF、TMBETADISC-SVM、TMBETADISC-RBFの5種のプログラムがあります。(オリジナルサイトから翻訳)

 
脳画像データベース
キーワード:
調査中
説明:

ニホンザルの脳のMRI(磁気共鳴映像法)連続画像と、高次機能を調べるうえで重要な脳皮質全体を含む組織標本の連続切片画像のデータベース。実験上また文献を読むときなどの資料として有効かつ簡便に活用しやすいように、画像がデジタル化され、マウスの操作のみで簡便に参照できるデータベースである。(オリジナルサイトより)

 
H-EPD
キーワード:
MS/MS | タンパク質|検索
説明:

H-Inv Extended Protein Database (H-EPD)は、MS/MS解析用サーチエンジンに利用可能なヒトの予測タンパク質配列を提供しています。H-InvDB独自の転写産物より予測されたH-Invタンパク質と、UniProtKB/Swiss-Prot・RefSeqの精査されたタンパク質の配列データを含み、プロテオーム解析における新規タンパク質の同定にご利用できます。

 
TMFunction
キーワード:
"functional residues | UniProt ID | PDB code | PMID | Clostridium botulinum (食中毒菌) | Escherichia coli O157 (高病原性大腸菌) | Helicobacter pylori (潰瘍原因菌) | ... More
  • Clostridium botulinum (食中毒菌)
  • Escherichia coli O157 (高病原性大腸菌)
  • Helicobacter pylori (潰瘍原因菌)
  • Human herpesvirus 8 (カポジ肉腫関連ヘルペスウイルス)
  • Leishmania donovani (内臓リーシュマニア症カラアザール病原虫)
  • Rhodobacter sphaeroides (光合成細菌)
  • Saccharomyces cerevisiae (清酒酵母)
  • Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
  • Vibrio parahaemolyticus (食中毒菌)
"
説明:

TMFunctionはアルファへリックスやベータバレル膜タンパクの機能に重要な残基についてのデータベースです。2907件のデータ、108件の論文、83件のタンパク、29種の機能が格納されています(オリジナルサイトから翻訳)。

 
機能性RNAゲノムブラウザー
キーワード:
Aspergillus oryzae (麹菌) | Saccharomyces cerevisiae (清酒酵母)
説明:

機能性RNAゲノムブラウザーは、UCSC Genome Browserに機能性RNAに関連したトラックの追加および機能拡張を施したものです。様々な既知ncRNAのゲノムへのマッピング情報がトラック情報として閲覧可能です。機能性RNAの予測や新規機能性RNAのアノテーションに役立つと思われるトラックも追加されています。

 
MassBase
キーワード:
MST | SMS | 植物 | 大量データ | Medicago truncatula (牧草) | Saccharomyces cerevisiae (清酒酵母)
説明:

メタボロミクスの概念は、この数年間で、システムバイオロジーの新たなオミックス層として出現している。しかし、バイオインフォマティクス研究のために公に利用できる大量のデータはまだ観測されていません。MassBaseは大量のmass spectrum tags(MST)のアーカイブであり、そこには主に植物から得た生物学的なサンプルとピークアノテーションのための標準化学試薬で現れた既知・未知両方のピークが含まれている。データベースの目的はメタボロミクスの巨大なデータセットを使用するバイオインフォマティクス研究を強化することです。GC-MSを用いた7600MST、LC-MSを用いた7100MSTおよびCE-MSを用いた28800MST由来の39100000を超えるピークは、バイナリ形式の生データファイルと共にテキスト形式ファイルとしてアーカイブされている。バイナリ形式の生データスキャンに含まれるテキスト形式のmassシグナルリスト(Scanned mass spectra(SMS))もアーカイブしている。計算機によるピーク判断の検証や品質改善の研究に寄与するでしょう。全てのデータはこのサイトから無料でダウンロードできます。データセットを拡張するためにCE-MSといった別タイプのmassを近い将来計画している。MassBaseはNEDOプロジェクトのサポートにより、かずさDNA研究所で開発しました。(オリジナルサイトから)

 
KNApSAcK
キーワード:
植物 | 二次代謝産物 | マススペクトル
説明:

植物において約10万種以上が同定されているといわれている二次代謝産物の構造は多様性に富んでおり、科や属といった特定の生物分類において存在が確認されていることからも、代謝産物の多様性は生物の進化が反映されたものと考えられています。このことから、代謝産物とそれが同定された生物に関するデータは、生物、化学進化や代謝経路の推定、有用物質を合成する生物の探索等の研究に有用な情報を与えると考えられます。そこで、生物種と代謝産物の関係を体系化することを目的に、二次代謝産物データベースシステム KNApSAcKを開発し、無償で公開しています。 KNApSAcKは分子式、分子量、生物種名や実験によって得られたマススペクトル解析結果からの化合物検索や、生物系統からの情報検索等がおこなえます。(出典:オリジナルサイトより)

 
単語の正聴率
キーワード:
説明:

高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、日本人が、日本語の親密度の高い(よく使うなじみのある)単語を聞いたときに正確に聞き取れる割合を、グラフ化して表示するデータベースです。
グラフは、騒音と音声の音圧レベル差をパラメータとして表示されます。

 
音の大きさの等感曲線
キーワード:
説明:

高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、音の大きさの等感曲線(等ラウドネスレベル曲線)を、若齢者及び高齢者についてグラフ化して表示するデータベースです。
使用する際、最初に使用目的を聞かれますので、選択肢から該当するものを選んでください。

 
DOGAN
キーワード:
"Acetobacter pasteurianus IFO 3283-32 (酢酸菌) | Acidiphilium multivorum AIU301 (好酸性、金属耐性) | Aeropyrum pernix K1 (好熱古細菌) | ... More
  • Acetobacter pasteurianus IFO 3283-32 (酢酸菌)
  • Acidiphilium multivorum AIU301 (好酸性、金属耐性)
  • Aeropyrum pernix K1 (好熱古細菌)
  • Anaerolinea thermophila UNI-1 (高温排水処理リアクター)
  • Aspergillus oryzae RIB40 (麹菌)
  • Brevibacillus brevis NBRC 100599 (タンパク質生産宿主)
  • Caldisericum exile AZM16c01 (新門カルディセリカ門)
  • Corynebacterium efficiens YS-314 (アミノ酸生産)
  • Deferribacter desulfuricans SSM1 (深海熱水噴出孔)
  • Desulfovibrio magneticus RS-1 (磁性粒子合成菌)
  • Gemmatimonas aurantiaca T-27 (新門ジェマティモナデテス門)
  • Kitasatospora setae KM-6054 (抗生物質生産)
  • Kocuria rhizophila DC2201 (有機溶媒耐性)
  • Methanocella paludicola SANAE (メタン生成古細菌)
  • Microlunatus phosphovorus NM-1 (ポリリン酸蓄積菌)
  • Oscillibacter valericigenes Sjm18-20 (シジミ消化管)
  • Pyrococcus horikoshii OT3 (好熱古細菌)
  • Rhodococcus erythropolis PR4 (有機溶媒耐性)
  • Rhodococcus opacus B4 (有機溶媒耐性)
  • Saccharomyces cerevisiae Kyokai no. 7 (清酒酵母)
  • Sphingobium japonicum UT26S (ヘキサクロロシクロヘキサン分解)
  • Sphingobium sp. SYK-6 (リグニン分解)
  • Staphylococcus aureus subsp. aureus MW2 (黄色ブドウ球菌(メチシリン耐性))
  • Staphylococcus aureus subsp. aureus N315 (黄色ブドウ球菌)
  • Staphylococcus haemolyticus JCSC1435 (ブドウ球菌(日和見感染菌))
  • Streptomyces avermitilis MA-4680 (抗生物質生産)
  • Sulfolobus tokodaii strain 7 (好熱古細菌)
  • Tetragenococcus halophilus NBRC 12172 (耐塩性乳酸菌)
"
説明:

DOGANは微生物の塩基配列データやORFなどの遺伝子情報、遺伝子地図、モチーフ情報、推定した遺伝子の根拠となる論文などの情報、プロテオーム解析結果を手に入れることができます。これらの情報は、アノテーターに確認されたものを公開しており、時間の経過に即して再アノテーションも行っています。また、Blastを用いた相同性検索サービスや、DNAクローンの発注サービスも行っています。

 
ASTRA
キーワード:
選択的 | スプライシング | 転写開始パターン
説明:

ASTRAは、ヒト、マウス、ハエ、線虫、シロイヌナズナ、イネに関する選択的スプライシング・選択的転写開始を自動検出し、パターンに従って分類したデータベースです。(オリジナルサイトから)

 
PoSSuM
キーワード:
タンパク質 基質結合部位
説明:

タンパク質の類似リガンド結合部位データベース

 
DIAM
キーワード:
組換え微生物 | 産業使用促進 | バイオセイフティ
説明:

遺伝子組換え技術を利用する事業者の利便性向上と安全・安心に対する社会的要請に応える方策の一助として、本システム(微生物産業利用支援データベース、DataBiosafety for Industrial Applications of Microbes)(略称:DIAM)を構築した。本システムは、産業界におけるバイオセイフティ情報源としての有用性を高めることを目的として、それぞれ独自に開発された二つのデータベース(「組換え微生物等の産業使用促進情報システム」(略称:JBAM)、及び「バイオセイフティデータベース」)を統合したものである。(出典:オリジナルサイトより)(旧URL:http://diam-jba.jp/diam/index.jsp)

 
VarySysDB
キーワード:
調査中
説明:

VarySysDBは、ゲノム統合プロジェクトによって、H-Inv転写産物に関連付けられる形で注釈付けられたヒト多型情報を、公開する目的で作成されたデータベースです。つまり、転写領域やスプライス・サイト上の一塩基多型、挿入欠失多型、STR多型、単一アミノ酸多型、構造多型、連鎖不平衡領域について、それぞれH-InvDBの転写産物と機能ドメインに関連づけて、情報整備して公開しています。VarySysDBでは、個々の多型情報ごと及び転写産物ごとに整備された情報を、検索し表示ができる他、キーワードによる検索も可能になりました。検索した情報はダウンロードもできます。

 
TOT-DB
キーワード:
タイレリア・オリエンタリス | 寄生性原虫
説明:

TOT-DB (The Theileria orientalis Genome Annotation Database)は、寄生性原虫タイレリア・オリエンタリスの遺伝子と転写産物を対象にしたデータベースです。G-integraプラットフォームのゲノムブラウザによって、発現データおよび遺伝子予測ソフトウェアからアノテーションされた遺伝子領域が表示されます。ゲノムブラウザ上で閲覧するだけではなく、BLASTによる相同検索やデータの一括ダウンロードも行えます。

 
ラットの脳断面図
キーワード:
調査中
説明:

ラットの脳断面の画像データを7枚見ることができるデータベース。画像は超精細画像であり、拡大表示するとニューロンが見える。産業技術総合研究所、(株)映像美術院、(株)PFUの協力により作成された。(オリジナルサイトから)

 
RnR
キーワード:
制御ネットワーク | T87 | DNAマイクロアレイ | GC-MS | UPLS-MS | シロイヌナズナ
説明:

RnRはT87培養細胞における遺伝子転写や蓄積する代謝産物の予測データベースです。このデータベースは214のDNAマイクロアレイと222のGC-MS、202のUPLC-MSアッセイをベースにしています。(オリジナルサイトから)

 
ProSeg
キーワード:
タンパク質 | 部分構造
説明:

PrpSegは、タンパク質分子の部分構造を網羅的に分類、整理したデータベースです。7万以上のセグメントが主鎖の構造類似性にしたがって数千個程度のクラスタに分類されています。[出典]産総研プレスリリース(2008.4.5)http://unit.aist.go.jp/brf/brf-breed/ci/outputs/

 
MFSearcher
キーワード:
KEGG | KNApSAcK | LIPID MAPS | Flavonoid Viewer | PubChem | 化合物|精密質量
説明:

精密質量値から予測される組成式を高速に推定することができるWeb serviceです。 既存の化合物データベースに対する質量値からの検索も高速に行えます(出典:オリジナルサイトより)。

 
糸状菌ゲノム・転写制御データベース
キーワード:
調査中
説明:

糸状菌の一種である麹菌(Aspergillus oryzae)は、日本では伝統的に酒・味噌・醤油な ど、 発酵・醸造工業に広く用いられています。また、最近ではバイオテクノロジーによるタンパク質や酵素などの分泌生産にも用いられるようになりました。このデータベースは、この麹菌について、塩基配列および発現制御などの役に立つ情報を集めるために企画したものです。EST データベース、転写制御データベース、 コスミドシークエンスの3種類のデータで校正されています。EST データベースでは、富栄養培地および貧栄養培地で培養した麹菌菌体よりRNAを調製し、プラスミドによるクローンを無作為に シングルパスのシークエンスを行なった結果に対して、FastAによる相同性検索ができます。

 
ARCHAIC
キーワード:
古細菌 | DNA | 配列 | Archaeoglobus fulgidus (超好熱性硫黄還元古細菌)
説明:

"古細菌ゲノムDNAの配列とその遺伝子情報を提供するデータベースです。古細菌ゲノムのDNA配列(独自に決定したものを含む)を独自に開発した生物情報学的方法によって解析することにより、ゲノム全体の構成を解明するとともにゲノム構成の比較を行う目的で構築されました。下記3種の情報を格納しています(Pyrococcus sp. OT3, Thermoplasma volcanium GSS1, Archaeoglobus fulgidus)。"

 
DAGViz
キーワード:
"オントロジー | 非循環有向グラフ | Agrobacterium tumefaciens str. C58 (根頭がん腫病病原菌) | Anaplasma phagocytophilum HZ (ヒト顆粒球アナプラズマ症病原体) | Campylobacter jejuni RM1221 (腸炎原因菌) | ... More
  • Agrobacterium tumefaciens str. C58 (根頭がん腫病病原菌)
  • Anaplasma phagocytophilum HZ (ヒト顆粒球アナプラズマ症病原体)
  • Campylobacter jejuni RM1221 (腸炎原因菌)
  • Candida albicans (カンジダ症原因菌)
  • Clostridium perfringens ATCC 13124 (嫌気性食中毒菌)
  • Ehrlichia chaffeensis Arkansas (ヒト単球エーリキア症病原体)
  • Methylococcus capsulatus Bath (メタン資化性菌)
  • Neorickettsia sennetsu Miyayama (腺熱リケッチア症原因菌)
  • Pseudomonas syringae DC3000 (植物病原菌)
  • Pseudomonas syringae pv. phaseolicola 1448A (植物病原菌)
  • Saccharomyces cerevisiae (清酒酵母)
  • Shewanella oneidensis MR-1 (金属無毒化細菌)
  • Trypanosoma brucei (熱帯アフリカ寄生原虫)
"
説明:

DAGVizはイロイヌナズナ遺伝子をはじめとする43の生物種のオントロジーを検索・閲覧できるデータベースです。GO termや遺伝子産物の名前からGOの検索ができます。 検索画面では、PubMedや遺伝子産物のハイパーリンクで詳細情報を得ることができます。GO termをDAG(各GO termからBiological Processなどのトップ・タームまでのGO termのパス)を表示することが可能です。各GO termを色別に表したカラーチャートで表示することができます。複数のカラーチャートを並べることで、対照実験などで観察されるGO termを容易に比較することができます。(オリジナルサイトから)

 
人体特性文献データベース
キーワード:
説明:

AIST人体寸法・形状データベースの一つで、人体機械的特性に関する既出文献等をとりまとめ、見やすいかたちに整理されたデータベースです。
第1弾として、人体寸法特性、関節特性、慣性特性について整理されたデータベースが公開されています。

 
SAHG
キーワード:
"調査中 More構造|ヒト|タンパク質|予測|blast|psi-blast|PPSW|P3A|FORTE|MODELLER"
説明:

ヒトゲノム予測構造・機能アノテーションの包括的なデータベースです。タンパク質をコードする全ORFが構造予測の対象です。このデータベースの開発ではJST(独立行政法人 科学技術振興機構)のサポートを受けています(出典:オリジナルサイト)。

 
JSNP DATABASE
キーワード:
SNPs
説明:

日本人一般集団786人を対象に遺伝子型の決定を行い、アレル(対立遺伝子)頻度のデータを第9回公開から提供しています。NEDOプロジェクトの成果(データ)が一部含まれています。

 
視標検出視野(視野範囲)
キーワード:
説明:

高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、背景と指標の輝度対比の影響・指標の色の影響・指標の大きさの影響・環境の明るさの影響を考慮した視野範囲wo表示する事が出来るデータベースです。

 
GlycoPOD
キーワード:
糖鎖科学実験|オンライン|マニュアル|立命館大学
説明:

GlycoPODは、糖鎖科学実験マニュアルデータベースです。概要や手順、参考文献以外にもQ&Aや評価情報も提供しています。

 
DB-SPIRE
キーワード:
タンパク質
説明:

実験的または配列解析(ホモロジーサーチとマルチプルアライメント)によって同定されたアミノ酸配列モチーフのタンパク質立体構造における位置を登録したものです。アミノ酸配列モチーフデータベースとして、PROSITEとBLOCKSの2種類を用いました。前者は実験的のみ、後者は実験的および配列解析によるモチーフを登録したデータベースです。タンパク質立体構造データベースとしてはPDBを用い、各エントリーにおけるSEQRES行とATOM 行の両方の配列情報から、それぞれモチーフ位置を決めています。

 
ARTRA
キーワード:
シロイヌナズナ|DNAマイクロアレイ|RNAi ノックダウントリガー|アフィメトリクス
説明:

タカラバイオ株式会社との共同で作製した、シロイヌナズナのマイクロアレイ情報を提供しているデータベースです。DNAマイクロアレイやRNAi設計に利用できる転写産物や遺伝子特異的な配列を格納しています。

 
CellMontage
キーワード:
microarray | GEO | ArrayExpress | cell type
説明:

CellMontageは、マイクロアレイデータ検索・解析システムです。異なるプラットフォーム間の遺伝子発現プロファイルを高速で比較解析できるソフトウエアです。クエリーとなる遺伝子発現プロファイルに似た、細胞もしくは組織の遺伝子発現を検索できます。発現情報に基づき遺伝子を順位付けし比較することで相同性検索を行います。

 
ミヤコグサEST・完全長配列
キーワード:
Gifu培養細胞 | プロトプラスト化処理 | MeJA処理 | SA処理 | 酵母エキス処理
説明:

マメ科のモデル植物であるミヤコグサ(Lotus. japonicus)の、98838のEST配列と3488の完全長cDNA配列を蓄積したデータベース。DDBJから公開済みのデータおよび非公開データをともにダウンロードすることができる。尚、完全長cDNA配列は現在公開準備中である。

 
GlycoProtDB
キーワード:
糖タンパク質|糖鎖修飾部位
説明:

GlycoProtDBは、線虫 (Strain N2)およびマウス(C52BL/6J系のオス)の組織を材料として、実験的に同定されたN結合型糖タンパク質の情報を皆様に提供するためのデータベースである。これらのデータは、東京都立大学(現首都大学東京)大学院理工学研究科の生物化学研究室、並びに独立行政法人産業技術総合研究所の糖鎖工学研究センター(現糖鎖医工学研究センター)との共同研究により得られた成果である。

 
機能性RNA配列データベース
キーワード:
調査中
説明:

fRNAdbは、既存のRNAデータベースから収集した既知及び予測RNAの配列情報と、機能性RNAプロジェクトで採取したものや予測したRNA配列情報を提供しています。各配列には文献情報やゲノム上の位置、類似配列の情報などが関連付けられています。強力なキーワード検索と相同性検索機能を提供しています。

 
MiFuP
キーワード:
調査中
説明:

MiFuPはゲノム配列情報から微生物の機能を推定するデータベースです。ゲノム配列が読まれている微生物について、その推定機能を収録しており、キーワード検索により、目的の機能を持つと推定される微生物を手軽に検索できます。機能検索では、微生物のゲノム配列、若しくはCDS配列を入力すると、その機能を推定できます。搭載しているMiFuP wikiでは、微生物が発揮する機能情報について、文献等から得られる情報(機能を発揮するメカニズム、実用化例等)を日本語でまとめ、記事ページを作成しています。

 
アカシアESTデータベース
キーワード:
アカシア| EST | データベース
説明:

実用植物であるアカシア(Acacia mangium)のESTを6253個、配列決定し、そのデータを蓄積したデータベース。配列相同性による検索ができる。

 
MEDALS
キーワード:
メタデータ | 経済産業省 | ライフサイエンス | ポータルサイト
説明:

このサイトです。経済産業省関連機関により実施されたライフサイエンス分野の研究開発プロジェクトの成果であるデータベースやツ−ルに関する情報提供サイトです。

 
HGPD
キーワード:
FLJ cDNAs | Gateway Entry Clones | Protein Analysis Data | Subcellular Localizaiton
説明:

HGPDはヒトゲートウェイクローンやタンパク発現データ、細胞内局在を格納し、これらクローンを検索できるユニークなデータベースです。NEDOの完全長cDNAプロジェクトで、30000件のヒトcDNAクローン配列を解析しました。(論文からhttp://nar.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/gkn872?ijkey=zKpNqhZH6jrUuzi&keytype=ref)

 
GGDB
キーワード:
調査中
説明:

糖鎖遺伝子は、糖転移酵素、糖ヌクレオチド合成酵素、糖ヌクレオチドトランスポーター、硫酸基転移酵素などのように、グリカン合成に関連している遺伝子を含んでいます。現在、180以上のヒト糖鎖遺伝子が同定されて、クローン作成され、特徴付けされています。 「糖鎖遺伝子ライブラリ作成プロジェクト」(2001年4月-2004年3月)において、基質特異性情報が格納された最初のデータベースである、糖鎖遺伝子データベース(GGDB)と同様に、私たちは糖鎖遺伝子に関するデータを収集し、編集しました。GGDBは、糖鎖遺伝子解析のために必要な情報を提供します。

 
低周波音に対する閾値
キーワード:
説明:

高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、低周波音に対する聴覚閾値を、若齢者・高齢者別にグラフ化して表示するデータベースです。

 
可読文字サイズ
キーワード:
説明:

高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、各種条件から可読文字サイズを推定する事が出来るデータベースです。
白背景・黒文字の条件下で、年齢、視距離、輝度、文字種に応じて一文字を読むための最小可読文字サイズを推測することができます。

 
AIST/HQL人体寸法・形状データベース2003
キーワード:
説明:

AIST人体寸法・形状データベースの一つで、産業技術総合研究所デジタルヒューマン研究センターにて実施した人体寸法・形状計測の結果得られた、97名分のデータを公開するデータベースです。
3次元人体形状データの利用促進の調査を目的として、データを無償で公開しています。

 
TraP
キーワード:
代謝経路 | Aeropyrum pernix (好熱古細菌) | Archaeoglobus fulgidus (超好熱性硫黄還元古細菌) | Pyrococcus abyssi (超好熱性古細菌)
説明:

7種の古細菌の解糖系などの代謝経路を比較したデータベースです。

 
年齢別聴覚閾値分布(ISO 7029準拠)
キーワード:
説明:

高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、年齢別聴覚閾値を公開しているデータベースです。
ISO/CD 7029に記載された聴覚閾値の分布値を、年齢別・男女別にグラフ化して表示します。
日本人だけのデータを検索する場合は、年齢別聴覚閾値分布(日本人データ)を参照してください。

 
コントラスト感度
キーワード:
説明:

高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、片眼での明所視・薄明視及び提示時間の条件毎にコントラスト感度を表示する事が出来るデータベースです。

 
GENIUS II
キーワード:
配列アラインメント|Multiple Intermediate Sequence Search (MISS)|PDB|PSI-BLAST
説明:

多重媒介配列検索法(MISS法)を用いて各生物種ゲノムの全ORFを構造既知のタンパク質の立体構造に帰属したデータベースシステムです。

 
GlycoExplorer
キーワード:
糖鎖科学|共起|手法|グルカン|機能|疾患
説明:

糖鎖科学に関する統合検索システムです。検索キーワードに関する共起するキーワードと、書誌情報を提供しています。

 
基本色領域に基づく色の組合わせ
キーワード:
説明:

高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、年代・環境の明るさ・調べたい色の各条件を入力して、基本色領域に基づく色の組み合わせを出力するデータベースです。

 
TMBETA-GENOME
キーワード:
Annotation of Beta-Barrel Membrane Proteins | Machine learning
説明:

"TMBETA-GENOMEはゲノム配列が完了している生物種のゲノム中に含まれるβ?バレル型膜タンパク質のデータベースです。各ゲノム配列に対して、機械学習と統計手法を用いた計算が実行され、それらのアノテーション結果がデータベースに格納されています。その他、アミノ酸配列を入力してβ-バレル型膜タンパク質の判別解析を行う""TMBETA-DISC""や""TMBETA-SVM""などのツールも提供されています。"

 
ToxBay
キーワード:
ベイジアンネット | 反復投与毒性推定
説明:

毒性知識情報データベースと代謝知識情報データベースのデータを利用し、ベイジアンネットによる反復投与毒性の推定を行うシステムです。

 
SEVENS
キーワード:
GPCR (G-protein coupled receptor) | Odorant/olfactory and gustatory receptors | Chemokines and chemotactic factors receptors | taste receptors | metabotropic glutamate and calcium receptors | Insect chemosensory receptors | Opsins | Nematode chemoreceptors | Serpentine receptor-like proteins | Sre proteins | Plant MLO receptors | slime mold receptors | Archaeal/bacterial/fungal opsin family | fungal receptors | BLAST | SOSUI | ALN | HMMER | Anopheles gambiae (マラリア媒介蚊) | Saccharomyces cerevisiae (清酒酵母)
説明:

GPCR遺伝子の網羅的データベースです。7本膜貫通ヘリックス型タンパク質のGPCR遺伝子を網羅的に収めたデータベースです。32の真核生物のゲノムからバイオインフォマティクス手法で、遺伝子を高精度に同定しています。

 
正常臓器 遺伝子発現データベース
キーワード:
ヒト正常組織 | 正常細胞 | 癌細胞株 | 遺伝子発現
説明:

RefExAはヒト正常組織、正常細胞、癌細胞株の網羅的な遺伝子発現データベースです。

 
日本人頭部寸法データベース2001
キーワード:
説明:

AIST人体寸法・形状データベースの一つで、2001年11?12月に計測された日本人青年男女約120名と、2002年1月?3月に計測された60歳以上の日本人約200名の頭部寸法を公開するデータベースです。
日本人の頭部に適合する工業製品の設計に利用するためのデータ取得を目的として、データを無償で公開しています。
データ使用許諾条件に同意し、個人情報及びアンケートを入力する事で、データをダウンロードすることができます。

 
音声アナウンスの聴取音量
キーワード:
説明:

高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、騒音下で聴取する際に「聞きやすい」大きさに感じられる音声アナウンスの音圧レベルを、若齢者・高齢者別にグラフ化して表示するデータベースです。

 
Evola
キーワード:
オルソログ | パラログ | 比較ゲノム | 脊椎動物
説明:

Evola (Evolutionary annotation database)はH-InvDBのサブデータベースの1つとして、ヒト遺伝子の分子進化アノテーション情報を格納しています。ヒトと14のモデル生物とのオーソログについて、アラインメントや系統樹、正負の自然選択情報を提供しています。オーソログ解析対象の生物はヒト、チンパンジー、オランウータン、マカクザル、マウス、ラット、イヌ、ウマ、ウシ、オポッサム、ニワトリ、ゼブラフィッシュ、メダカ、ミドリフグ、トラフグです。

 
ARMLiPDB
キーワード:
遺伝子 | タンパク質 | 発現 | マウス | 肝臓 | 加齢
説明:

"ARMLiPDBは、マウス肝蛋白質の年齢軸発現データベースです。年齢軸に沿った網羅的肝蛋白質発現解析を、核と細胞質、それぞれの分画蛋白質の網羅的解析を二次元電気泳動と質量計等を駆使するプロテオミックス最先端解析方法で行い、結果を網羅的年齢軸変動データベースとして公開しています(現在は運用していないようです)。[出典]・重点研究支援業務成果報告書(平成14年度〜平成19年度)http://www.jst.go.jp/koryu/csspr/h14/h14-06.pdf・JITA ニュースレター(January, 2008. No.16)http://www.jita.or.jp/news/dl/index16.pdf"

 
CELLPEDIA
キーワード:
オントロジー
説明:

CELLPEDIAは細胞に関する異なる情報を網羅的に収集したヒト細胞データベースです。各データは、オントロジーを用いた細胞の体系的な分類や形態値情報と共に関連する遺伝子発現や細胞分化・転換などを含む論文情報を付加して細胞研究に必要な情報を一度に参照することができるようになっています(出典:オリジナルサイトより)。

 
手の寸法データベース
キーワード:
説明:

AIST人体寸法・形状データベースの一つで、2004年?2011年に日本人男女530名について計測された、72項目の手の寸法の男女別統計量を公開するデータベースです。
計測項目毎に、データをダウンロードする事が出来ます。

 
PCDq
キーワード:
蛋白質複合体 | 蛋白質間相互作用 | 品質管理指数
説明:

PCDqは、予測複合体を含めたヒト蛋白質複合体のデータベースです。BIND、DIP、MINT、HPRD、IntActおよびGNP_Y2Hの6つの蛋白質間相互作用(PPI)データを整理統合し、PPIネットワークの密な領域から蛋白質複合体が予測され、それらを文献と比較し修正することで、既知の複合体情報と予測された複合体情報の両方を格納しています。既知と予測のサブユニットを区別・活用するため、品質管理指数(complex quality index: CQI)を、各複合体に付与しています。また、複雑なネットワークを簡素に示す図を表示・編集できる機能PPI-Mapがあります。

 
DNA ProbeLocator
キーワード:
H-InvDB | プローブ | Affymetrix社 | Agilent社 | I.M.A.G.E | DNAチップ研究所
説明:

アフィメトリクス、アジレント、ならびにDNAチップ研究所から提供された多様なプラットフォームのマイクロアレイプローブ配列すべてを完全長cDNA配列に対してマッピングした結果を格納しています。(オリジナルサイトから翻訳)

 
Arch GeNet
キーワード:
好熱性古細菌 | タンパク質発現
説明:

好熱性古細菌(Thermoplasma volcanium GSS1)の好気的環境下、嫌気的環境下におけるタンパク質発現を2次元ゲル電気泳動で解析した。 また、3種類の環境下における遺伝子発現をマイクロアレイで解析した。

 
NBRCオンラインカタログ検索
キーワード:
微生物資源
説明:

NITEのNBRCが保有する微生物株(約15400株)の検索ができます。検索方法は4つあり、NBRC番号、キーワード、学名や他機関番号、ホモロジー検索です。検索結果では微生物株ごとの学名、来歴、他機関番号、培養条件、応用・論文情報を知ることができます。また、原核生物(16SrDNA)と真核生物(28rDNA)のシーケンス情報を登録しているため、シーケンス情報からリソースの検索と同一性を確認できる。(NBRCポスターより)

 
大腸菌マルチオミクス データベース
キーワード:
マルチオミックス | メタボローム | トランスクリプトーム | プロテオーム | フラクソミクス
説明:

高度に複雑化した自然界の生命科学を理解するには、包括的な知識として細胞内側の分子コンポーネントに関する定量的情報が必要です。日本の鶴岡市にある慶應義塾大学先端生命科学研究所においては、モデル生物の大腸菌のオミックスデータを集約するための共創的で壮大なチャレンジに尽力しています。(出典:オリジナルサイトより)

 
年齢別聴覚閾値分布(日本人データ)
キーワード:
説明:

高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、日本人の年齢別聴覚閾値を公開しているデータベースです。
聴力分布値を年齢別・男女別にグラフ化して表示します。
ISO規格に準拠した国際データについては、年齢別聴覚閾値分布(ISO 7029準拠)を参照してください。

 
年代別輝度コントラスト
キーワード:
説明:

高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、年代別に最適な輝度コントラストをグラフ化して表示する事が出来るデータベースです。

 
AIST人体寸法データベース 1991-92
キーワード:
説明:

AIST人体寸法・形状データベースの一つで、日本人成人男女約500名を対象に、1991-1992年に工業技術院 製品科学研究所が行った計測調査の結果を公開するデータベースです。
設計支援システム構築のための基礎データ取得を目的として、データを無償で公開しています。
データ使用許諾条件に同意し、個人情報及びアンケートを入力する事で、データをダウンロードすることができます。

 
視標検出視野(視標の検出率)
キーワード:
説明:

高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、輝度対比・視標の大きさ・色の影響を考慮した視標検出視野を表示する事が出来るデータベースです。

 
TuMaRdb
キーワード:
がんマーカー | 疾患
説明:

疾患(がん)に対する糖鎖マーカーのデータベースです。マーカーの名前と疾患名で、関連遺伝子情報や文献情報を検索する事ができます。82種のマーカーと438種の事例が格納されています。

 
MS-MS Fragment Viewer
キーワード:
化合物| フラグメントイオン| PDA
説明:

MS-MS Fragment ViewerはLC-FT/ICR-MS解析で得たフラグメントイオンの構造を予測したFT-MS、IT-MS/MS、FT-MS/MSのスペクトルデータを格納したメタボロミクスデータベースです(出典:オリジナルサイトより)。

 
文章の文字間・行間余白設計
キーワード:
説明:

高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、文書における最適な文字間及び行間の余白を計算する事が出来るデータベースです。
利用条件(利用者の年齢・視距離)と文章書式の条件(フォント・文字サイズ)を設定することで、読みやすい最適な書式(文字間隔と行間隔)を推定できます。

 
KATANA
キーワード:
シロイヌナズナ | データベース | アノテーション | 遺伝子オントロジー | 代謝経路
説明:

シロイヌナズナのゲノム情報を様々な公共データベースから取得することができます。多くのデータベース間での変化は、同じ遺伝子を別の注釈を付けることができます。命名規則を鑑み、我々はWebベースのツールKATANA(かずさシロイヌナズナアノテーション抄録; http://www.kazusa.or.jp/katana/)を開発し、ユーザーがシロイヌナズナのゲノム情報に関連する公共のデータベースに1つのサイトからの検索できるように誘導します。(出典:論文より)このツールには、遺伝子とタンパク質、遺伝子ファミリー、遺伝子オントロジー(GO)ターム、Massively Parallel Signature Sequencing法(MPSS)の実験から得られた代謝経路や遺伝子発現データの情報とアノテーションが含まれます。このツール内のエントリにはそれらのデータベースへのハイパーリンクがあり、元のサイトにアクセスすることで詳細化できます。代謝経路とGOタームの高度な検索も行うことができます。(出典:オリジナルペーパーより)

 
歩行運動データベース2015
キーワード:
説明:

AIST人体寸法・形状データベースの一つで、約200名の歩行データを公開するデータベースです。
2013年版と比較して被験者数が増えた他、公開データが各被験者あたり1試行分から5試行分に変更されています。
データ使用許諾条件に同意し、個人情報及びアンケートを入力する事で、データをダウンロードすることができます。

 
PMPi-Blast
キーワード:
EST | cDNA | Contig | Design source of Probe | Probe Designed
説明:

ミヤコグサやカンゾウのESTや完全長cDNA、 マイクロアレイプローブなど、PMPj(NEDO植物物質生産プロジェクト、H14〜22)で得られた遺伝子配列情報をBlast検索することができるデータベース(出典:オリジナルサイトより)。

 
HESS
キーワード:
毒性知識情報データベース | 代謝知識情報データベース | 化学物質有害性情報
説明:

化審法における有害性評価項目の一つである化学物質の反復投与毒性を動物試験によらず評価するためには、類似化学物質の毒性にかかわる作用機序、生体内における代謝の挙動、物理化学的性状データ等から総合的に判断することが必要です。そこで、当機構化学物質管理センターでは、専門家による化学物質の反復投与毒性の評価を支援するために、既存の反復投与毒性試験データ、毒性作用機序及び代謝情報データなどの情報を解析しカテゴリーアプローチによる反復投与毒性の評価を支援するHESSを開発しました。(出典:オリジナルサイト)

 
CoP
キーワード:
共発現 | 生物学的プロセス | マイクロアレイ | Confeito | Populus trichocarpa (ポプラ)
説明:

CoPは植物の共発現する遺伝子と生物学的プロセスを統合したデータベースです。生物学的プロセスの情報は遺伝子オントロジーの側面を基礎にしています。このデータベースの配列情報はTAIRデータベースから取得されています。共発現解析は、共発現ネットワーク解析のアプローチであるConfeitoアルゴリズムを利用して実行しています。2009年3月12日にCoexProcessデータベースからリニューアルバージョンになりました。リニューアルバージョンには、シロイヌナズナ(5257、3654、1388アッセイ)と、ポプラ(95アッセイ)のDNAマイクロアレイデータセットが格納されています。このデータベースは毎月充実されていく予定です。(出典:オリジナルサイトから)

 
CGH Data Base
キーワード:
癌 | 細胞株 | CGH
説明:

CGH Databaseは種々の癌細胞株のアレイCGH(Comparative Genomic Hybridization) 解析データを対象としたデータベースです。NEDOプロジェクトの成果が含まれています。

 
GenoBase
キーワード:
Escherichia coli K-12 (W3110) | Escherichia coli K-12 (MG1655)
説明:

GenoBaseは大腸菌K-12(W3110)の生細胞システムを総合的に理解するためのデータベースである。GenoBaseは大腸菌に関する配列情報、プロテオーム、トランスクリプトーム、バイオインフォマティクス、文献に基づく知識の公共リポジトリである。NEDOプロジェクトの成果が一部含まれています。

 
KNApSAck Family
キーワード:
metabolic pathway | metalloproteins | patent | gene annotation
説明:

生物種-代謝物データベースのKNApSAcKをコアシステムとした統合型データベースです。遺伝子アノテーションではArabidopsis、Bacillus、Humanが公開されている。また、タンパク質の金属イオン結合部位のデータベースMetalMineやジャムデータベースや漢方薬のデータベースとも連携している。更に、世界119カ国から7356の植物種データが格納されている。これらのデータは出版されている科学論文から集めているものです。NEDOプロジェクトの成果が一部含まれています。

 
化学物質の有害性評価書
キーワード:
物質名|CAS登録番号|構造式|分子式|分子量
説明:

化学物質の有害性評価書は 製品評価技術基盤機構 (NITE)で公開されている「化学物質有害性評価書」の要点のみを簡潔にまとめたデータです。簡素化することで、すばやくその有害性を俯瞰でき、化学物質のリスクを判断するおおよその手がかりを提供しています。データは、CAS番号やPRTR番号、評価物質名称で分類されています。

 
PDB-REPRDB
キーワード:
タンパク質
説明:

PDB(Protein Data Bank)により提供されるタンパク質チェインを分類して代表タンパク質チェインを決定し、「代表チェインのリスト」と「代表チェインに従属するチェイングループのリスト」を提供するデータベースです。 また、SCOP の分類をもとに、coiled coil proteins と peptides のチェインは分類対象から除くものとします。

 
報知音の音圧レベル
キーワード:
説明:

高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、妨害音中において聞き取りやすい報知音の音圧レベルの範囲を示すデータベースです。
音圧レベルの範囲には、加齢による聴力低下の影響が考慮されており、その範囲に照らして、指定した報知音が妨害音中において聞き取りやすい音圧レベルであるかどうかを判定します。

 
最小可読文字サイズ・コントラスト
キーワード:
説明:

高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、各種条件から最小可読文字サイズを推定することができるデータベースです。
利用条件(利用者の年齢・視距離)と表示デザイン条件(フォント・文字種・文字の相対輝度コントラスト)から、一文字を読むために最低限必要なサイズを推定できます。
また、表示デザインの文字サイズを指定することで、一文字を読むために最低限必要な相対輝度コントラストを推定できます。

 
KomicMarket
キーワード:
オミックス | LC-FT-ICR-MS法 | ESI | ピーク検索
説明:

KomicMarket(Kazusa Omics Data Market)は、代謝物を含むシステムバイオロジーやマルチオミックス解析に強く興味を持つ研究者により開発、運用されいます。 KomicMarketは、LC-FT-ICR-MS法(液体クロマトグラム-フーリエ変換-イオンサイクロトン質量分析)で検出された代謝物のピークのアノテーション(精密質量に基づく組成式や化合物名候補など)を主に格納しています。(出典:オリジナルサイトより)

 
MassBank
キーワード:
類似スペクトル | 化合物 | 日本質量分析学会
説明:

MassBank は 慶應義塾大学先端生命科学研究所(IAB) 分析化学グループ、理化学研究所植物科学研究センター(PSC)メタボローム基盤グループが中心となり、 JST-BIRD プロジェクトとして開発する高分解能マススペクトルデータベースです。 MassBankでは類似スペクトル検索、化合物検索、ピーク検索のサービスを提供しています。また、2008年に 日本質量分析学会 の公式マススペクトルデータベースとして認められました(オリジナルサイトより引用)。NEDOプロジェクトの成果(データ)が一部含まれています。

 
グリコシダーゼデータベース
キーワード:
調査中
説明:

調査中

 
EzCatDB
キーワード:
酵素
説明:

"EzCatDBデータベースでは、酵素立体構造情報、文献情報などに基いて、酵素触媒機構を階層的に分類しています。各酵素エントリーには、酵素番号(EC number)、PDBエントリー、触媒部位、リガンド情報や文献情報、触媒機構に関する情報、他のデータベース(Swiss-prot, CATH, KEGG, PDBsum, PubMed, CSA & MACiE)へのリンクがはられています。 "

 
触覚記号・文字の判読率
キーワード:
説明:

高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、触覚記号及び文字の判読率を、対象者別にグラフ化して表示するデータベースです。

 
ATTED II
キーワード:
共発現 | シスエレメント | マイクロアレイ | TSS
説明:

ATTED IIは遺伝子機能予測に関係するシロイヌナズナの共発現遺伝子や予測cis elementsを提供するデータベースです。共発現遺伝子データソースはAtGenExpressで集められた公に使えるマイクロアレイデータ(58実験、1388スライド)です。共発現は重みつきピアソン相関関数をベースとしたMutual rank(MR)です。3月にCoeXSearch機能が付け加わりました。NEDOプロジェクトの成果が含まれています。

 
H-ANGEL
キーワード:
遺伝子発現
説明:

H-ANGELは、ヒトの遺伝子発現についての情報を提供するデータベースです。H-Invitationalプロジェクトの構築した転写産物データに対する遺伝子発現パターンを表示します。遺伝子発現パターンは複数の測定プラットフォームを統合した組織特異的発現データに基づき、実用的な組織分類で表現しています。H-ANGELはまた、遺伝子の発現情報をヒトゲノム上の対応する物理的位置上に表示します。これらの情報は、H-InvDBに蓄積された対応する転写産物あるいは遺伝子座のアノテーションデータにリンクされており、こうした統合を通じて、プラットフォーム横断的に遺伝子発現データを比較して眺めることができます。

 
RAvariome
キーワード:
関節リウマチ | 遺伝子多型|精査データ
説明:

RAvariomeは自己免疫疾患、関節リウマチ (RA) に関わる遺伝子多型情報を収集し、個人の遺伝的リスク予測や分子標的創薬を支援するデータベースです。本データベースでは、GWASなどの疾患関連解析の研究成果を包括的に評価し、複数の研究で再現性が認められている信頼の高い遺伝子多型の情報を提供しています。さらに、これらの信頼できる遺伝子多型を基に、関節リウマチに対する遺伝的なリスクを予測するツールを提供しています。

 
LEGENDA
キーワード:
調査中
説明:

Legendaは、MEDLINE文献に書かれた遺伝子、遺伝子機能、疾患、または基質のうち、2つが共起した文献を探すシステムです。遺伝子2つのような同じタイプでも検索できます。独自の遺伝子名辞書をもっています。

 
スペクトルデータベース
キーワード:
説明:

"インターネットを通じて、30,000以上の有機化合物のNMR、IR、MS、ESR、Ramanスペクトル画像を無料で公開するデータベースです。
スペクトルは、全てオリジナルのデータが収録されています。"

 
Recount DB
キーワード:
SRA | RECOUNT | LAST | TSS-Seq | RNA-Seq | MESH
説明:

RNA Seq などの公開データにシーケンサーエラーを考慮した補正を加えた二次データベースです。

 
微生物データベースシステム
キーワード:
アノテーション
説明:

微生物名がわかっている場合、その属種名を入力すれば、オリジナル論文、旧名(もしあれば)、系統的位置、type strain、分離源、化学分類指標になる各種化学成分、基質利用性、エネルギー獲得様式、16S rDNAのDDBJ/EMBL/GenBankなどへのaccession numberなどの情報が得られます。微生物名以外にも、ある特定成分をもつ微生物を検索することもできます。

 
H-InvDB
キーワード:
cDNA | アノテーション | 統合
説明:

H-InvDBはヒトの遺伝子と転写産物を対象とした統合データベースです。ヒトのすべての転写産物の配列をあらゆる手法で解析することにより、ヒト遺伝子の構造、選択的スプライシング、タンパク質としての機能などの精査されたアノテーション(注釈付け)情報を提供しています。

 
INOH Pathway Database
キーワード:
"シグナル伝達経路,代謝経路,タンパク質・タンパク質相互作用"
説明:

ヒト、マウス、ラット等のモデル動物のパスウェイデータベースです。シグナル伝達パスウェイや代謝を構成する複層的生体分子の関係などの情報を含みます。(備考:BioPAX)(旧URL:http://www.inoh.org/)

 
DoBISCUIT
キーワード:
細菌 | 二次代謝産物 | 生合成遺伝子クラスター
説明:

DoBISCUITは細菌がもつ二次代謝産物の生合成遺伝子クラスターについての知見を集約したデータベースです。放線菌をはじめとする細菌が産生する二次代謝産物は医薬品・化合物合成の候補品として注目されています。しかし二次代謝産物を合成する遺伝子クラスターの情報は各研究者が個別に塩基配列を登録しており、集約されていませんでした。DoBISCUITはそれらの塩基配列情報を集約し、新たな知見も加味して統一的なアノテーションを付与し、分類を行った知識集約型のデータベースです。このデータベースをご利用になることで二次代謝産物の生合成クラスターに関する情報を総合的に取得することができます。医薬品・化合物合成をサポートする基盤情報としてお役に立つことを期待しています。

 
ConfC
キーワード:
タンパク質構造
説明:

本データベースは、現在得られているタンパク質立体構造からこの動的情報を抽出しデータベース化したもので、1)進化的構造変化、 2)結合による構造変化、3)構造的揺らぎの3種類をそれぞれ個別に分類したものです。

 
化審法データベース
キーワード:
化審法|リスク評価|暴露情報
説明:

"J-CHECKは、「化学物質の審査及び製造等の規制に関する法律」にかかわる厚生労働省、経済産業省及び環境省が、化学物質の安全性情報の発信基盤の充実・強化を目指して化学物質の安全性情報を広く国民に発信するため作成するものです。J-CHECKでは、産業界と連携して推進している「官民連携既存化学物質安全性情報収集・発信プログラム(Japanチャレンジプログラム)」において収集された化学物質の安全性情報収集報告書や、これまで国が行ってきた既存化学物質の安全性点検の試験報告書など、より詳細な情報の発信にも取り組んでいくこととしています(出典:オリジナルサイト)。CHRIPとは化学物質名等で連携しています。"

 
H-Exp
キーワード:
調査中
説明:

iAFLP によるヒト組織特異的転写物発現頻度データのDBで、H-InvDB と連携しています。本DBには3つの特徴があり、①表示対象遺伝子クラスター・アイソフォームの検索・参照・ソート、②遺伝子クラスター・アイソフォームに結び付けられた発現頻度パターンデータの比較、③遺伝子単位の発現情報の詳細情報をはじめとする各種関連情報の表示を高速に実行することが可能となっております。※オリジナルサイトは現在公開を停止しております。

 
GMDB
キーワード:
調査中
説明:

結合位置や立体化学の違いによる構造的な複雑さのため、糖鎖の構造解析は容易ではありません。質量分析計はプロテオミクスやメタボロミクスでは不可欠の装置として普及していますが、糖鎖構造解析にも極めて有用であることが認識されつつあります。近年、糖鎖のタンデム質量分析により、位置異性や立体異性を含む詳細な糖鎖構造を解析できることが判ってきました。私たちは、構造が明らかにされた多種の糖鎖を集め糖鎖ライブラリーを構築しています。そして、その糖鎖ライブラリーの各糖鎖について多段階タンデム質量分析スペクトルを取得しています。GMDBはこれらをデータベース化したものであり、スペクトルマッチングによる糖鎖構造の推定に役立てることができます。(オリジナルサイトから)

 
テレビの聴取音量
キーワード:
説明:

高齢者・障害者の感覚特性データベースの一つで、さまざまなテレビ番組を聴取する際の、「聞きやすい」と感じられる音量の平均値を、若齢者・高齢者別にグラフ化して表示するデータベースです。

 
PPI view
キーワード:
PPI | タンパク質間相互作用 | protein-protein interaction
説明:

"PPI viewは、ヒトのタンパク質間相互作用 (PPI:Protein-Protein Interaction)情報を表示しています。主要な5つのPPIデータベース(BIND, DIP, MINT, HPRD, IntAct)から、データの収集・統合を行い、H-InvDBの独自予測されたタンパク質についてPPIの割り当てを行いました。その結果、9,268件のタンパク質からなる32,198件のヒトのタンパク質間相互作用情報が得られました。 (H-InvDB version 5.0時点)PPI viewはユーザーの興味あるタンパク質(遺伝子産物)と相互作用するタンパク質を表示し、そのタンパク質の遺伝子の位置(Locus view)や遺伝子の機能情報(cDNA view)へのリンク、そしてデータ元PPIデータベースへの参照情報や、文献、実験手法を表示します。PPI view: http://www.h-invitational.jp/hinv/ppi/ PPI view サンプル画面:http://www.h-invitational.jp/hinv/ppi/ppi_view.cgi?hip=HIP000084307"

 
FuLoJa
キーワード:
ミヤコグサ | 完全長cDNA | InterPro | BLAST
説明:

ミヤコグサの完全長cDNAの配列情報を、InterProで解析したデータを集積したデータベース(出典:オリジナルサイトより)

 
MCG CNV Database
キーワード:
"調査中 MoreCNV|BAC|MCG|SNP|de novo|家系|イルミナ"
説明:

"本データベースは、日本人の健常者集団を対象として独自開発したBACアレイ( MCGアレイ )1) ならびにSNPアレイ (illumina, HumanOmniExpress Beadchip)を用いた解析を行い、 検出された CNVと LOHを収載したものです。このことにより、日本人健常者集団におけるCNVやLOHの出現頻度を示し、 ゲノム解析において検出されるゲノム変化が病態と関連するかどうかを判断するための基盤情報となります(オリジナルサイトより引用)。"

 
遺伝子多様性データベース公開システム(H-GOLD)
キーワード:
調査中
説明:

モデル疾患として選択した多因子性疾患について収集した遺伝子多型情報(JBIRCで収集し実験で多型性を確認したマイクロサテライト等)の2つのデータベースと疾患関連遺伝子を同定する実験・解析フロー(各種の検定、連鎖不平衡係数推定、集団のハプロタイプ頻度推定、ハプロタイプ組合せ分布推定等)のための7つの解析ツールです。Web上の解析サービスは平成19年3月で終了しました。解析ソフトウェアダウンロードサービスは利用可能です。平成24年6月22日より生命科学系データベースアーカイブにてGDBSのデータアーカイブが公開されました。

 
WoLF PSORT
キーワード:
タンパク質 | 細胞内局在予測
説明:

WoLF PSORTは1) アミノ酸から蛋白質の細胞内局在予測2) 蛋白質の細胞内局在化アノテーションを提供しています。1)は任意のアミノ酸配列に対してできる。2)はuniprotと文献情報を整理した情報です。

 
ASIAN
キーワード:
遺伝子
説明:

ASIANは、ネットワーク推定ツールです。ネットワーク推定は、グラフィカル・ガウシアン・モデリングに基づいて実行されます。特に、生命情報に特徴的な冗長なデータに対しても頑強に推定が可能なように、クラスター解析との組み合わせによる推定を可能にしています。

 
HEAT
キーワード:
GSEA | ヒト遺伝子 | アノテーション
説明:

H-InvDB遺伝子リスト特徴抽出ツールH-InvDB Enrichment Analysis Tool (HEAT)は、ヒト遺伝子の集合(遺伝子リスト)に対して、その特徴を機械的に判定するデータマイニング・ツールです。H-InvDBのさまざまなアノテーション項目について、ユーザが入力した遺伝子リストの中に平均より有意に高い頻度で出現する項目を見つけ出します。この手法は一般にGene Set Enrichment Analysis(GSEA)と呼ばれ、マイクロアレイ実験のデータ解析等によく使われます。統計学的な検定にはフィッシャーの正確確率検定を用いています。

 
SPALN
キーワード:
マッピング|アライメント|転写産物|ゲノム配列
説明:

SPALNは、問い合わせとして用いる一群のcDNAやタンパク質アミノ酸配列に対して、対応する遺伝子のゲノム配列上の位置を高速に検索し、さらにスプライシングを考慮したアライメントを作成することが出来るプログラムです。

 
fastapl
キーワード:
マルチファスタ|fastq|レコードフィルタ|統計量|レコード抽出|レコードソート
説明:

multifasta形式ファイルの処理を楽にするツールである。fastq形式に対応したfastqpl(ファスト・キュープル)も利用できる。

 
LAMPLINK
キーワード:
説明:

LAMPLINKはGWASデータから2つ以上のSNPsの統計的有意性のあるエピスタシス相互作用を検出することができる。広く知られたGWAS解析ソフトであるPLINKと同じ方法である。LAMPLINKは多重仮説検証を行うLANPを用いてエピスタシス相互作用を検出するオプションを追加したものである。

 
Rchange
キーワード:
アルゴリズム|塩基置換|RNA二次構造|エネルギー変化
説明:

Rchangeは塩基置換おけるRNA二次構造のエネルギー変化を計算するツールです(出典:オリジナルサイトより翻訳)。

 
Rentropy
キーワード:
エントロピー|RNA二次構造|ボルツマン分布
説明:

Rentropyは、RNAの二次構造のボルツマン分布からエントロピーや、平均エネルギー、エネルギー変化を計算するツールです(出典:オリジナルサイトより翻訳) 。

 
ADMER2
キーワード:
気象データ | 排出量
説明:

ADMER*とは、独立行政法人 産業技術総合研究所(AIST)が開発した化学物質の大気環境濃度推定及び曝露評価を行なうモデルと一連のシステムであり、以下の機能を備えています。* 気象データの作成・確認* 化学物質排出量データの作成・確認* 化学物質大気中濃度及び沈着量の計算 * 曝露人口の推計* 計算結果図化* 計算結果ヒストグラム表示* 正式名称:産総研−曝露・リスク評価大気拡散モデル (AIST-ADMER)、 National Institute of Advanced Industrial Science and Technology - Atmospheric Dispersion Model for Exposure and Risk Assessment

 
COSMOS
キーワード:
説明:

COSMOSは全ゲノムのショートリード・シーケンスから体細胞の構造の多様性を検出することができる。また、同種のトリオから新規の構造の違いを検出するのにも適用できる。

 
RNAmine
キーワード:
RNA
説明:

RNAmineはRNA配列群から頻出するステムのパターンをグラフマイニングと呼ばれる情報技術を用いて抽出するためのソフトウェアです。

 
PAPIA
キーワード:
タンパク質
説明:

タンパク質情報解析(構造類似性検索・ホモロジー配列検索・マルチプルアラインメント)をPCクラスターを用いて並列処理します。

 
SOKOS/CAN
キーワード:
RNA
説明:

確率文脈自由文法でRNA配列解析を行うツールです。

 
発がん性予測システム
キーワード:
発がん予測|スクリーニング|肝臓|F344ラット|SDラット|Whole Rat Genome Toxplus|Rat Genome 230 2.0Array
説明:

化合物を投与したラット肝臓における遺伝子の発現量を測定し、発がん性予測用にカスタマイズされた遺伝子群を用いて、早期に化合物の発がんリスクを予測するものです。通常のげっ歯類を用いた発がん性試験は投与期間として2年間が必要ですが、本システムでは14日間もしくは28日間の短期間投与で得られる生体試料を適用できることが大きな特徴です。(出典:オリジナルサイトより)本システムは受託解析サービスとして事業化されています。

 
seg-suite
キーワード:
アラインメント|セグメント
説明:

"配列セグメントの交差や配列アラインメントの合成を行うツールです。このツールでは「seg」フォーマットを利用できます。また、様々なデータフォーマットを「seg」フォーマットに変換する事ができます。"

 
Idiographica
キーワード:
染色体 | イデオグラム | ウェブサーバー
説明:

Idiographicaは、自分用のイデオグラムを作成するウェブサーバーです。ウェブ入力フォームに情報を入力してから、submitボタンをクリックしてください。ldiographicaサーバーからあなたにイデオグラム作成完了をお知らせするメールが届きます。イデオグラムは如何なる制約や義務も必要と致しません。(オリジナルサイトから翻訳)

 
myPresto
キーワード:
分子シミュレーション計算
説明:

myPrestoは、国等から委託を受けて実施した「生体高分子立体構造情報解析」等のプロジェクトの中で開発した分子シミュレーションを構成するプログラム群等です。 myPrestoは、医薬品開発支援のために作成された分子シミュレーション計算のプログラム群であり、化合物の二次元構造を三次元構造に変換し、タンパク質等のモデリング、タンパク質-薬物ドッキング、in silicoスクリーニング等を従来に比べて短時間で高精度・高能率に行うことができます。

 
PubMedScan
キーワード:
リコメンデーション | コンテンツベースフィルタリング
説明:

新規関連文献お知らせツールPubMedScanは、NCBI PubMedの医学生物学の学術文献中から、興味のあるトピックスで新規にPubMedに登録された文献を定期的に(毎日)メールでお知らせするツールです。特徴は、1)サーチ条件は通常のキーワード入力ではなく、手持ちの文献(PubMed ID)リストで行います。2)新規文献から関連するものを定期的にメールでレポートします。3)文献関連指標には、PubMed が提供するRelated Articleの機能を利用しています。4)Web版(ver. 2.0)と、Linuxにインストールするローカル版(ver 1.1)があります。ローカル版では、UNIX(Linux/Macintosh)上での PHP、 MySQL、Apache、および各種Perlモジュールが必要です。キーワード検索では漏れてしまう文献や、頻繁に見ないジャーナルの文献を拾えるので、調査漏れを防ぐのに非常に有効です。PubMedScanの条件入力を助けるため、手持ちの複数の論文(PDFファイル)から、簡単にそれらのPubMed IDリストを得るソフト(PMID-Extractor)を提供しています。

 
CentroidAlign
キーワード:
SPS | 多重RNA配列
説明:

CentroidAlignは、sum-of-pairスコア最大化法を利用して、精度よく、高速にRNAの多重アラインメントを作成します。ダウンロードページから3種のアーカイブ(linux(Intel用)、linux(AMD用)、windows)を取得できます。(オリジナルサイトから翻訳)

 
KaPPA-View
キーワード:
遺伝子発現 | トランスクリプトーム | 代謝産物蓄積 | メタボローム | オミクス| 植物 | 代謝経路
説明:

"KaPPA-Viewは,植物から得られた各オミクスデータを植物の代謝経路マップ上で統合表示することが可能なウェブベースの解析ツールである。このような表示を行うことにより,供試した実験における代謝変動の様相を視覚的にとらえることができ,代謝経路上での遺伝子の機能を推定することが可能となる。(出典:CiNii http://ci.nii.ac.jp/naid/110004822705/)2010年1月に公開されたKaPPA-View4では、全面的なシステムの見直しを行い、以前のバージョンと比較して劇的な処理速度の向上が図られている。また、WindowsだけでなくMac OS Xにも完全に対応し、全ての機能を利用できるようになった。更に、ユーザーが独自に作成した代謝マップを利用することができます。システム開発者向けには、データベースやアプリケーションなど外部システムから直接データを表示させるための機能も提供している。(出典:オリジナルサイトより http://kpv.kazusa.or.jp/kpv4/information/overview_jp.html )"

 
CentroidHomfold
キーワード:
RNA二次構造 | 相同性配列 | LAST | Centroifold
説明:

CentroidHomfoldは相同性配列を使ったRNAの2次構造予測を行います。ダウンロード版とWebサーバー版が提供されています。CentroidHomfoldはCentroidFoldのソフトウェアパッケージに含まれています。(オリジナルサイトから翻訳)

 
PSTAG
キーワード:
hidden Markov models | unfolded RNA sequence | secondary structure
説明:

PSTAGはRNAの偽結び目構造をアラインメント及び予測することができます。PSTAGアルゴリズムをベースとしたプログラムは、RNAの偽結び目構造や、さらにはncRNAの比較解析に、初めてグラマベースの実質的に実行可能なソフトウェアである。(オリジナルサイトから翻訳)

 
TACT
キーワード:
遺伝子
説明:

" Transcriptome Auto-annotation Conducting Tool (TACT)は相同性検索(BLASTX, FASTY)、ORF予測、モチーフ検索解析(InterProScan)を統合し、真核生物遺伝子の機能を自動予測できる統合的自動アノテーションシステムです。TACTはH-Invitationalプロジェクトの一環として開発され、 ヒト遺伝子アノテーション統合データベースH-Invitational Database (H-InvDB)の構築・発展に貢献しています。"

 
ChIP2LAMP
キーワード:
説明:

「ChIP2LAMP」は、ChIP-seqとRNA-seq結果を統合し、発現変動に有意に関連する転写因子の組合せを見つけるソフトウェアです。

 
GRisk
キーワード:
遺伝子的リスク| 家系図 | 保因者確率
説明:

GRISKは、小家系データに基づきメンデル性遺伝疾患の遺伝的リスクを算出する、Windows用のソフトウェアです。家系に関する情報を登録する家系データ登録画面と、疾患に関する情報を登録しリスクを算出する疾患情報画面から構成されます。登録された家系データと疾患情報を組み合わせることによって、家系構成員に対する遺伝的リスクを算出することが出来ます。

 
PRRN
キーワード:
マルチプル | アライメント | アラインメント
説明:

PRRN は、二重反復改善アルゴリズムを用いたマルチプルアラインメントプログラムです。複数の核酸配列またはアミノ酸配列を入力とし、グループ間のペアワイズアライメントを繰り返すことにより、重み付きペア間スコアの総和(WSPスコア)を最大化します。PRRNで用いている方法は他のより速い方法で得られたアラインメント(例えばプログレッシブ(累進法)アラインメント)の改良に特に有効です。

 
GeneDecoder
キーワード:
cDNA | 真核生物 | ゲノム | 遺伝子予測
説明:

GeneDecoderは、隠れマルコフモデルをベースとした真核生物ゲノムのDNA塩基配列から遺伝子を予測するソフトウェアです。

 
MAFFT
キーワード:
多重アラインメント | L-INS-i | FFT-NS-2
説明:

MAFFTはUNIX系OSで稼働する多重アラインメントプログラムです。このプログラムはL-INS-iやFFT-NS-2などの範囲で多重アラインメント法が利用できます。ダウンロード版(MacOS X用、Windows用、Linux用、Sourceファイル)とオンライン版を提供しています。(オリジナルサイトから翻訳)

 
THE MICROARRAY ANALYSIS SYSTEM - TREBAX -
キーワード:
マイクロアレイ解析
説明:

マイクロアレイ解析システム、TRBAXは主にスポット型アレイ法(cDNA マイクロアレイ法)により得られたデータをもとに、遺伝子の発現プロフィイルと分子生物学的機能、さらにはDNA 塩基配列とを効率的に対応づけることを可能としたデータ解析システムです。さらに、TREBAXはデータのフォーマットを合わせれば、スポット型アレイ法(cDNA マイクロアレイ法)以外のデータにも適用可能です。(http://kanaya.naist.jp/Web/software/trebax/manual/Jmanual.pdf より引用)

 
リンク自動管理システム
キーワード:
ID | リンク | 変換 | ヒト | マウス | ラット | ホヤ | 化合物
説明:

"リンク自動管理システムは、ヒト遺伝子とタンパク質に関係する世界の主要なデータベースへのリンクを簡単に設定し、自動更新できるツールです。詳細はこちらの解説を参照ください。"

 
GRIFFIN
キーワード:
Gタンパク質共役受容体|予測
説明:

入力されたGPCR配列と選択的に結合するGプロテインを予測するハイスループットシステムです。

 
Stem Kernels
キーワード:
カーネル関数 | RNA配列 | 有向性グラフ
説明:

StemKernelsは二次構造の観点から、RNAペア間の相同性を計測する為の、構造RNA用カーネル関数を実装したツールです。(オリジナルサイトから翻訳)

 
水系暴露解析モデル (公開保留 (idb G1:2626))
キーワード:
化学物質排出量
説明:

日本における河川流域の化学物質の暴露評価と対策評価のためのモデルツールです。

 
予測プログラム
キーワード:
必須遺伝子 | 合成致死遺伝子 | 予測
説明:

遺伝子削除可能領域予測プログラムは、データベース上の情報を元に必須遺伝子や合成致死となる遺伝子を含まず、かつ欠失変異により増殖遅延などの不利な形質が現れないような遺伝子が連続して並んでいる領域を検索するプログラムです。(出典:事後評価報告書より)

 
RactIP
キーワード:
整数計画アプローチ | RNA相互作用
説明:

整数計画を使ったRNA-RNA相互作用の高速かつ精度のよい予測を行うツールです。バージョン0.0.1と0.0.2のソースコード、Windows用、Linux用が準備されています。

 
PowerFT
キーワード:
peak detection | chromatography | mass spectrometry
説明:

クロマトグラフィー-精密質量分析より得られたデータから、化合物ピークを抽出し、アノテーションをするツール(出典:オリジナルサイトより)です。PowerFT単体での配布は終了しました。PowerFTは、ピークのアラインメントツールPowerMatchと統合し、PowerGetとしてリリースされています。

 
FORTE
キーワード:
タンパク質 | 立体構造 | ペアワイズアラインメント | アミノ酸配列
説明:

FORTEは、タンパク質構造類似性検索のためのプロファイル-プロファイル比較ツールです。ユーザーは、問い合わせタンパク質のアミノ酸配列を用いて、既知立体構造との類似性検索を行うことが可能です。検索結果は、ペアワイズアラインメントの形式で表示されます。

 
MDV
キーワード:
cis-element|promoter|transcription start site (TSS)|2次元表示|マルチプルモチーフ|マイクロアレイ
説明:

Motif Distribution Viewer (MDV)は、プロモーター・モチーフの転写開始点(TSS)付近の位置分布を表示するツールです。プロモーター群をユーザーが指定できます(オリジナルサイトからの訳)。ツールはオリジナルサイトでも利用できますし、ダウンロードしてローカルマシンで利用することもできます。

 
SAMURAI
キーワード:
Index Terms?biclustering | closed itemset | gene expression module | LCM (Linear time Closed itemset Miner)
説明:

広域遺伝子発現データから遺伝子モジュールを超高速かつ網羅的に検索するツールです。移転のため休止。 (2012/11/05 確認)

 
ALNGG
キーワード:
遺伝子予測|比較ゲノム
説明:

2生物間のゲノム比較によってタンパクコード遺伝子を検出します。

 
TMBETA-NET
キーワード:
βシート | 膜タンパク質
説明:

TMBETA-NETはβシート型膜タンパク質を構造特徴量を考慮するとともにニューラルネットを応用して、 配列から判別するシステムです。[出典]産総研 事業報告書(平成16年度)http://unit.aist.go.jp/plan/enterprise-report/h16enterprise-report.pdf

 
POODLE
キーワード:
蛋白質 | ディスオーダー | 予測
説明:

POODLEは、アミノ酸配列から機械学習法を用いて、タンパク質のディスオーダー(立体構造を形成しない)領域を予測するプログラム群です。POODLEは、短いディスオーダー領域用(S)、長いディスオーダー領域用(L)と配列全体用(W)の3種類があります。

 
Scarna
キーワード:
共通二次構造 | RNA | アラインメント
説明:

ncRNA.org Projectの類似RNAの構造アラインメント、検索ツールです。

 
ID識別システム
キーワード:
ID識別 | 複数データID
説明:

ID識別システム(ID Resolver)は、IDの種類がわからないときにそのIDの種類を識別して、リンク先を示すツールです。複数のデータIDを一度に入力できます。

 
教育用リスク評価ツール (公開保留(idb G1:2626))
キーワード:
化学物質|曝露|ヒト健康リスク
説明:

化学物質リスク評価の専門家以外の人も容易に使用できることを目指した、ヒトの健康リスク評価ツールです。

 
SpiceHIT
キーワード:
選択的イオンモニター法 | peak identification tool|capillary electrophoresis|mass spectrometory
説明:

CE-MSによるSIM分析データから、化合物ピークを迅速に同定するためのJavaソフトウェア。CSVテキストファイルを読み込んで、ピーク幅やピーク強度の閾値、スムージング機能などを用いてピーク抽出を行うことができる。あらかじめ用意した定義ファイルに基づいて、ピークの化合物名のアノテーションを自動で行うことができる。また、定義ファイルにはない溶出時間の異なる未知ピークに関しても一括してデータを収集することができ、GUIの画面でそれらのアノテーションをつけることもできる。同定したピークについて、質量値ごとにシートに分かれたExcel形式のレポートファイルを出力できる。同じ質量値の未知ピークを統一的に扱うことで、大規模なメタボローム解析用のデータセットを作成することができる。

 
CentroidFold
キーワード:
RNA | 共通2次構造 | 予測
説明:

CentroidFoldはRNAの2次構造予測および共通2次構造予測を行うためのソフトウェアです。ベンチマークテストではMfoldやRNAfoldよりも優れた予測性能を発揮することが確かめられています。

 
LAMP
キーワード:
説明:

多重仮説検定を行うプログラム。転写因子と遺伝子の関係を多数与えると統計的優位な関係をリストアップする。ボンフェローニ補正と同等なファミリーワイズエラー率の補正を与え、ボンフェローに補正よりいくつかの利点がある。

 
Dr DMASS
キーワード:
多変量解析 | マススペクトルデータ
説明:

Dr DMASSはマススペクトルデータを多変量解析で効果的に分析するために開発されており(i)ピーク補正、(ⅱ)多変量データの処理、および(iii)多変量解析の3つのステップから構成されています。ピーク補正過程では、internal mass calibrants(IMCs)による実験的な値と期待値間の関係に基づいた実験的なm/z値を選び出します。このソフトウェアとイントロダクションマニュアルはこのサイトで自由に利用可能です。このソフトウェアを使うためにはユーザーのコンピュータにJavaのJ2SDK 1.4.2がインストールされている必要があります。(出典:オリジナルサイトより)

 
ID一括変換システム
キーワード:
調査中
説明:

"ID一括変換システムは、リンク自動管理システムのデータを利用して、ヒト遺伝子とタンパク質に関係する世界の主要なデータベースのIDを相互に一括変換できるシステムです。詳細はこちらの解説を参照ください。"

 
KaPPA-View4 KEGG
キーワード:
トランスクリプトーム | 代謝産物蓄積 | メタボローム | オミクス | 植物 | 動物 | 微生物 | 代謝経路
説明:

"KaPPA-View4は,代謝制御を深く理解したり、公共で利用できる各オミクスデータから仮説を立てる事に焦点を当てた代謝経路データベースです。KaPPA-View4 KEGGはKaPPA-View4バージョンの一つであり、KEGGの経路マップデータを格納している。また、このデータには動物、植物、微生物の情報が含まれている。KEGG BRITEの「Genes and Proteins」から生成した遺伝子ファミリーマップも利用できます。(出典:オリジナルサイトより)"

 
MitoFates
キーワード:
ミトコンドリアプレ配列|ミトコンドリア局在シグナル|タンパク質|アミノ酸配列
説明:

MitoFatesはミトコンドリアプレ配列、N末端にあるミトコンドリア局在シグナル及びその切断部位を予測するツールです。

 
siExplorer
キーワード:
siRNA
説明:

siExplorerはRNAi活性予測アルゴリズムによるsiRNA設計ツールです。

 
PHMMTS
キーワード:
hidden Markov models|unfolded RNA sequence|secondary structure
説明:

PHMMTS法を利用して未知二次構造配列を既知の二次構造配列にアラインメントするツールです。(オリジナルサイトから翻訳)

 
MXSCARNA
キーワード:
RNA | 共通2次構造 | マルチプルアラインメント
説明:

RNA配列のマルチプルアラインメントツールです。それぞれのRNA配列の塩基対確率行列を用いて、配列群の共通二次構造を考慮してアラインメントします。

 
SNP-system
キーワード:
遺伝統計 | SNP | haplotype | 連鎖不平衡
説明:

これまでに「遺伝子多様性モデル解析事業」において開発された、遺伝子型と表現型との関連を検定するアルゴリズムを中心としたソフトウェア「QTLhaplo」や遺伝統計に基づく解析ソフトウェアを集め、共通のインターフェイスで統合したSNP-systemの開発を行い、公開しました。Webサイト( http://www.h-invitational.jp/snps/ )は現在終了し、平成24年3月22日よりMEDALSアーカイブとして公開しました。

 
Dr DMASS+
キーワード:
多変量解析 | マススペクトルデータ
説明:

Dr DMASS+はマススペクトルデータを多変量解析で効果的に分析するために開発されており(i)ピーク補正、(ii)多変量データの処理、および(iii)教師なし学習 (iv)教師あり学習の4つのステップから構成されています(出典:オリジナルサイトより)。Dr DMASS( https://medals.jp/list/detail/116.html )に(iii)(iv)を加えた後継のツールです。

 
Workflow
キーワード:
開発ワークフロー | Webワークフロー | Activeワークフロー | 統合DB情報基盤サイト
説明:

ワークフローとは、一連の処理の流れを定義したものであり、データは異なるが同じような処理を繰り返し行う場合等に非常に有効な枠組みのことです。例えば、単純なワークフローとして、あるアミノ酸配列があり、その配列と相同な配列を探し、それら相同な配列をもとに系統樹を作成する等があります。この場合、アミノ酸配列をBLAST等の探索プログラム等にかけ、その結果からいくつかの相同な配列を取り出し、ひとつのファイルにまとめて、系統樹を作成するプログラムもしくはサーバ等に渡し計算させ結果を得ます。 このとき、この作業を一度ひとつのワークフローとして定義しておけば(このワークフローを行うプログラムを定義または作成する)、繰り返し行う場合非常に効率的です。(オリジナルサイトより引用)

 
NGSFeatGen
キーワード:
次世代シーケンサー|クラスター|イルミナ|ソレクサ
説明:

次世代シーケンサー配列データのクラスター作成ソフトウェア

 
SokanProject
キーワード:
ピアソン相関係数 | DNAマイクロアレイ | 共発現性
説明:

数値の行列データファイルから、パラメータを設定してPearson積率相関係数を総当たりで計算してテキストファイルに出力するJavaソフトウェアです。複数のマイクロアレイデータやノンターゲットメタボローム解析データなどの大規模な行列データセットから、遺伝子間の共発現性相関または代謝物ピーク間の共蓄積性相関などを計算することができます。得られた出力ファイルは、他のプログラムやスクリプトを用いることで、特定の遺伝子や代謝物と関係ある遺伝子または代謝物候補をスクリーニングしたり、遺伝子または代謝物の相関ネットワーク解析を行ったりするために使うことができます。また、スモールスケールの実験結果であっても同様にプログラムを適用できます。

 
BioDBScan
キーワード:
リコメンデーション | コンテンツベースフィルタリング
説明:

「新着データお知らせツールBioDBScan」は、利用者が興味を持っている遺伝子、タンパク質、パスウェイ、疾患、化合物、薬剤などについて、NCBI、Ensembl、DrugBankなどの世界の主要なデータベースで新たにリリースされたデータの情報をお知らせするツールです。「リンク自動管理システム」の全データベース検索によって前週月曜日以降に新たにリンクされたデータが検出されると、その情報が毎週月曜日に電子メールで配信されます。BioDBScanは、新規関連文献お知らせツールPubMedScanの新機能として、平成23年度「経済産業省ライフサイエンスデータベースプロジェクト」で開発されました。産業技術総合研究所バイオメディシナル情報研究センターにて運営されています。

 
GUPPY
キーワード:
調査中
説明:

遺伝子配列におけるデータの意味を注釈した情報を、分かりやすいグラフィカルなレイアウトに表示するプログラムです。

 
SGCAL
キーワード:
糖鎖
説明:

SGCALは糖鎖のグリコシド結合断片化反応に着眼し、アノマー異性体、分岐およびイオン付加位置の解析を行い、実験によりMSで得られた質量スペクトルと計算結果を統合し、スペクトルを高速に同定するため網羅的な解析システムです。

 
LAST
キーワード:
ゲノム | 比較ゲノム | 配列タグマッピング | spaced seeds | サフィックスアレイ (suffix array) | Vmatch | X-drop アルゴリズム(algorithm)
説明:

DNAやタンパク質の配列アライメントを作成し、比較する大規模ゲノム配列比較ツールです。BLASTに似ていますが、大量のデータを扱うのに適しています。

 
更新検知ツール
キーワード:
Web | 更新検知 | クローリング | 差分 | diff | Webサイト生存監視
説明:

予め登録したWebページへ定期的にアクセスし、Webページの更新を検知します。Webページを構成するHTML、画像、CSS等の変更があった場合、更新があったことをメールで通知します。また、定期アクセスに失敗した場合もメールで通知します。初回アクセスおよび更新検知時にはWebページの内容をミラーリングし、管理GUIからミラーリングの内容、diff差分、差分箇所を強調表示した内容を確認することができます。

 
A Method for Extracting Optimal Sequence Related to Biological Activity
キーワード:
最適塩基配列 | 生物活性
説明:

このプログラムは、生物活性と塩基配列を関連付け、その生物活性に関連した最適塩基配列を抽出する解析プログラムです。(オリジナルサイトから翻訳)

 
CoCoozo
キーワード:
タンパク質
説明:

CoCoozoはペプチド・タンデム質量分析向け並列高速サーチエンジンです。ピーク強度のパターンに相当するタンパク質配列を同定するために、MSスペクトルデータをクエリーとしてタンパク質配列データベースに対して高速な検索を行います。

 
Fdur
キーワード:
系統学的ツリー|十分統計量|期待値最大化アルゴリズム
説明:

系統学的ツリーモデルにおける十分統計量と期待値最大化アルゴリズムをつかったツール(出典:オリジナルサイトより翻訳)。

 
paraclu
キーワード:
cluster | minimal prior assumptions
説明:

配列に付属するデータのクラスターを発見するツール(出典:オリジナルサイトより翻訳)。

 
FragmentAlign
キーワード:
gas chromatography | mass spectrometory | principal component analysis
説明:

GC-MS分析による検出ピークを、溶出時間およびピークのMSフラグメントパターンの類似性を用いてアラインメントし、その結果をGUIで編集できるJavaソフトウェア。数十件のNIST形式およびMassBaseのMSTフォーマットのデータファイルを読み込んでアライメント処理することができる。編集機能としてはピークグループへのピークの追加と削除、ピークグループの追加と削除、ピークやピークグループのマージ、などが可能である。MSフラグメントのデータライブラリーに対して検索することで、ピークの化合物名の同定や推定(アノテーション)を行うことができる。データライブラリーはユーザが個別に追加、編集することができる。処理結果はタブテキスト形式で出力され、Excel等で開いて比較および統計的解析処理を行うことができる。旧バージョン(Metabolometrisc)もダウンロード可能である。

 
CentroidAlifold
キーワード:
RNA二次構造 | RNAアラインメント配列 | Centroifold
説明:

CentroidAlifoldはアラインメントされたRNA配列から二次構造を予測するツールです。CentroidAlifoldは、CentroidFoldのソフトウェアパッケージに含まれています。(オリジナルサイトから翻訳)

 
Raccess
キーワード:
siRNAs | miRNAs | accessibiility | genome-scale
説明:

RNA転写産物の構造的アクセシビリティーをゲノムスケールで計算するツールです。(オリジナルサイトから翻訳)

 
HomeoRoq
キーワード:
説明:

HomeoRoqはA. halleri subsp. gemmiferaとA. lyrata subsp. petraeaのゲノム配列を読み込み、異質多倍数体におけるホモログの発現のレベルを評価できる。これらのホモログ固有の発現の違いの統計的有意性を検出する。

 
ALN
キーワード:
アライメント | アラインメント | 遺伝子予測
説明:

Alnはふたつの核酸配列またはアミノ酸配列を並置するプログラムです。入力できる組み合わせは、1本の塩基配列、1本のアミノ酸配列、並置済みの塩基配列群、または並置済みのアミノ酸配列群です。Alnは核酸配列とアミノ酸配列の混合した組み合わせでも動作します。これによって、既知タンパク質配列とのホモロジーに基づく、真核生物の遺伝子構造予測(タンパク質をコードするエキソンの予測)を行うことができます。(オリジナルサイトの一部を翻訳)

 
HapRisk
キーワード:
質的表現型| ハプロタイプ | 発現リスク
説明:

HapRiskは、質的表現型とハプロタイプの同時推定アルゴリズムを用いて、表現型が不明で遺伝子型データが得られている個体について、当該表現型の発現確率を算出するWindows上で稼動するソフトウェアです。本ソフトウェアは、検体から得られた遺伝子型データに基づき、臨床や検査現場で、個体の発症リスクを算出することを目的としています。

 
Murlet
キーワード:
RNA
説明:

MurletはSankoffアルゴリズムにもとづきRNAのマルチプルアライメントを高速かつ低メモリに作成するプログラムです。産業技術総合研究所の生命情報工学研究センターで開発されました。

 
Recount
キーワード:
Probabilistic Error Correction
説明:

次世代シーケンサーの誤読による配列度数誤差を修正するプログラムです。(オリジナルサイトから翻訳)

 
IPknot
キーワード:
偽結び目構造 | シュードノット
説明:

RNAの特殊な2次構造である偽結び目構造(シュードノット)を期待精度最大化法で予測するツールです。(オリジナルサイトから翻訳)

 
Rfold
キーワード:
RNA
説明:

構造RNAの配列解析に、二次構造エネルギー的な塩基対の組みやすさを示す塩基対確率行列がこれまでよく使われてきました。近年、高等真核生物においてタンパク質をコードしないRNAが大量に転写されていることがわかり、これらのRNAの配列解析研究をするために、非常に長いゲノム上の領域に対して、(塩基対間距離がW以下に制限された)局所的な塩基対確率を求める方法の必要性が増しています。従来このような確率を計算するプログラムには、非現実的に単純化されたモデルを用いるものや、近似的な計算手法を用いるものしかありませんでした。Rfoldは、二次構造のエネルギーモデルに基づき局所塩基対確率を近似なしに計算することができる初めてのソフトウェアです。配列長をNとしたとき、RfoldはO(NW2)の時間計算量と、O(N+W2)領域計算量で局所塩基対確率の計算を行います。さらにRfoldには、近年その有効性が確かめられてきている、期待精度最大化(Maximal Expected Accuracy)法に基づき、二次構造を予測するアルゴリズムが実装されています。

 
miRRim
キーワード:
HMMs | miRNA
説明:

miRRimは隠れマルコフモデル(HMM)をベースとしたmiRNA遺伝子の予測ツールです。このツールでは、miRNAの進化的、二次構造の特徴が多次元ベクトルシーケンスで表現されています。HMMsは配列の連続値を計算し、ベクトルシーケンスに利用されるモデルです。(オリジナルサイトから翻訳)

 
KAGIANA
キーワード:
アノテーション | シロイヌナズナ | データベース | 遺伝子発現 | オミックス
説明:

開発したKAGIANAは、ユーザーが選択したデータベースから得たサマリー情報を収集できたり、それら興味のあるデータベースにある遺伝子のページへアクセスできたりします。KAGIANAはMirosoft社のExcelをベースとしており、遺伝子発現解析の為の様々なマクロプログラムを提供しています。植物学のオミックス情報を利用する植物研究者の役に立つでしょう。KAGIANAは以下から無料で利用する事ができますhttp://pmnedo.kazusa.or.jp/kagiana/(オリジナルサイトから)。

 
ScreenCap3
キーワード:
カスパーゼ-3|切断部位予測|タンパク質|アミノ酸配列
説明:

カスパーゼ-3基質のスクリーニング、及びその切断部位を予測するツールです。

 
GPCRs Interaction Partners
キーワード:
GPCR | マルチプルアラインメント | ロドプシン | BETA1AR | BETA2AR | A1AR
説明:

GRIPはGPCR多量体化インターフェイスを予測するウェブアプリケーションツールです。このツールではSCDで予測されたインタフェースを提供し、その提供されたインタフェースはJmolを利用して対話的に表示する事ができます。(オリジナルサイトから翻訳)

 
SlideSort
キーワード:
編集距離 | レーベンシュタイン距離
説明:

編集距離を利用してDNAやProtein配列セットから似たペアを高速に探すツールです。(オリジナルサイトから翻訳)

 
CADLIVE
キーワード:
代謝制御 | パスウェイ | シミュレーター | 要素モード分析
説明:

CADLIVE とは、生命ネットワーク(代謝、遺伝子発現ネットワーク)解明のために、GUIを用いてネットワークを構築し、シミュレータと連携可能な形式でデータベースに保存することができるシステムです。複雑な分子間相互作用をもつ生命ネットワークを化学反応式によって記述することができます。本システムはGUIネットワークコンストラクター、仮想ノックアウト変異に対するパスウェイ検索プログラム、グリッドレイアウトプログラム、代謝制御ツールから構成されています。ネットワークコンストラクターは大規模代謝ネットワークマップを作成できます。仮想ノックアウト変異様のパスウェイサーチプログラムは2生物間の全ての可能性を探索するため、ノックアウト変異に対しては応用できます。グリッドレイアウトプログラムは生化学ネットワークマップを2次元グリッド上に自動投射します。ダイナミックシミュレーターは、生化学ネットワークマップを動的モデルに変換し、それらダイナミクスをシミュレートします。代謝制御ツールは要素モードをベースとしたアルゴリズムで開発されました。本システム開発の一部はNEDOプロジェクトからの財政的サポートで実施されました。(オリジナルサイトから)

 
SCARNA Local Multiple
キーワード:
ローカルマルチプルアラインメント | 判別可能なペアワイズアラインメントモデル
説明:

SCARNA_LMはRNA配列のローカルマルチプルアラインメントツールです。Rfold(Phuongがタンパク質のローカルマルチプルアラインメント用に提唱した、効果的なアラインメント構築手法を利用している。)で計算した塩基対確率として二次構造機能を取り込んだ、判別可能なペアアラインメントモデルをベースにしています。(オリジナルサイトから翻訳)

 
tantan
キーワード:
リピート | アラインメント | 予測エラー
説明:

tantanは核酸及びアミノ酸配列から、機能が未知のリピート配列を検出するツールです。2つの配列間でホモロジー領域を探す場合に、間違った予測を防ぐことを目的にしています。tantanはアーカイブでダウンロードできます。(オリジナルサイトから翻訳)

 
DPClus
キーワード:
タンパク質 | 相互作用 | ネットワーク | クラスタリング
説明:

DPClusは主に分子生物学的機能ネットワークにおけるタンパク質相互作用が密な部分をクラスターとして抽出・表示することが出来るソフトウェアです。

 
DAFS
キーワード:
期待精度最大化|双対分解
説明:

"期待精度最大化原理に基づいてRNA構造アラインメントを整数計画問題として定式化し,双対分解によってこれを高速に解くRNA配列アラインメントツールです。DAFSはFASTAフォーマットを入力として、構造アラインメントを出力します。"

 
PMID-Extractor
キーワード:
PDF|PubMed ID (PMID)|Digital Object Identifier (DOI)
説明:

"ユーザの手元にある論文ファイル群(PDFまたはテキスト形式)から、それらのPubMed ID (PMID)をリストとして取得するためのソフトです。文献チェックツールPubMedScanを使う際に、自分の興味ある論文リストをPMIDによって入力しますが、そのリストの作成に利用できます。ファイルの1ページ目にあるDigital Object Identifiers (DOIs, http://ja.wikipedia.org/wiki/デジタルオブジェクト識別子)、 またはタイトル等のテキスト情報をもとに、NCBIに問い合わせて、PMIDを取得します。"

 
Dnemulator
キーワード:
シミュレート|多型
説明:

DNA配列のエラーや多型、シトシンメチル化、バイサルファイト変換をシミュレートするツールです。

 
バイオマスエネルギーの地域自立システム化実証事業
キーワード:
説明:

バイオマスエネルギー導入にあたって必要な、経済的に自立したエネルギー利用システムに関して、以下のように、導入要件・技術指針と具体的な事業モデルを明確化します。
①経済的に自立可能な要件及び要素技術を洗い直し、 導入要件・技術指針としてまとめ直します(木質系、湿潤系、都市型等)。
②実証事業に向けた事業性調査(FS)を行います。
③事業性の見込みのある事業に対し、導入要件・技術指針に合致したモデル実証と、改良が必要な技術の開発を行います。
④開発及び実証の成果を反映させた導入要件・技術指針と共に、事業モデルを公開し、更なる導入促進に貢献します。

 
細胞内ネットワークのダイナミズム解析技術開発
キーワード:
細胞内 | 生体分子 | ネットワーク | ダイナミズム解析
説明:

生体内の様々な生体分子の時間的・空間的な動的変化を検出・解析する技術の開発を行った。開発は2つのテーマがあり、(1)複数種生体分子の細胞内識別技術の開発、(2)細胞内の複数種生体分子同時解析技術の開発である。(1)では、解析対象の生体分子につける発光タンパク・蛍光抗体などを用いた標識の開発を行った。また、標識した生体分子を細胞内に導入するセミインタクト細胞を利用した技術の開発を行った。(2)では、3次元分子識別撮像システムなどの解析装置を開発した。

 
グリコクラスター制御生体分子合成技術
キーワード:
調査中
説明:

糖鎖は、タンパク質や脂質とともに生体に必須の化合物で、生物が機能するうえでのエネルギー源やウイルス感染等の細胞認識反応に重要な役割を果たしています。 本研究開発では、未利用の糖質を原料に、高度な生理機能を持った複雑で多様な構造の糖鎖集合体や糖鎖複合体(グリコクラスター)を任意に設計・合成する技術を開発するとともに、糖鎖及びグリコクラスターを利用した新たな機能性材料を創製する要素技術の開発を目指します。 平成14年度は、酵素法による糖鎖自動合成装置の開発と要素技術である新規固定化糖転移酸素の大量発現法、固定化技術などの開発、リサイクル可能な固体超強酸触媒を用いた糖鎖合成技術の開発を行います。また、特異的糖鎖クラスター導入技術及び糖鎖トポロジー制御技術の開発、コンピューター支援による新規高性能糖鎖・糖脂質化合物の開発を行います。(出典:NEDO H13成果報告書より)

 
統合データベースプロジェクト
キーワード:
データベース|解析ツール|成果物|ポータル|統合
説明:

経済産業省からの委託を受け、経済産業省関連機関により実施されたライフサイエンス分野の研究開発プロジェクトの成果であるデータベースに関する情報提供サイトを構築・運用します。また、ヒト遺伝子に関連した各種研究成果に関しては、平成17〜19年度に実施したゲノム情報統合プロジェクトにおいて構築した、ヒト全遺伝子のアノテーション統合データベース (H-Invitational DB: http://www.h-invitational.jp/) を基礎として、経済産業省関連の研究成果を連携して利用できるシステムを構築します。

 
生体機能国際協力基礎研究事業
キーワード:
説明:

生体機能国際協力基礎研究(Human Frontier ScienceProgram:HFSP)は、日本が1987年のベネチア・サミットの場で提唱し、1989年に設立した国際研究支援制度です。この制度を実施するため、「生体が持つ複雑なメカニズムの解明」をテーマとした基礎研究分野における国際貢献を目的とする国際機関(国際HFSP推進機構)に拠出し、生命科学分野の研究の推進に貢献していきます。国際HFSP推進機構の主な助成事業は、研究グラント事業(2ヶ国以上の研究者による国際共同研究チームに対して研究費の助成)、フェローシップ事業(若い研究者に対して国外で研究を行うための助成)、キャリア・デベロップメント・アワード事業(HFSPのフェローシップ事業の支援を受けた研究者が帰国時に独立した研究を実施するための助成)です。現在までに研究グラントを受けた研究者の内、25名がノーベル賞を受賞しています。

 
国際基準化に向けた心毒性評価法確立のための細胞製造・計測技術の開発
キーワード:
説明:

本プロジェクトで製造されたiPS細胞由来心筋細胞や開発した計測装置は、国立医薬品食品衛生研究所が主導する研究班(研究代表者:関野 祐子)で評価を受け、そのフィードバックを元に改善を加えつつ、製品化を目指します。

 
タンパク質機能解析関連データベースの統合化と成果普及事業
キーワード:
ヒト|発現プロファイル
説明:

NEDO事業「タンパク質機能解析・活用プロジェクト(平成12〜17年度)」と「遺伝子多様性モデル解析プロジェクト(平成12〜17年度)」の成果普及とバイオ情報基盤構築を目的として、構築した各種データベースの統合および公開を行う。本事業で統合・公開の対象としたデータベースは次の通りである。(1) 組織特異的転写物発現頻度データベース(iAFLP-DB)、(2) スプライシングバリアントデータベース(SV-DB)、(3) 遺伝子多様性データベース(H-GOLD)

 
課題解決型福祉用具実用化開発支援事業
キーワード:
説明:

NEDOは、すぐれた技術や創意工夫のある実用的な福祉用具の開発に取り組もうとする事業者を支援するための助成金を交付しています。助成事業の内容は次のとおりです。
1.開発期間: 3年以内
2.助成率  : 2/3以内
3.助成金額: 年間最大 2000万円以内
4.助成実績: 平成5年度から助成金交付を開始、平成26年度までに216件を採択。

 
微生物機能を活用した環境調和型製造基盤技術開発
キーワード:
説明:

本事業では、廃水処理において、従来は経験的に用いられてきた微生物群の構成等を制御することにより、高効率な廃水処理が可能な技術の開発を行っています。この成果により大きな電力消費削減効果が期待されます。

 
化合物等を活用した生物システム制御基盤技術開発
キーワード:
調査中
説明:

研究開発項目は、「タンパク質の相互作用解析等により創薬ターゲット候補・疾患メカニズムを解明する技術の開発」を目的として、1タンパク質ネットワーク解析技術の開発、2タンパク質相互作用情報の検証技術の開発、3タンパク質相互作用予測技術の開発、4疾患関連遺伝子探索技術の開発、を行っている。また、「生物機能を制御する化合物等を探索・評価する技術の開発」を目的として、5化合物等の探索技術の開発、6化合物等の高機能化技術の開発、7化合物等の評価技術の開発、を行っている。(出典:NEDO成果報告書H19年度分中間年報より)

 
再生医療の産業化に向けた細胞製造・加工システムの開発
キーワード:
説明:

具体的には、対象となる疾患や適用する術式に対応した再生医療製品及びその原料となるヒト幹細胞を製造・加工する上で必要となる、拡大培養、分化誘導(培養)、品質管理(評価)、加工、保存(凍結・解凍)等の各プロセス及びプロセスの正確性・確実性を担保するための工程管理技術について、個別要素技術の自動化装置や培地・基材等の周辺製品を開発します。更に、これらを最適に組み合わせて連携させた製造システムを構築し、実際に製造を行い評価します。これにより、ヒト幹細胞を応用した再生医療製品開発の促進や再生医療製品及び再生医療周辺製品の国際競争力強化を図ります。

 
環境中微生物の高精度・高感度モニタリング技術の開発
キーワード:
組換え微生物 | モニタリング | カルタヘナ法
説明:

環境中の宿主あるいは組換え微生物等の特定の微生物、及びそれらを含む微生物相を高精度・高感度・迅速に検出し、定量解析する技術の開発、及び、特定環境を模したモデル微生物生態系を構築しそれらの動態を評価するための試験手法の開発によってライフサイエンス分野の安定性の基盤を整備する。(出典:NEDO事後評価書より http://www.nedo.go.jp/iinkai/kenkyuu/hyouka/18h/13/4-2-4.pdf )

 
バイオインフォマティクス関連データベース整備
キーワード:
ヒト完全長cDNA国際アノテーションジャンボリー | 統合バイオデータベースシステム | ヒト完全長cDNA | 比較ゲノム | アノテーションシステム
説明:

本事業では、ヒトゲノム研究成果の共通研究基盤としての統合データベースの開発・提供に取り組み、ヒトゲノムに関する有用なバイオインフォマティクス関連データベースと各種解析用のソフトウエアを統合的に利用できるシステムを整備する。また、ヒトゲノムのアノテーション研究を実施し、ヒト遺伝子とタンパク質に関する生物学的な知識や他の生物の関連情報をデータベース化する。さらに、以上に必要な情報処理技術の研究開発や、比較ゲノム解析等を用いたゲノム配列からの情報抽出に関する基礎研究も推進する。これらの研究開発によって、基礎科学としてのバイオインフォマティクスの発展に寄与するだけでなく、広く産業界等へバイオ情報の高度な利用環境を提供することにより、我が国のバイオ産業における技術開発の促進に貢献する。

 
未来医療を実現する先端医療機器・システムの研究開発
キーワード:
説明:

具体的には、以下の研究開発を実施します。
1.先端医療機器の開発
高い安全性と更なる低侵襲化及び高難度治療を可能にする軟性内視鏡手術システム、麻痺した運動や知覚の機能を回復する医療機器・システムを開発します。
2.安全性と医療効率の向上を両立するスマート治療室の開発
未来型治療システムの効果確認と普及促進のためのプロトタイプとして、上記1.で開発した先端医療機器と医療機器連携システム(共通操作基盤)を組み込んだ高機能スマート治療室を開発します。

 
二本鎖RNA発現ベクターを用いた変異マウス作製法の開発
キーワード:
RNA干渉 | 組織特異的変異マウス | 疾患モデル動物
説明:

二本鎖RNA発現ベクターを新規に開発し、RNA干渉による特異mRNAの分解を利用した、新たな変異マウス作製法を見出してきたが、この方法は、ES細胞での相同組換えを用いた従来法と比較して、大幅な作製期間の短縮を可能にするものである。本研究では、二本鎖RNA発現ベクターを用いて、種々の遺伝子の組織特異的変異マウスを効率良く作製する方法を開発する。また、変異ラット作製の応用研究も行う。ここで開発される基盤技術は、種々の遺伝子機能の解析や疾患モデル動物の作製、多因子疾患の診断法や治療薬の開発などに貢献する。(出典:NEDOパンフレット http://www.nedo.go.jp/kibanbu/pamphlet/pamph_1605.pdf )

 
ゲノム情報に基づいた未知微生物遺伝資源ライブラリーの構築
キーワード:
未知微生物 | 遺伝資源 | ライブラリー
説明:

経済産業省が推進する生物機能活用型循環産業システム創造プログラムの一環として、「ゲノム情報に基づいた未知微生物遺伝資源ライブラリーの構築」プロジェクトが開始された。本プロジェクトでは地球上に存在する180万種を超えると言われている難培養微生物などの未知な微生物の分離培養技術を開発し、その遺伝子資源の探索に必要な技術を開発し、その技術を用いて未知な微生物遺伝資源の収集、新規な有用遺伝子機能解析などを行うことによって我が国の知的基盤の強化を目的として研究開発を行った。また、化石資源に大きく依存している現在の化学工業による生産システムは、環境への負荷がより少ないシステムへの変革が求められている。化学工業での化学反応の多くは、生態系の中で微生物を主とする各種生物によっても行われている。特に微生物は、多様な物質を合成・分解できるので、これらを組み合わせて利用すれば、バイオ中心の生産システムをつくることができると期待されている。しかし微生物の多くは培養が困難で、微生物のポテンシャルを十分利用できていないのが現状である。そこで、このプロジェクトを実施するに当たり、先ずは、「遺伝子を自在に組み合わせて新しい機能を創る」ための材料となる未知微生物および難培養微生物のDNA(デオキシリボ核酸)等の遺伝資源を取得する技術を開発し、その技術を用いて国内外の海洋生物や海洋環境から多様性に富んだ微生物遺伝資源の獲得を行っていった。収集した微生物遺伝資源は分子系統解析などを行い、ゲノム情報に基づいた生物遺伝資源ライブラリーの構築を行った。こうして得られた微生物遺伝資源ライブラリーの有用機能解析を行い、産業上有用な物質、有用酵素遺伝子の取得、構造や配列の決定を行った。この際、国内の産官学の多くの研究機関に収集したライブラリーを提供し、その機能評価を効率的に行っていくことにより、新たな産業と雇用の創出に貢献することを目的として研究開発を行っている。(出典:成果報告書より)

 
幹細胞実用化に向けた評価基盤技術開発プロジェクト
キーワード:
説明:

具体的には、以下の研究開発等を実施します。

①幹細胞の品質評価、選別装置を開発します。

②幹細胞を効率的、安定的に培養する装置や培地等を開発します。

③確立した培養、品質評価技術に関する国際標準化(ISO等)を進めます。

 
蛋白質発現・相互作用解析技術開発
キーワード:
調査中
説明:

ゲノム解読で明らかとなった生体内の多数タンパク質の機能を生体外で、多数を同時、かつ迅速に解明するため、多数の蛋白質を機能をもって発現させる技術、迅速にその相互作用を解析する技術を開発する。これをもとに系統的な創薬スクリーニング技術などの生産性向上技術を開発し、新規産業の創出をめざす。

 
基礎研究から臨床研究への橋渡し促進技術開発 アルツハイマー病総合診断体系実用化プロジェクト
キーワード:
アルツハイマー病|脳画像
説明:

研究開発テーマは下記の通り。1)AD臨床評価の標準化研究 (http://www.j-adni.org/)健常者、Mild Cognitive Impairment(MCI)、軽度のADの3ステージにおける脳画像データ、臨床データ、生化学データ等を取得しデータベース化する。3年間の経過を追跡し、画像変化を解析することでAD発症の画像診断の標準化研究を行う。2)J-ADNI画像解析ソフトウェア開発研究1)にて取得した脳画像データのデータベース構築と画像統計解析手法を用いて経時的変化を高精度に抽出するソフトウェアの開発を行う。3)AD、Mild Cognitive Impairment診断マーカーに関する技術開発正常及びAD剖検脳を病変の進展を反映する遺伝子発現解析を行い、感度、精度共に高いオリジナルなバイオマーカーを同定し、これらが脳脊髄液、末梢血で病勢をモニターすることに適しているかの検証等を実施しながら、AD、MCI診断マーカーに関する技術開発を行う(バイオテクノロジー開発技術研究組合より引用)。

 
既存化学物質安全性点検事業の加速化
キーワード:
化学物質 | 安全性 | 化学物質特性 | 分解性 | 蓄積性
説明:

成果の要約:・定量的な構造活性相関(SAR)手法による化学物質特性予測システムの構築・既存化学物質の分解性・蓄積性試験等の実施と安全性の確認

 
基礎研究から臨床研究への橋渡し促進技術開発 遺伝子発現解析技術を活用した個別がん医療の実現と抗がん剤開発の加速
キーワード:
抗がん剤感受性遺伝子群 | 臨床がんサンプル | 遺伝子発現情報
説明:

研究開発テーマは下記の通り。1. 細胞株を用いた抗がん剤感受性遺伝子群の同定企業が開発中の抗がん剤、並びに、臨床で使用されている抗がん剤の感受性を評価できる遺伝子群を細胞株の遺伝子発現解析と薬剤感受性試験で同定する。2. 臨床がんサンプルを用いた抗がん剤感受性遺伝子群の有効性検証臨床拠点および共同研究先で取得したがんサンプルの遺伝子発現解析を行い、臨床情報を統合したデータベースと照合解析し、上記感受性遺伝子群について、臨床での有効性を検証する。3. 遺伝子発現情報の解析による創薬標的遺伝子等の同定これら細胞株及び臨床がんサンプルの遺伝子発現情報を再解析し、同種がん内の多様性、個性に対応する新規がんマーカー遺伝子及び新規抗がん剤標的遺伝子を探索・同定する。

 
革新的バイオマテリアル実現のための高機能化ゲノムデザイン技術開発
キーワード:
説明:

組換え微生物等バイオ技術による物質生産は、従来化学合成できなかった材料を高効率に生産できる技術として期待されています。しかし、生物内の遺伝子の働きが複雑なため想定外の抑制反応を起こすことがある、多数の遺伝子の組み込み作業は煩雑で時間がかかる試行錯誤となる、等の課題があり、実用化が十分図られていない状況にあります。このため、本事業では、微生物内の遺伝子の反応全体をシミュレートする技術の開発を行うとともに、実験室レベルで制御領域も含む長鎖の遺伝子を合成し、安定的に細胞に組入れる技術の開発を行います。こうした革新的なバイオものづくり技術を用い、これまで存在しなかった新材料の生産や新たな製造技術の基盤等を開発し、我が国が抱えるエネルギー問題の解決に貢献する技術の実現を目指します。

 
立体造形による機能的な生体組織製造技術の開発
キーワード:
説明:

我が国が強みを有する細胞を立体造形する技術を活用し、画期的な再生医療製品を世界に先駆けて実用化することにより、我が国の医療機器産業等の国際競争力強化に貢献します。

 
タンパク質−汎用低分子医薬品相互作用の重点的解析による創薬研究のための基盤技術開発
キーワード:
低分子化合物相互作用解析技術 | ドッキング予測 | 新規創薬標的タンパク質 | 新医薬品分子設計
説明:

ヒト由来のタンパク質と低分子医薬品との相互作用を解析し、創薬研究の新しい基盤技術を確立する。その為、タンパク質−低分子化合物相互作用解析技術を確立し、効率的な相互作用解析が可能なレベルまで完成させる。次に、創薬研究の見地から重点的に選択されたヒト全長cDNA由来のタンパク質と低分子医薬品との相互作用情報を取得し、この情報と医薬品の構造、物性、薬理作用、適応疾患、副作用およびタンパク質の構造・機能の情報に関するデータベースを構築する。さらに、取得した相互作用解析データの解析・評価に基づき、新規創薬標的タンパク質候補を見出し、見出された創薬標的タンパク質候補に適合した新医薬品の分子設計を可能にするための知識ベースと理論を構築する。(出典:H16年度委託事業成果報告書)

 
生物機能を活用した生産プロセスの基盤技術開発
キーワード:
汎用的宿主細胞 | 宿主細胞創製技術 | 細胞モデリング技術 | 微生物遺伝資源ライブラリー
説明:

国家産業技術戦略(平成12年4月)においてバイオテクノロジー産業化の取り組みとして環境・工業プロセス分野の重要性が認識された後、本プロジェクトは、幅広い産業分野の企業経営者で設立された「グリーンバイオ戦略フォーラム」(平成11年設立)で検討され、日本新生プランの中で行われる環境バイオ推進のための「グリーンバイオイノベーションプログラム」の一環として、平成13年度からスタートした。実験および理論的手法を組合せ、生産目的に合わせて微生物を設計・改変し、物質生産を効率的に行う宿主細胞を創製するための技術開発を行うとともに、物質生産に有用な微生物遺伝資源を探索・整備することにより、バイオプロセスの技術基盤の確立を目指す。(JBAサイトより)

 
セルロース系エタノール生産システム総合開発事業
キーワード:
説明:

食糧と競合しないセルロース系エタノール生産の研究により、事業化に向けたコスト低減を目指します。
①実用化レベルにあるエタノール生産の要素技術について、技術の総棚卸しを行い、最適な技術の組合せを検討します。
②上記検討結果を踏まえ、セルロース系バイオマス原料と適合性の高い前処理技術、コスト低減のための糖化技術及び発酵効率向上技術の組合せ評価等、大規模一貫生産システムの事業化に向けた開発を大型実証試験設備レベルで行います。
③米国等の最新の開発動向、持続可能性の評価方法等についての調査研究を実施します。

 
ライフサイエンスデータベースプロジェクト
キーワード:
データベース|解析ツール|成果物|ポータル|統合
説明:

平成20?22年度に実施した経済産業省「統合データベースプロジェクト」の後継プロジェクトです。経済産業省からの委託を受け、経済産業省の関連機関により開発されたライフサイエンス分野の成果物(データベース、解析ソフト)と関連する研究開発プロジェクトの情報提供するポータルサイトMEDALSを構築・運用しています。また、科学技術振興機構(JST)のバイオサイエンスデータベースセンター(NBDC: http://biosciencedbc.jp/)でのデータ統合を目指して連携しており、ここで整備・開発した情報データ、技術等を逐次NBDCへ移管することも行っています。

 
高機能簡易型有害性評価手法の開発
キーワード:
調査中
説明:

化学物質のリスク評価においては、一般的に細菌等を用いた簡便な試験や動物を用いた長期間の毒性試験によって評価の基礎となる有害性情報を取得していますが、このような簡易試験で得られる情報の種類は限られており、また長期毒性試験についてはその費用や効率が課題として指摘されています。これらの欠点を補う手法として培養細胞を用いた手法が注目されており、近年急速に発展してきた生命科学の手法と組み合わせて、短期間で精度良く効率的に有害性情報を取得する簡便な試験系を実現できる可能性が拓けてきています。また、短期動物実験から遺伝子発現解析によって長期毒性試験の結果を予測する手法が検討されるなど、その応用の拡大も期待されています。 本プロジェクトは、遺伝子導入、幹細胞分化誘導、遺伝子発現解析等の近代生命科学を培養細胞や動物を用いた短期試験に活用し、高機能で簡易な有害性評価手法を開発することを目的とし、化学物質のリスク評価管理の効率的な実施への貢献を目指します。(出典:NEDOプロジェクト 高機能簡易型有害性評価手法の開発 事業・プロジェクト概要 2013年2月21日時点)成果物の一部(ラット毒性データ)はNCBI-GEOから公開されています( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE45650 )

 
機能性RNAプロジェクト
キーワード:
機能性RNA|non-coding RNA|バイオインフォマティクス|機能解析|ツール開発
説明:

近年の研究により、我々哺乳類を含む高等生物の細胞中には、従来のタンパク質をコードするRNAとは異なり、タンパク質をコードしていないにもかかわらず転写されるnon-coding RNA(ncRNA:非コードRNA)が多数存在することが明らかになりました。これらは、機能性RNAとして、発生や細胞分化の過程において重要な役割を果たしており、がんや糖尿病などの疾患の発生にも深く関わっているものと考えられています。本プロジェクトでは、バイオインフォマティクスの活用による機能性RNAを推定する技術の開発、機能性RNA解析のための支援技術・ツールの開発、および機能性RNAの機能を解析することにより、本研究分野における我が国の優位性の確立を目指します。また、本プロジェクトにおける成果を素早く特許化することにより、将来的な医療・診断分野における新産業の創出に貢献します。(出典:NEDOプロジェクト 機能性RNAプロジェクト 事業・プロジェクト概要 2013年2月21日時点)

 
糖鎖の極微量構造解析技術開発研究
キーワード:
NMR法 | 質量分析 | 天然糖鎖 | 合成糖鎖ライブラリー | 立体構造 | 配列化
説明:

天然に見いだされる糖鎖構造の代表として3糖ライブラリーをとらえ、1. これを有機化学的手法で合成し、2. NMR法により構造を決定、さらに3. 質量分析法を用いて結合エネルギー等に由来する物理化学的性質を抽出して、4. 単位構造データベースとする。天然からの糖鎖構造の推定には同様の質量分析を行い、そのエネルギープロファイルをデータベースに参照する。合成糖鎖ライブラリーは、天然の構造を反映するように設計されているので、この中には天然糖鎖の分析で現れるフラグメントイオンが含まれる。したがって、これらの両者を比較すれば、糖鎖の立体構造を含むシーケンシングが可能となる。(出典:H18年度成果報告書)

 
幹細胞産業応用促進基盤技術開発
キーワード:
説明:

以下の研究開発を実施しています。

①ヒト由来のiPS細胞から心筋細胞等を効率的に作製する技術を実現します。

②ヒト由来のiPS細胞から作製された心筋細胞等を用いて、医薬品の安全性を評価するためのシステム・装置を実現します。

 
個別化医療に向けた次世代医薬品創出基盤技術開発
キーワード:
説明:

次世代医薬品創出のため、産学官が一体となり、以下の研究開発を実施します。

①IT創薬技術(IT技術及び天然化合物技術を用いた疾患原因タンパク質の分析、結合の最適化、スクーリング)
②次世代抗体医薬等の安定生産技術(高度な製造設備により次世代医薬品創出を実現)
③体内動態把握技術等(治験前に薬剤の体内動態を把握し、治験成功率を向上)

 
siRNA発現ライブラリーを用いた迅速な標的探索と医薬品開発
キーワード:
siRNA 発現ライブラリー | ゲノム創薬
説明:

本試験研究は、ゲノム創薬の標的遺伝子探索から医薬品化までサポートする創薬プラットフォームを開発する。具体的には、我が国で整備されたヒト完全長cDNAライブラリーを原料としたsiRNA発現ライブラリーを作製し、標的遺伝子の効率的選択を行うと同時に、治療薬としてのsiRNA配列決定法を開発し、創薬プラットフォームを構築する。モデル疾患として閉塞性動脈硬化症及びがん新生血管形成を取り上げ、それぞれの標的遺伝子探索、siRNA薬設計を行う。 http://www.nedo.go.jp/kibanbu/saitaku/15h/life_jeno.html

 
環境・医療分野の国際研究開発・実証プロジェクト/先進的医療機器システムの国際研究開発及び実証
キーワード:
説明:

本事業では、海外各国、特にアジアを対象として、現地ニーズに合致した医療機器インフラ・システムの開発を進めることを目標としています。そして、現地国と共同で研究開発および実証される医療機器インフラ・システムは、海外各国・地域に展開する契機になると期待されます。
本事業で実施中のテーマは、次のとおりです。
(1) 革新的通信技術を用いた内視鏡診断支援システムの海外展開
(2) 人工透析管理システム構築に係る研究開発・実証

 
戦略的ヒトcDNAゲノム応用技術開発
キーワード:
スプライシング・バリアントの取得技術|タンパク質の大量発現技術|タンパク質の発現頻度解析技術|タンパク質相互作用解析技術|細胞レベルでのタンパク質機能解析技術|モデル動物を活用したタンパク質機能解析技術
説明:

完全長および長鎖ヒトcDNAクローンの塩基配列を決定し、さらにその一部の機能解析を行った。さらに付帯事業として、広く会員企業を募集して「成果利用コンソーシアム」を組織し、会員企業からの特許出願等の知的財産化を促進した。全体で9,071個のcDNA全長配列を解析し、7,604個の全長配列データを開示した。また2,212個の完全長cDNAクローンについて国際データベースである日本DNAデータバンク(DDBJ)にて公開し、国際的なゲノム研究にも貢献できた。

 
自己集合性タンパク質に基づくバイオマテリアル創成基盤整備事業
キーワード:
再生医療 | 自己集合性蛋白質複合体 | バイオマテリアル | 水中接着タンパク
説明:

新規自己集合性蛋白質複合体研究は、再生医療実現のための重要な根幹技術のひとつである新規バイオマテリアルの開発及び、ナノテクノロジーの根幹技術である新規ナノファブリケイション技術の開発の両者に共通した新たな概念を提供してくれる。本事業は、自己集合性多機能蛋白質複合体である海洋生物の水中接着物質研究等を通した、新規ペプチド性材料の開発を目的とする。水中接着は、基盤表層の水との競合、多様な基盤への吸着、自己集合、酵素蛋白質等の固定化、水解や微生物分解からの蛋白質保護といった複数のサブ機能よりなり、生物由来の水中接着物質はそれらを総べて克服している。それら新規蛋白質複合体の解析(配列多様性、物性発現機構、構造・物性、組み換え技術開発、分子デザイン)を通して、新規ペプチド性バイオマテリアル開発および、その新規原理の解明を通した新たなナノファブリケイション技術開発を目指すものである。(出典:NEDOパンフレット http://www.nedo.go.jp/kibanbu/pamphlet/pamph_1605.pdf )

 
化学物質総合リスク評価管理システムの開発
キーワード:
化学物質|リスク評価管理
説明:

調査中

 
再生医療の産業化に向けた評価基盤技術開発事業
キーワード:
説明:

本事業では、我が国の再生医療等製品の優れた技術シーズの製品化を促進させるべく、承認審査、適合性評価等に当たって事業者が示すべき安全性・有効性等の評価手法の開発を行います。具体的には、個々の再生医療等製品に特有となる安全性・有効性及び製造・加工プロセス変更時の同等性等に関する評価項目やその指標等を明確にし、合理的な評価手法を開発することによって、後続の再生医療等製品の実用化・産業化基盤を整備します。

 
医用化合物スクリーニング支援システム
キーワード:
調査中
説明:

新薬開発には通常、開始から市場に出るまでに10−15年もの歳月がかかります。目的の生物活性をもつ化合物(リード)を見つける段階に始まり、化合物の改良、ヒトでの有効性・安全性の確認などの膨大な研究開発過程を経てはじめて一つの医薬が完成します。リードの構造に基づいて化学合成される多数の化合物から、薬効・物理的特性・副作用などの観点から厳しい基準を満たす医薬候補を確実に創り出すためには、適切なリードを選ぶ必要があります。本研究開発では、リード探索の目的で行なわれる数十万もの化合物を対象にしたスクリーニングから得られる数百の活性化合物の構造を、コンピュータを用いて合理的に解析するプログラムシステムを開発することをめざします。薬物の作用の標的となる蛋白質の構造が未知の場合には活性化合物の構造に基づいて活性発現に必須な構造要素を推定し、蛋白構造情報が使える場合にはドッキング法を用いて薬物分子と標的蛋白との相互作用を推定することにより、リードの適切な選択と最適化を支援します。

 
後天的ゲノム修飾のメカニズムを活用した創薬基盤技術開発
キーワード:
説明:

本事業では、後天的ゲノム修飾を標的としたがんの診断及び新薬開発に必要となる基盤を構築するため、がんに特異的な後天的ゲノム修飾を特定する高感度な解析技術や情報処理技術を開発し、その実証を行います。

開発した技術については、後天的ゲノム修飾を解析するがんの診断装置として実用化を目指すとともに、後天的ゲノム修飾を標的とした医薬品の開発に応用することにより、患者それぞれの疾患原因に応じた最適な医薬品を提供する個別化医療の実現に貢献します。

 
ゲノム創薬加速化支援バイオ基盤技術開発
キーワード:
説明:

以下の研究開発を実施します。

1)創薬で重要な膜タンパク質の立体構造等を解析し、その情報を用いて効果的な創薬を行うための基盤技術を開発

2)創薬リード化合物候補となりうる広いケミカルスペースを持った天然化合物の生産に関わる生合成遺伝子の解析と、それを応用した化合物生産を効率的に行う技術を開発

 
特許微生物寄託機関関係経費
キーワード:
説明:

 
タンパク質機能解析プロジェクト
キーワード:
調査中
説明:

世界では、ヒトの遺伝子情報いわゆるヒトゲノムのDNA塩基配列の解析が終了しました。このヒトゲノムのうち、約5%が遺伝子すなわち生命活動で重要な働きを担うタンパク質の情報に相当します。本事業では、ヒトの生命活動を担うタンパク質の機能の解明と活用を目指して、ヒト完全長cDNA、ヒトゲノムDNA塩基配列情報等を活用して、タンパク質の機能解析のための技術開発と、その機能解析を進め、生物情報基盤の整備と解析装置の開発を行います。ヒト完全長cDNAやスプライシング・バリアントcDNAを有効活用できる各種ベクターとタンパク質の大量発現技術の開発と整備を行うとともに、ヒト遺伝子の発現頻度情報の取得・整備、相互作用するタンパク質群の同定や構造解析、細胞やマウスなどのモデル動物を用いたタンパク質機能解析、細胞やマウスなどのモデル動物を用いたタンパク質機能解析を可能にするための技術開発を行います。また、従来困難であった弱いタンパク質相互作用の解析技術と近年注目を浴びているsiRNA(short interfering RNA)を用いたタンパク質機能解析技術の開発も手がけています。(タンパク質機能解析・活用プロジェクト 事業・プロジェクト概要( http://www.nedo.go.jp/activities/ZZ_00045.html )より引用)

 
医工連携事業化推進事業
キーワード:
説明:

高度なものづくり技術を有する中小企業・ベンチャー等の医療機器分野への新規参入や、医療機関との連携・共同事業を促進し、安全性や操作性の向上など医療現場のニーズに応える医療機器の開発・事業化を促進します。

 
早期診断・ 短期回復のための高度診断・治療システムの開発 共焦点レーザ顕微鏡による 全染色体画像解析診断装置
キーワード:
調査中
説明:

全染色体を一度に限られた時間で直接的に解析し、染色体の異常(増幅/欠損)の有無、並びに場所の固定が可能となり、癌、糖尿病などの成人病ばかりでなく、遺伝子欠損病の予知、早期診断、予後予測を容易に行うことができる。このため、早期治療が可能となり、発病以前に対策をとることにより患者数を減らし、早期に予後を予想しつつ治療を行うことにより、危篤患者数を少なくできる。この結果、国民のQOL(Quality of Life)を高めるとともに、全体的な医療費のコスト削減に大きく寄与する。具体的には、発病の未然防止や遅延、最適な投薬治療や手術が可能となり、不必要、不適格な治療が減少する。(出典:NEDO分科会資料より http://www.nedo.go.jp/iinkai/hyouka/houkok/15h/55.pdf )

 
タンパク質機能解析・活用プロジェクト
キーワード:
調査中
説明:

当プロジェクトは以下の7つのサブテーマに従って、研究が進められた。1.大量発現2.発現頻度解析13.発現頻度解析24.相互作用解析5.細胞レベルの機能解析6.モデル動物を活用した機能解析7.総合調査研究

 
科学技術振興機構(JST)バイオインフォマティクス推進事業(BIRD)
キーワード:
酵素|反応
説明:

酵素に自動的に機能分類させるには、既存の酵素分類をコンピュータに教えておく必要があります。なぜなら、機能が分からない酵素がどのような機能を持っているか調べるには、機能が分かっている酵素のうち似た形を持ったものを探すからです。それゆえに、なるべく多くの酵素の機能をコンピュータに与えておいた方が予測の精度がよくなります。似た形を見つけるといっても、蛋白質全体の形を見るのではなく、酵素反応に関係がある部分(反応部位)だけ形が似ているか調べます。そのために、機能既知の酵素を反応部位だけ切り取ったテンプレートに変換しておきます。コンピュータはこのテンプレートと機能が分からない蛋白質を見比べて酵素反応を予測します。我々が開発しようとしている「酵素反応予測システム」はこのようなシステムです。また、このシステムを使って新たに機能が分かった酵素の反応部位をこれまでのテンプレートのセットに加えて、システムの精度をさらに改良していきます。

 
定位的がん治療装置
キーワード:
調査中
説明:

肺や肝臓の正常組織は放射線の影響を比較的受けやすいため、必要な放射線量をがん病巣に照射することが難しい状況にある。これらの臓器は、呼吸や内臓の運動により絶えず動いているため、放射線の焦点を定めにくく、十分な治療効果が得られない状況にある。そこで、全身の部位に適用できて周囲の正常組織にほとんど障害を与えること無く病巣部のみに高いX線を与えることにより効果的な治療が行える定位的がん治療装置の実現が望まれており、本研究開発により開発した。本研究開発では、全身の病巣部に適用できて病巣部の変位に対してX線照射の焦点を合わせ、定位的かつ定量的にX線を照射し、周囲の正常組織にほとんど障害を与えること無くがん病巣部のみ高い線量を与え、効果的な治療が行える定位的がん治療装置を開発することを目的とした。本装置は、マイクロトロンを用いた照射源のスキャン機構と治療台の移動機構を組み合わせた位置制御とビーム制御を有機的に行わせる方式とした。そして、X線CT装置等によるがん病巣部の画像情報からがん病巣部の位置及び必要な照射量を求める治療計画装置、呼吸等によるがん病巣部の動きに同期して患者に定位的かつ定量的にX線照射を行う照射ヘッド及びがん病巣部の位置に応じて的確なX線照射を受けられるように位置あわせを行う治療等から構成される定位的がん治療装置を開発した。(H8年11月 成果報告書より)

 
IT融合による新社会システムの開発・実証プロジェクト
キーワード:
説明:

[案件の例]
【都市交通】?パーソナルモビリティのスマートシェアリングシステムに関する研究開発 ?人の属性、場所、時間情報等に応じたコンテンツ等と融合する新しいパーソナルモビリティシェアリングシステムの開発
【ヘルスケア】?脳画像・臨床・ITの融合によるアルツハイマー病超早期診断と先制医療の実現 ?アルツハイマー病の超早期診断と正確な診断に基づく先制医療を、高度なIT技術により脳画像、臨床情報等により可能とする技術の開発
【農商工連携】?スマートリーン農業アーキテクチャの開発と農業生産支援サービス事業の世界展開、土壌の状態、農産物品質等の継続的なモニタリングから得られる大規模データ等を利用して、市場競争力のある高品質農作物の生産・出荷を支援するサービスの開発
【データ処理基盤】?リアルタイム大規模データ解析処理基盤の研究開発 ?高度なデータ解析機能を有するリアルタイム処理システム及び当該システムが必要とするデータの高速アクセスを可能とするデータストアを開発

 
遺伝型−表現型データベースのデータ記述形式標準化事業
キーワード:
遺伝型−表現型データベース | 標準化
説明:

世界中の遺伝型−表現型データベースは、それぞれ独自フォーマットでデータを格納しており互換性がありません。そこでデータ記述形式の標準化を行うことにより、全てのデータベースを統合利用できるようにします。これにより、NEDO遺伝子多様性モデル解析事業で作成した遺伝型−表現型データベースも統合利用可能となり、プロジェクト成果を世界にアピールするとともに他国のデータを利用できるようになります。平成18年度に遺伝型−表現型データの記述形式の規格案を作成し、OMGにおいて初版提案が採択されました。また、平成19年度は定められた評価プロセスと改善版の提案とを実施し、採択されました。平成20年度に最終プロセスを実施し、国際規格が確定しました。

 
標準SNPs解析
キーワード:
SNPs|日本人|アレル頻度
説明:

ゲノムインフォマティクス

 
染色体解析技術開発
キーワード:
染色体異常データシステム|個別化医療実現のために必要な日本人ゲノム多型のデータ収集と情報データベース構築
説明:

具体的には、これまでの成果をさらに発展させ、癌や遺伝疾患などの臨床検体を用いた解析を進めるとともにヒトゲノム多型データベースを構築する。その成果に基づいて癌及び遺伝性疾患の診断に適したBAC DNAを選別し、それらを搭載した診断用ゲノムアレイを開発する。一方では、解析精度、再現性、簡便性を満たす臨床診断用全自動染色体異常解析装置の開発を行い、癌及び遺伝性疾患を診断するための染色体異常解析システムを確立する。そしてこれらを総合することにより、染色体異常の解析に基づいた癌及び遺伝性疾患の個別化医療を実現させるための基盤を構築する事を目的とする。

 
土壌汚染対策のための技術開発(VOCの微生物等を利用した環境汚染物質浄化技術)
キーワード:
説明:

バイオレメディエーションに利用する微生物の安全性を評価する手法や環境中に存在する微生物群を包括的にモニタリングするための手法を、大学・研究機関、企業、関係省庁連携の下開発します。

 
糖鎖エンジニアリングプロジェクト
キーワード:
調査中
説明:

平成15〜18年度に実施した健康安心プログラム/糖鎖エンジニアリングプロジェクト/糖鎖構造解析技術開発,独立行政法人新エネルギー・産業技術総合開発機構の一環として開発した糖鎖解析ツールである。(参考:NEDO事後評価書 http://www.nedo.go.jp/iinkai/kenkyuu/bunkakai/18h/jigo/33/1/5-3.pdf )

 
微粒子利用型生体結合物質等創製技術
キーワード:
調査中
説明:

近年、人体や環境に対して負荷のある化学物質が問題化している。これは化学物質が生体に作用して生体分子の機能を変化させることによるもので、化学物質等と生体レセプターの相互作用の解明が待ち望まれている。本プロジェクトは、各種の化学物質を固定化した分離精製用ラテックス微粒子を作成し、これを利用することにより、化学物質に選択的に結合する微量の生体レセプターの迅速かつ高効率な分離精製、同定を可能とする技術開発を行うもので、化学物質とレセプターの結合情報を新規物質の創製に反映させ、人体・環境に低負荷な医薬品等の化学物質や高性能なバイオセンサーを創製するための基盤技術の確立を目指す。(出典:NEDO事後評価書より)

 
体液中マイクロRNA測定技術基盤開発
キーワード:
説明:

我が国の質の高い臨床データと連結した疾患横断的miRNA発現データベースを世界に先駆けて構築し、それを基に先制医療や個別化医療に有用なmiRNA診断技術を次世代診断技術として開発します。

 
植物等の生物を用いた高機能品生産技術の開発
キーワード:
説明:

遺伝子設計に必要となる精緻で大規模な生物情報(DNAや代謝物など)を高速に取得するシステム、細胞内プロセスの設計、ゲノム編集などを産業化するための技術開発を行い、これらを利用して植物等による物質生産機能を制御する事で、省エネルギー・低コストな高機能品の生産技術を開発します。

 
革新的バイオマテリアル実現のための人工遺伝子合成技術開発
キーワード:
説明:

遺伝子組換え微生物の生産性を現状より大幅に向上させると共に、抑制反応を起こさずに物質生産を行えるような複雑な遺伝子操作が可能となるよう、以下の研究開発を行います。

①計算機を用いたシミュレーションにより生物の複雑な反応を解析し、それを制御するための遺伝子の設計をする技術を開発する。
②設計した複数遺伝子を合成・連結し、微生物に組入れ、遺伝子組換え微生物の培養を行う手法を開発する
③創製した工業用微生物を用いて、他の方法では合成困難な複雑な化合物の生産、非常に効率的な物質合成を実現する技術の開発を行います。

 
科研費 (208059)
キーワード:
GPCR|Genome|Function|annotation|
説明:

本事業では、バイオインフォマティクス手法を応用し真核生物のゲノム配列からGPCR遺伝子を網羅的に同定し、生物種、染色体番号、ゲノム上の座標、タンパク質の機能情報を収納し、視覚的なインターフェイスで表現した総合DBを作成している。 実験で発現が確認されずとも、ゲノム上に存在し発現可能性のある遺伝子を全て含むのが大きな特徴で、GPCRの総合的な理解やGPCR関連創薬に大きく貢献できる可能性が高い。 従来から構築しているSEVENSではデータの収集、評価およびDB化のための作成組織と、技術的方式は既に確立しているので今後、機能解析・予測情報をさらに充実させて、アクセス数を伸ばすことにより、世界的なDBとして定着させることを目的とする。

 
構造活性相関手法による有害性評価手法の開発
キーワード:
調査中
説明:

調査中

 
植物利用エネルギー使用合理化工業原料生産技術開発
キーワード:
実用植物 | 統合データベース | 生産プロセス | 網羅的解析
説明:

モデル植物と特定の実用植物を用い、物質生産系を解析し(cDNA取得・解析、物質生産経路・機能解析、物質生産系における調節遺伝子等の機能解析)、作成した統合データベースを活用して、目的とする工業原料を、適切な部位・時期に、適切な量を効率的に生産させる技術基盤を構築する。(中間評価報告書より)

 
医療情報の高度利用による医療システムの研究開発
キーワード:
説明:

具体的には、以下の研究開発を実施します。
1.がん診断・治療ナビゲーションシステムの研究開発
様々な診療科が共同するがんの集学的治療において、患者や症例に焦点をあてて、必要な情報を検査、診断から治療まで集約し、一貫して扱うことで個人の特性に応じた適切な治療方針を患者に提供するだけでなく、過去の症例データと比較・解析することでより有効性の高い医療技術の選択を支援するシステムを開発します。
2.再生医療製品の有効性予測支援システムの研究開発
臓器・組織の再生医療に用いる自家細胞加工品の臨床における有効性に大きく寄与する細胞加工品の品質について、原料である細胞の情報とその培養過程における各種分析データなどから上記の品質と有効性を予測する技術を開発します。

 
機能性糖鎖複合材料創製技術開発
キーワード:
糖鎖自動合成|糖鎖構造予測|グリコクラスター複合材料 
説明:

高度な機能を持った複雑な糖鎖を効率的に合成する技術を開発し、糖鎖の分子密度、配向性等を制御した新たなグリコクラスター機能性複合材料創製技術の基盤技術を開発します。それらを基に新規産業の創出を目指します。(出典:NEDOより http://www.nedo.go.jp/iinkai/kenkyuu/hyouka/16h/5/4-2-1.pdf )

 
ゲノムインフォマティクス技術開発
キーワード:
調査中
説明:

本研究開発では、ゲノムDNA 塩基配列情報を有効に利用するために、コンピュータソフトウェアの開発、遺伝子転写制御に係わる解析手法の確立、ゲノムDNA 関連計測機器の開発等を行なうことを狙いとする。(出典:NEDO事後評価書より)

 
未来医療を実現する医療機器・システム研究開発事業
キーワード:
説明:

本事業では、高齢化の進展や新興国での医療需要の増大を受け、医療機器の世界市場は今後も拡大が見込まれることから、ロボット技術、再生医療、IT等を応用した日本発の革新的医療機器・システムの開発および実用化を支援します。

 
植物機能を活用した高度モノ作り基盤技術開発
/植物利用高付加価値物質製造基盤技術開発
キーワード:
説明:

閉鎖型植物生産施設において、高付加価値物質(高機能タンパク質等)を高生産・高効率に生産する遺伝子組換え植物を創出・栽培するのための基盤技術開発を行い、遺伝子組換え植物による有用物質生産の実用化を目指します。

 
生体高分子構造情報利用技術開発
キーワード:
NMR|分子間相互作用|タンパク質
説明:

「生体高分子構造情報利用技術開発」プロジェクトは、新エネルギー・産業技術総合開発機構(NEDO)から社団法人バイオ産業情報化コンソーシアム(JBIC)が受託し京極好正をプロジェクトリーダーとして平成12年9月29日にスタートした。本研究開発の目的は、遺伝子機能の中で重要な役割を担う蛋白質の機能を解明するため、膜蛋白質等及びその複合体について、X線及び電子線を用いた新規な手法によって原子レベルの立体構造や機能の分子機構を明らかにし、核磁気共鳴法(NMR)によって分子間相互作用を効率的かつ高精度に解析する技術を開発するとともに、構造情報解析技術の確立のため、高精度モデリング技術やシミュレーション技術の開発を併せて行うことである。

 
エネルギー使用合理化生物触媒等技術開発 (微生物を用いたパルプ製造工程の省エネルギー化技術の研究開発)
キーワード:
バイオマス | パルプ | 省資源 | 省エネルギー | セルロース
説明:

21 世紀を迎え、環境調和型産業構造への転換による産業の持続的発展の実現が求められています。その為には工業プロセスにおける省エネルギー・省資源化を図ることが期待されています。本研究開発ではエネルギー多消費型産業の一つである紙パルプ産業の製造工程において、原料となる木材チップを予め微生物で処理することにより、省資源・省エネルギー化を実現することを目的としています。リグニンを分解することが紙パルプ製造工程の省エネルギー、省資源化に大きく貢献すると考えられています。しかし、菌で処理した場合、リグニンのみならずセルロース繊維も分解され、パルプ収率や紙力の低下が認められています。そのためにセルロース繊維をなるべく無傷で取り出す必要があります。そこでこの研究開発はパルプ繊維への影響の少ない微生物処理法の開発として、アラゲカワラタケのセルロース分解酵素の抑制とリグニン分解酵素の活性促進を検討してきました。その結果アラゲカワラタケから新規にセロビオースデヒドロゲナーゼ(CDH)遺伝子1種類,セロビオヒドロラーゼI(CBH I)3 種類、CBHII,2 種類、エンドグルカナーゼ(EG)遺伝子3種類(Family5,12, 61)をクローニングすることができました。また各セルロース分解酵素遺伝子に対応するアンチセンス鎖発現プラスミドの利用、RNAi 法による抑制を検討し、50%から70%各種セルロース分解酵素活性を抑制することに成功しました。(出典:成果報告書より)

 
次世代治療・診断実現のための創薬基盤技術開発事業
キーワード:
説明:

本事業では、次世代治療・診断を実現するための課題を解決し、先制医療、個別化医療といった次世代治療・診断の実現を推進し、患者のQOL向上と医療費増加の抑制を目指します。そのために、下記の課題に取り組みます。

 
化学物質のリスク評価及びリスク評価手法の開発
キーワード:
調査中
説明:

調査中

 
遺伝子多様性モデル解析技術開発
キーワード:
ゲノムワイド相関解析|マイクロサテライト|SNP|疾患|多型|遺伝統計学
説明:

ヒトのモデル疾患(自己免疫疾患、糖尿病、摂食障害、がん)に係わる遺伝子多型情報等を取得するとともに、病気の原因となる疾患関連遺伝子や薬剤感受性遺伝子(以下、「遺伝子型」という。)と疾患やアレルギーの有無等として現れる表現の違い(以下、「表現型」という。)とを関連付ける手法を確立することにより、それに伴う解析技術の開発及び有効活用可能なデータベースを構築する(NEDOサイトより引用)

 
生体高分子立体構造情報解析
キーワード:
調査中
説明:

遺伝子は転写後、様々なタンパク質に翻訳されその機能を発現しています。これまで蓄積された膨大なゲノム配列データを人間社会の発展、健康・福祉に役立てるためには、遺伝子機能発現を司るタンパク質が、どのような機構で機能発現を行っているのか解明することが必要です。またタンパク質同士、あるいはタンパク質と他の生体高分子(核酸、脂質、多糖類等)との相互作用による機能発現についても同様に明らかにすることが必要です。これらの機構の解明にはアミノ酸配列情報だけでは困難で、立体構造情報からのアプローチが不可欠と考えられます。 本研究開発では、薬剤標的となる可能性の高い膜タンパク質及び関連タンパク質の複合体に対象を絞り、構造解析に有効な極低温電子顕微鏡解析、X線結晶解析法及び核磁気共鳴法を用いて、原子レベルでの立体構造、及び相互作用を明らかにし、機能発現の解明を図ります。また、実用化に必要な、より実際の系に近い情報を得るため、極低温電子顕微鏡による単粒子解析、トモグラフィー、NMR新手法による高分子量タンパク質の相互作用解析などの開発も行っております。 さらに、これらの立体構造情報をもとにして、変化に富む機能構造を予測するために、高精度モデリング技術やシミュレーション技術の開発を行います。これにより、ゲノムサイエンスの発展により重要分野となるバイオインフォマティクスに係る共通基盤技術の形成を行い、これらの技術を膜タンパク質やその複合体等の構造解析に応用することで、効率的なスクリーニングを実施します。 以上の結果は、画期的な新薬開発に資するとともに、新規産業の創出に活用していくことになります。(出典:NEDOプロジェクト 生体高分子立体構造情報解析 事業・プロジェクト概要 2013年2月21日時点)

 
創薬加速に向けたタンパク質構造解析基盤技術開発
キーワード:
膜タンパク質 | 構造解析 | 結晶化|リガンド分子の相互作用解析 | in silicoスクリーニング
説明:

研究開発内容:1. 電子線等による膜タンパク質及びその複合体の構造解析技術:高度な結晶化技術の開発、細胞の自然な状態での膜タンパク質及びその複合体の3次元構造を解析する技術の開発(極低温電子顕微鏡による単粒子解析技術、電子線トモグラフィー技術の開発等)及び解析データの取得。2. 核磁気共鳴法等による膜タンパク質及びその複合体とリガンド分子の相互作用解析技術:細胞表層における膜タンパク質及びその複合体とリガンド間相互作用を解析する技術の開発(転移交差飽和法等を活用した不均一系及び細胞表層のリアルな系における高度な核磁気共鳴測定法及び試料調製法開発等)及び分子相互作用データの取得。3. 高精度in silicoスクリーニング等のシミュレーション技術:タンパク質動的特性評価を活用した高精度in silicoスクリーニング技術の開発と、超分子複合体の構造情報に基づく構造生理学、構造薬理学アプローチへの展開。

 
バイオ燃料製造の有用要素技術開発事業
キーワード:
説明:

①バイオ燃料製造に適した品種改良技術による高効率バイオ燃料用植物の創出、植栽による生産技術開発を行います。
②平成32年(2020年)にガソリン価格、海外のエタノールと競合可能な製造コストでの実用化につなげるため、バイオ燃料製造における、糖化・発酵プロセスでの高効率で低コストな革新的技術に関する研究開発を行います。

 
細胞組織工学(ティッシュエンジニアリング)の研究開発
キーワード:
再生医療 | 幹細胞
説明:

高齢化社会を迎えた我が国の医療費は、1999 年度には約30.4 兆円にも達し、毎年約5%ずつ増加しながら国民経済を圧迫しつつある。国民が高度な医療を享受してゆくためには、臓器移植、組織移植等に対する医療費抑制を可能とする細胞組織工学(ティッシュエンジニアリング:多種類の細胞を生体中にある状態と同様に組織化し、組織・臓器の持つ高次な機能を再現するための工学)を基礎としたヒト組織の再生技術とそのための基礎的技術を早急に確立させ、再生医療用製品生産に関わる産業の発展を促進させることが必要である。当該分野に関わる研究開発は、基礎生物学や基礎医学に重点を置いた、発生・再生・分化研究を中心とする基礎研究分野と、医療関連産業技術の展開を睨んだ細胞組織工学研究分野とが進みつつあるが、本研究開発では、将来の産業技術展開を積極的に図っていくため、細胞組織工学技術の確立を目的とする。(出典:H15年2月事後評価報告書)

 
ゲノム情報統合プロジェクト
キーワード:
ゲノム | 遺伝子 | アノテーション | 統合 | データベース
説明:

本プロジェクトは、経済産業省のモデル事業として平成17年度から平成19年度までの3年間にわたり、バイオ産業情報化コンソーシアムを中心としてその他6つの共同研究機関が実施した。ヒト完全長cDNAを詳細にアノテーション(注釈付け)したH-Invitational Database(H-InvDB)を基礎として、その構築のための技術をさらに高度化し、世界最高水準のヒト全遺伝子データベースを構築して公開した。

 
非可食性植物由来原料による高効率化学品製造プロセス技術開発
キーワード:
説明:

本プロジェクトでは研究開発項目①として、前処理技術が簡易で、早期実用化が期待できる、草本系バイオマス等の非可食性バイオマスから化学品までの一貫製造のための実用化技術の開発を助成事業により実施する。一方、非可食性バイオマスのうち木質系バイオマスは、原料調達面で安定的に大量入手の可能性があるため、その活用は重要である。しかしながら、その実用化には石油由来化学品に対してコスト競争力が必要であり、木質系バイオマスから得られるセルロース、ヘミセルロース、リグニンの三成分を無駄なく有効活用できるプロセス等の開発が重要である。また、木質系バイオマスの利用においては前処理技術の難易度が高い等、多くの開発要素が残されている。
そこで、研究開発項目②として、実験室レベルでの前処理技術や有効成分を無駄なく活用するプロセスの要素技術開発、それらの要素技術を活用した一貫製造プロセスの構築、実験室レベルからベンチスケールへのスケールアップ技術の開発等、実用化までに時間を要する木質系バイオマスから化学品までの一貫製造プロセス開発を、委託により実施する。本プロジェクトは、非可食性バイオマスの特徴を生かしやすいポリアミドといった高性能プラスチック等の高付加価値品を主なターゲットとし、非可食性バイオマス原料への転換を目指す。

 
完全長cDNA構造解析
キーワード:
調査中
説明:

遺伝子をコードしている完全長cDNAの取得技術が世界的にも優位にあった日本では、これを活用しヒト完全長cDNAを解読するプロジェクトが、1999年「戦略的ヒトcDNAゲノム応用技術開発]として実施され、成功裏に終了した。2000年度ミレニアムプロジェクトにおいて、上記プロジェクトの後継である本「完全長cDNA構造解析」プロジェクトがその中核として位置付けられ発足しました。本プロジェクトでは、まず提供されたcDNAライブラリーのcDNA末端の部分配列決定から始め、その中から新規クローンを選別しその全塩基配列の決定を進めた。平成13年度予算事業の部分配列決定数は469,000クローン、平成11年度補正予算、平成12年度予算を含めると1,504,000クローンであった。各社の部分塩基配列解析結果を表1に示す。全塩基配列決定では短いクローン(417個)も遺伝子の可能性があるので、全塩基配列決定数にはこれを加え8,873個とした。「完全長cDNA構造解析」プロジェクトとして21,017個の全長配列解析を終了した。(報告書から)

 
細菌・藻類等利用二酸化炭素固定化・有効利用技術研究開発
キーワード:
二酸化炭素固定 | 細菌・藻類 | 太陽光 | 光合成
説明:

(1) 高効率光合成細菌・微細藻類等の研究開発(2) 二酸化炭素固定化高密度大量光培養システムの研究開発(3) 太陽光高効率集光・利用技術の研究開発(4) 光合成生成物からの有用物質等生産技術の研究開発(5) トータルシステム化技術の研究開発 5-1. 二酸化炭素固定能の優れた高効率光合成微生物の探索、大量需要が見込める物質、付加価値の高い有用物質、温暖化物質削減効果の大きい物質を生産する光合成微生物の探索及びバイオテクノロジーを駆使した育種等の研究開発 5-2. 微生物の光合成機能を最大限に発揮させるための培養条件の高度な制御を行いうる高密度大量光培養技術の研究開発 5-3. 太陽光を高効率で補足・利用可能な高効率集光装置及び赤外線領域の分離利用技術の研究開発 5-4. 光合成生物から大量需要が見込める物質、付加価値の高い物質、温暖化物質削減効果の大きい物質を生産する技術の研究開発 5-5. 二酸化炭素固定化・有効利用技術のシステム全体の効率向上を図るシステムの附帯装置及び統括制御技術の研究開発

 
密閉型植物工場を活用した遺伝子組換え植物ものづくり実証研究開発
キーワード:
説明:

以下の技術開発及び実証研究を実施します。
①遺伝子組換え植物に高付加価値物質を高効率に生産させるために必要な遺伝子組換え技術等の基盤技術開発
②密閉型遺伝子組換え植物工場における高付加価値物質の製造に必要な省エネルギー型栽培技術開発
③①?②を踏まえた有用物質生産の実証研究
このうち、大学等で行う共通基盤的技術開発を委託事業として、 民間企業が行う実証研究等を補助事業として実施します。

 
戦略的次世代バイオマスエネルギー利用技術開発事業
キーワード:
説明:

食糧生産活動に影響しない原料を用いた次世代技術の開発と既存技術の高効率化を目指した実用化技術の開発を行います。
①次世代技術開発(2/3共同研究、委託)平成42年(2030年)頃の実用化を見据える微細藻類由来のバイオ燃料製造技術、バイオマスのガス化及び液化等の次世代技術開発を実施します。
②実用化技術開発(2/3共同研究)林地残材の発生場所付近で使用可能な熱分解ガス化装置の高効率化や、バイオガスを既存の都市ガスインフラ等で利用するためのガス精製技術等、平成32年(2020年)頃の実用化を目指した実用化技術開発を実施します。

 
糖鎖合成関連遺伝子ライブラリーの構築
キーワード:
糖鎖遺伝子|GGDB
説明:

全部で300種類と予想されていた糖鎖遺伝子であるが、本プロジェクトでは、新規検索システムを用いてヒト遺伝子データベースより検索した結果、238遺伝子が糖鎖遺伝子として認識・管理され、そのうち、105遺伝子をヒト糖鎖合成関連酵素の「新規候補遺伝子」として見いだした。また、見出された105の新規候補遺伝子(新規糖転移酵素遺伝子候補93配列)は偽遺伝子を除き、重要と思われるものからクローニングされ、そのうち38遺伝子については発現・酵素活性まで確認し、「物質特許」を出願した(出願件数内外合計64件)。期間中3年間に世界中でクローニングされた新規糖鎖合成関連酵素のうち、2/3(約67パーセント)が本プロジェクトによりクローニングされたこととなる。この間、新規酵素含めて得られた遺伝子と、既知のもの含む関連する全ての情報を取り込んだデータベースは、産総研内に整備され、糖鎖科学コンソーシアムを通じて広く一般に提供されている。(出典:NEDO報告書より)

 
高精度・簡易有害性(ハザード)評価システム開発
キーワード:
調査中
説明:

化学物質の有害性の中で、長期毒性(発癌性、催奇形性等)に関する知見、情報が得られている化学物質はほんの僅かです。ヒトに対する長期毒性試験に関しては多額の費用(1物質当たり2~3億円程度)、長期間(1物質当たり3年程度)、多数の動物が使用されています。そのため、長期毒性に関する評価の迅速化と低コスト化が喫緊の課題となっています。 本プロジェクトでは近年、急速に発展してきた遺伝子解析手法 (DNAのマイクロアレイ解析等)により発がん性既知物質(約90物質)の短期間(約1ヶ月程度)での暴露による遺伝子群の変異を精度良く解析できる技術を開発するとともに、遺伝子発現プロファイルデータを整備し、従来の動物試験による長期毒性試験に比べコストを約1/100、期間を1/10程度にする新規な毒性評価技術を開発しています。(NEDO:高精度・簡易有害性(ハザード)評価システム開発 事業・プロジェクト概要( http://www.nedo.go.jp/activities/portal/gaiyou/p01004/p01004.html )より引用)

 
がん超早期診断・治療機器の総合研究開発
キーワード:
説明:

これらの開発を診断・治療の観点から一体的に推進し、従来より早期にがんを発見して多様な治療法の選択を可能とすることで、診断・治療機器の開発・普及と併せて、生存率やQOLの向上につなげていきます。

 
化学物質の有害性試験方法開発の動向に関する調査
キーワード:
化学物質|毒性
説明:

化学物質の有害性評価に長年貢献してきた動物試験は、コストや動物愛護上の課題がある一方、有害性評価へのニーズは高まっており、高精度で簡易・安価な評価手法が求められている。その中で、細胞内物質の網羅的測定や細胞利用等のようなバイオ関連の新規技術が近年著しく発達、動物試験代替法への応用が期待されており、平成18年度にNEDOの新規プロジェクト「高機能簡易型有害性評価手法開発」が予定されることとなった。そこで本調査では、(1)NEDOとして必要な技術開発投資の方向性と領域の明確化(毒性の種類とそのメカニズム等)と、(2)本プロジェクトの妥当性の検証を行った。(NEDO 平成17年度成果報告書 化学物質の有害性試験方法開発の動向に関する調査(100008039)より引用)

 
タンパク質の構造・機能予測法の開発とヒトゲノム配列への適用
キーワード:
アノテーション|タンパク質|立体構造|機能
説明:

本研究はおおよそ4パートより構成される。1)構造予測:高等生物由来のタンパク質の多くはマルチドメインタンパク質で、天然変性構造も多く含まれる。このような性質を取り込んだ構造予測システムを確立する。2)機能予測:タンパク質の構造変化、タンパク質−低分子の結合状態、タンパク質−タンパク質の結合状態、酵素タンパク質の機能、などの予測法を開発する。また手法開発の基礎となるデータベース解析を実施する。3)実験検証:構造予測、機能予測結果を実験的に検証するシステムを確立、適用する。4)データベース構築:上記の結果を格納、表示するためのシステム開発を行う。立体構造、構造変化と分子機能の関係がわかるよう、アニメーション技術を活用する。